Guglielmo Pepe a Repubblica dal 1976, data di nascita del quotidiano, dal1982 al 1988 dirige la Cronaca di Roma, la prima edizione locale del giornale. In seguito diventa inviato speciale di Politica Interna e Cronaca. Dopo aver realizzato le pagine Società per il lunedì di Repubblica e altre iniziative editoriali, nel 1994 idea il magazine Salute che dirige fino al 2009, quando viene trasformato in inserto del quotidiano. Nel 2005 diventa il primo direttore di National Geographic Italia e nel 2010 fonda anche il sito web della rivista. Dal 2010, dopo il prepensionamento, diventa editorialista del magazine, fino a dicembre 2013.
Durante la direzione di Salute ha ideato, promosso e organizzato 10 convegni dedicati alla Terza età e 5 sull'alimentazione. Da direttore ed editorialista di NG Italia ha curato 6 mostre al Palazzo delle Esposizioni di Roma, alcune delle quali sono andate anche a Reggio Calabria, Bologna, Genova, Torino, sempre da lui curate.
Attualmente scrive commenti per due blog, uno su Repubblica.it (Noi&Voi) e uno su nationalgeographic.it (Qui Italia).
Ha scritto numerose relazioni, e tenuto lezioni sulla comunicazione in sanità, all'università di Pisa e di Roma, e sull'ambiente, sempre all'università di Pisa.
