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Blog e blogger scientifici in Italia

( E un altra cosa )

Stefano Bagnasco

INFN Torino & Query

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http://gifh.wordpress.com

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italian science blogs

http://gifh.wordpress.com

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M. Bucc hi, G. P elleg rini (ed.) Annuario Scienza e Società 20 11 , Bologna: Il Mulino (20 11) www .observa.it

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Why?

●  Raccontare il proprio mestiere, omunicare la passione

●  Spiegare la scienza, condividere la conoscenza

●  Partecipare al dibattito pubblico

●  Avere un laboratorio di scrittura

●  Creare reti di contatti

●  Discutere informalmente con colleghi e pubblico generale

●  Costruirsi un’immagne pubblica

●  Sfogare la logorrea

●  …

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Who?

●  Research blog

●  “Visible Scientist”

●  “Public Intellectual”

●  Debunker

●  Giornalista-blogger

●  “Comunicatore”

●  Collaboratore di “semi-blog”

●  Fuffaro

●  …

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Prof. S.C.

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Visible scientist

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Il blog personale...

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...e quello formale

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Dall idea...

Heterocephalus g laber Ruppel 1 848

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...al blog...

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...al blog figo...

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...al libro!

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Batteri all arsenico

A Bacterium That Can Grow by Using Arsenic Instead of Phosphorus

Felisa Wolfe-Simon,1,2* Jodi Switzer Blum,2Thomas R. Kulp,2Gwyneth W. Gordon,3 Shelley E. Hoeft,2Jennifer Pett-Ridge,4John F. Stolz,5Samuel M. Webb,6Peter K. Weber,4 Paul C. W. Davies,1,7Ariel D. Anbar,1,3,8Ronald S. Oremland2

Life is mostly composed of the elements carbon, hydrogen, nitrogen, oxygen, sulfur, and phosphorus. Although these six elements make up nucleic acids, proteins, and lipids and thus the bulk of living matter, it is theoretically possible that some other elements in the periodic table could serve the same functions. Here, we describe a bacterium, strain GFAJ-1 of the Halomonadaceae, isolated from Mono Lake, California, that is able to substitute arsenic for phosphorus to sustain its growth. Our data show evidence for arsenate in macromolecules that normally contain phosphate, most notably nucleic acids and proteins. Exchange of one of the major bio-elements may have profound evolutionary and geochemical importance.

B

iological dependence on the six major nutrient elements carbon, hydrogen, nitro- gen, oxygen, sulfur, and phosphorus (P) is complemented by a selected array of other ele- ments, usually metals or metalloids present in trace quantities that serve critical cellular func- tions, such as enzyme co-factors (1). There are many cases of these trace elements substituting for one another. A few examples include the sub- stitution of tungsten for molybdenum and cad- mium for zinc in some enzyme families (2, 3) and copper for iron as an oxygen-carrier in some ar- thropods and mollusks (4). In these examples and others, the trace elements that interchange share chemical similarities that facilitate the swap. How- ever, there are no prior reports of substitutions for any of the six major elements essential for life. Here, we present evidence that arsenic can substitute for phosphorus in the biomolecules of a naturally occurring bacterium.

Arsenic (As) is a chemical analog of P, which lies directly below P on the periodic table. Arsenic possesses a similar atomic radius, as well as near identical electronegativity to P (5). The most com- mon form of P in biology is phosphate (PO43–), which behaves similarly to arsenate (AsO43–) over the range of biologically relevant pH and redox gradients (6). The physicochemical similarity be- tween AsO43–and PO43–contributes to the bio- logical toxicity of AsO43–because metabolic pathways intended for PO43–cannot distinguish between the two molecules (7) and AsO43–may

be incorporated into some early steps in the path- ways [(6) and references therein]. However, it is thought that downstream metabolic processes are generally not compatible with As-incorporating molecules because of differences in the reactiv- ities of P and As compounds (8). These down-

stream biochemical pathways may require the more chemically stable P-based metabolites; the lifetimes of more easily hydrolyzed As-bearing analogs are thought to be too short. However, given the similarities of As and P—and by anal- ogy with trace element substitutions—we hypoth- esized that AsO43–could specifically substitute for PO43–in an organism possessing mechanisms to cope with the inherent instability of AsO43–

compounds (6). Here, we experimentally tested this hypothesis by using AsO43–, combined with no added PO43–, to select for and isolate a mi- crobe capable of accomplishing this substitution.

Geomicrobiology of GFAJ-1. Mono Lake, located in eastern California, is a hypersaline and alkaline water body with high dissolved arsenic concentrations [200 mM on average (9)]. We used lake sediments as inocula into an aerobic defined artificial medium at pH 9.8 (10, 11) containing 10 mM glucose, vitamins, and trace metals but no added PO43 –or any additional complex organic supplements (such as yeast extract or peptone), with a regimen of increasing AsO43–additions initially spanning the range from 100 mM to 5 mM.

These enrichments were taken through many decimal-dilution transfers, greatly reducing any potential carryover of autochthonous phosphorus

1NASA Astrobiology Institute, USA.2U.S. Geological Survey, Menlo Park, CA 94025, USA.3School of Earth and Space Exploration, Arizona State University, Tempe, AZ 85287, USA.

4Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore, CA 94551, USA.5Department of Biological Sciences, Duquesne University, Pittsburgh, PA 15282, USA.6Stanford Synchrotron Radiation Lightsource, Menlo Park, CA 94025, USA.7BEYOND: Center for Fundamental Concepts in Science, Arizona State University, Tempe, AZ 85287, USA.8Department of Chemistry and Bio- chemistry, Arizona State University, Tempe, AZ 85287, USA.

*To whom correspondence should be addressed. E-mail:

felisawolfesimon@gmail.com

5µm

5µm

1µm C

D

E A

B

5 x 105 5 x 106 5 x 107 5 x 108

cells ml-1

0 120 240 360 480

Time (h) 0.00

0.05 0.10 0.15 0.20 0.25 0.30

OD680

Fig. 1. Growth and electron microscopy of strain GFAJ-1. (A and B) Growth curves of GFAJ-1 grown on the defined synthetic medium amended with either 1.5 mM PO43–(solid circles), 40 mM AsO43–(solid squares), or neither PO43–nor AsO43–(open triangles). Cell growth was monitored both by an increase in (A) optical density and (B) cell numbers of the cultures. Symbols represent the mean T SD of (A) n = 6 experimental and n = 2 controls and (B) n = 3 experimental and n = 1 control. This was a single experiment with six replicates; however, material was conserved to extend the duration of the experiment to allow material for cell-counting samples. (C and D) Scanning electron micrographs of strain GFAJ-1 under two conditions, (C) +As/–P and (D) –As/+P. (E) Transmission electron micrography of +As/–P GFAJ-1 showed internal vacuole-like structures. Scale bars are as indicated in the figure (11).

RESEARCH ARTICLE

www.sciencemag.org SCIENCE VOL 332 3 JUNE 2011 1163

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Batteri all arsenico

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Batteri all arsenico

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Quantum Diaries Survivor

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Scienza in cucina

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Accessi e commenti

Accessi Commenti Amflora la patata per la carta (OGM) 17000 1350

Il buon latte crudo di una volta 38000 1474

Le ricette scientifiche: lo spezzatino base 55000 162

Bio nutre di più? 26000 1265

Le ricette scientifiche: le meringhe 81000 312

Il segreto di una buona bistecca 128000 392

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Aggregatori

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Aggregatori

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carnevali

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sciencecamp

http:/www .youtube.com/watc h?v=eoOOqTbwr94

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Problemi aperti

●  Autorevolezza

●  Riconoscimento

●  Autoreferenzialità

●  Professionalizzazione

●  …

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debunker

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QueryOnLine

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14 gennaio 2011

http://www .youtube.com/watc h?v=z-0WvK2b7dU

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F oto D. P asserini/22P assi !

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Journal of nuclear physics

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Il punto di riferimento

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22passi.blogspot.it

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29 marzo 2011

F oto D. P asserini/22P assi !

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F oto D. P asserini/22P assi !

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Troppo tardi...

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Arrivano I nostri

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Visitatori unici al giorno nel 2011

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Visualizzazioni uniche per pagina

1. Query Online | La scienza indaga i mysteri 79.351 2. Reattore E-Cat: la posizione del CICAP 29.872 3. E-Cat, resoconto della conferenza di Focardi 14.491

4. E-Cat: intervista a Giuseppe Levi 11.293

5. Il ritorno della fusione fredda? 10.383

6. I trucchi di G. Golfera, l’uomo con più memoria al mondo 10.115 7. Terremoto a Roma: teorie e terrorismi 8.127

8. Un anno di mysteri 8.084

9. Il ritorno della fusione freda: ci risponde Levi 7.581

10. 47 orgasmi al giorno 7.103

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Il diavolo si nasconde nei commenti

94 + 147 + 758 + 888 + 344 +…

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L arcinemico

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L arcinemica

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Svelare il mystero (“debunking”)

Spiegare un “concetto” scientifico

Raccontare come funziona la scienza

prendere tre piccioni con una fava

0/(5()6.=14)(!

http://www .slideshare.net/bagnasco/presentazione-a-comunicarefisica-20 10

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“Concetti” e non “fatti” prendere tre piccioni con una fava

FeCl 3 + 3 KSCN 䚎 Fe(SCN) 3 + 3 KCl

Conducibilità elettrica

Analisi di Fourier

Fasi della Luna

N A = 6.022×10 23

Forza vs. pressione Conduzione del calore

Legge di Newton

Coagulazione delle proteine Azione

ideomotoria

F = G Mm / r 2 Analisi del DNA

Effetto Forer

http://www .slideshare.net/bagnasco/presentazione-a-comunicarefisica-20 10

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“Concetti” e non “fatti”

prendere tre piccioni con una fava

Esperimento

Analisi statistica

Protocollo cieco

Campione di controllo

Metodo

scientifico Errore di misura

Confidence level

Teoria Peer review

“Randomizzazione”

Sensibilità e specificità

Riproducibilità

Experimenter’s bias

http://www .slideshare.net/bagnasco/presentazione-a-comunicarefisica-20 10

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2012 :

mai dire maya

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La settimana prossima

finirà il mondo?

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)

No .

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( probabilmente )

No .

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Phil plait

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Don’t be a dick!

Phil Plait, “The Bad Astronomer”

http://vimeo.com/13704095

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letture

●  Bora Zivkovic

!  http://blogs.scientificamerican.com/a-blog-around-the-clock/2012/07/10/science-blogs-definition-and-a-history/

●  Paolo Gifh

!  http://gifh.wordpress.com/2012/09/24/blog-scientifici-alla-riscossa-o-allo-sbaraglio/

●  Gianluigi Filippelli

!  http://dropseaofulaula.blogspot.it/2012/10/united-we-stand-siamo-pronti-per-fare.html

●  ComunicareFisica 2012, sessione Web 2.0

!  http://agenda.infn.it/conferenceDisplay.py?confId=4955

…“and references therein”.

Tre libri che c’entrano marginalmente ma secondo me sono interessanti:

!  Fahrad Manjoo, True Enough: Learning to Live in a Post-Fact Society , J. Wiley & Sons (2008)

!  Michael Nielsen, Le nuove vie della scoperta scientifica. Come l’intelligenza collettiva sta cambiando la scienza , Torino: Einaudi (2012)

!  Evgeny Morozov, L’ingenuità della rete. Il lato oscuro della libertà di Internet , Torino:

Codice (2011)

Pubblicità sfacciata

!  Stefano Bagnasco, Beatrice Mautino, Andrea Ferrero, Sulla scena del mistero. Guida scientifica all’indagine dei fenomeni inspiegabili , Milano: Sironi (2010)

!  http://www.queryonline.it

Riferimenti

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