INDICE
Capitolo 1 – Introduzione pag. 1
1.1 Diversità genetica pag. 2
1.2 Ambiente portuale e fouling pag. 5
1.3 Portualità e conseguenze sul pattern genetico pag. 7
1.3.1 Ritenzione larvale pag. 7
1.3.2 Trasporto passivo pag. 9
1.3.3 Inquinamento pag. 10
1.4 Scelta e descrizione delle specie bersaglio pag. 13
1.4.1 Amphybalanus amphitrite pag. 14
1.4.1.1 Morfologia dei Cirripedi pag. 14 1.4.1.2 Inquadramento sistematico di A. amphitrite pag. 16 1.4.1.3 Morfologia di A. amphitrite pag. 17 1.4.1.4 Biologia e ciclo vitale di A. amphitrite pag. 18 1.4.1.5 Ecologia di A. amphitrite pag. 19
1.4.2 Hydroides elegans pag. 20
1.4.2.1 Morfologia dei serpulidi pag. 20 1.4.2.2 Inquadramento sistematico di H. elegans pag. 22 1.4.2.3 Morfologia di H. elegans pag. 22 1.4.2.4 Biologia e ciclo vitale di H. elegans pag. 23
1.4.2.5 Ecologia di H. elegans pag. 25
1.4.3 Styela plicata pag. 26
1.4.3.1 Morfologia dei Tunicati pag. 26 1.4.3.2 Inquadramento sistematico di S. plicata pag. 28 1.4.3.3 Morfologia di S. plicata pag. 30 1.4.3.4 Biologia e ciclo vitale di S. plicata pag. 31
1.4.3.5 Ecologia di S. plicata pag. 33
1.5 Marcatori molecolari impiegati pag. 33
1.5.1 Inter Simple Sequence Repeats pag. 37
1.5.2 MtDNA Citocromo Ossidasi I pag. 39
1.6 Tecniche molecolari pag. 42
1.6.1 Estrazione del DNA pag. 42
1.6.2 Amplificazione del DNA: Polymerase Chain Reaction pag. 43
1.6.3 Caratteristiche dei primer e loro progettazione pag. 48
1.6.4 Elettroforesi pag. 51
1.6.5 Sequenziamento pag. 54
Capitolo 2 – Materiali e metodi pag. 60
2.1 Disegno di campionamento pag. 61
2.1.1 Descrizione dei siti di campionamento pag. 62
2.1.2 Raccolta dei campioni pag. 80
2.2 Protocollo di estrazione del DNA pag. 82
2.2.1 Estrazione del DNA da A. amphitrite pag. 82 2.2.2 Estrazione del DNA da H. elegans pag. 85 2.2.3 Estrazione del DNA da S. plicata pag. 88 2.2.4 Verifica quali/quantitava del DNA tramite elettroforesi
e diluizioni pag. 91
2.3 Primer ISSR utilizzati e protocollo di amplificazione del DNA pag. 91 2.3.1 Verifica del funzionamento degli ISSR già ottimizzati
su A. amphitrite pag. 93
2.3.2 Ottimizzazione degli ISSR su H. elegans pag. 95 2.3.3 Ottimizzazione degli ISSR su S. plicata pag. 95
2.4 Ottimizzazione della COI pag. 96
2.4.1 Ottimizzazione della COI su A. amphitrite pag. 97 2.4.2 Ottimizzazione della COI su H. elegans pag. 99 2.4.3 Ottimizzazione della COI su S. plicata pag. 100 2.5 Protocollo di precipitazione del DNA amplificato pag. 102
2.6 Analisi statistiche pag. 103
2.6.1 Controllo, allineamento e caratteristiche molecolari
delle sequenze pag. 103
2.6.2 Stime di diversità genetica entro i campioni pag. 104 2.6.3 Stime di diversità genetica tra i campioni pag. 105
2.7 Mappe del traffico marittimo pag. 108
Capitolo 3 – Risultati pag. 113
3.1 COI in Amphybalanus amphitrite pag. 114
3.1.1 Caratteristiche molecolari delle sequenze pag. 114
3.1.2 Diversità genetica entro i campioni pag. 114 3.1.3 Diversità genetica tra i campioni pag. 117
3.2 COI in Styela plicata pag. 127
3.2.1 Caratteristiche molecolari delle sequenze pag. 127 3.2.2 Diversità genetica entro i campioni pag. 127 3.2.3 Diversità genetica tra i campioni pag. 129 3.3 Confronto dei risultati di Styela plicata con studi pregressi pag. 137
Capitolo 4 – Discussione pag. 141
4.1 Amphibalanus amphitrite pag. 142
4.1.1 Verifica della corretta attribuzione degli individui
analizzati alla specie Amphibalanus amphitrite pag. 142 4.1.2 Diversità genetica all’interno delle popolazioni pag. 143 4.1.3 Diversità genetica tra popolazioni pag. 144
4.2 Styela plicata pag. 147
4.2.1 Verifica della corretta attribuzione degli individui
analizzati alla specie Styela plicata pag. 147 4.2.2 Diversità genetica all’interno delle popolazioni pag. 147 4.2.3 Diversità genetica tra popolazioni pag. 150
4.2.4 Confronto con studi pregressi pag. 154
4.3 Influenza del traffico marittimo sui pattern di diversità genetica
delle due specie pag. 156
4.4 Confronto fra la struttura genetica di Amphibalanus amphitrite
e quella di Styela plicata pag. 158
Capitolo 5 – Conclusioni pag. 160
Capitolo 6 – Bibliografia pag. 164
Appendici pag. 191
Ringraziamenti pag. 212
