Prove Ampliconi Microarray

4.2.2.1 Adenovirus

Per quanto riguarda Adenovirus, le prove iniziali sono state effettuate eseguendo una marcatura diretta random del frammento dsDNA dell’amplicone di Adenovirus. A seguito vengono riportate l’immagine di microarray (in rosso: fluorescenza spot allineamento, in verde: fluorescenza spot campione in esame) e l’analisi statistica degli spot del campione in esame.

Dall’immagine di microarray si può notare che il risultato di ibridazione è specifico per “Adenovirus”, senza la presenza di alcuna cross-ibridazione; d’altra parte in questa prova l’analisi è stata condotta con l’amplicone. Inoltre, il genotipo di Adenovirus utilizzato (Adenovirus 2) ha un’omologia del 100% con la sonda I per Adenovirus dell’array, mentre presenta 3 mismatch con la sonda II: come si può vedere anche dall’analisi statistica, la sonda I dell’array riconosce in maniera più efficiente il genotipo di Adenovirus in esame rispetto alla sonda II, come previsto. Le due sonde mostrano quindi un parziale potere discriminante, sequenza specifico, come previsto.

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Fig.26 Immagine del microarray relativo all’amplicone di Adenovirus e analisi statistica

4.2.2.2 HAV

Per quanto riguarda HAV, le prove iniziali sono state effettuate eseguendo una marcatura diretta random del frammento dsDNA dell’amplicone di HAV. A seguito vengono riportate l’immagine di microarray (in rosso: fluorescenza spot allineamento, in verde: fluorescenza spot campione in esame) e l’analisi statistica degli spot del campione in esame. Dall’immagine di microarray si può notare che il risultato di ibridazione è specifico per “HAV”, con la presenza di una minima cross-ibridazione sulla sonda Adenovirus I; in questa prova l’analisi è stata condotta con l’amplicone. Si provvederà a valutare in maniera più idonea l’entità della cross-ibridazione riscontrata.

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Fig.27 Immagine del microarray relativo all’amplicone di HAV e analisi statistica

4.2.2.3 Norovirus GII

Per quanto riguarda Norovirus GII, le prove iniziali sono state effettuate eseguendo una marcatura diretta random del frammento dsDNA dell’amplicone di Norovirus GII. A seguito vengono riportate l’immagine di microarray (in rosso: fluorescenza spot allineamento, in verde: fluorescenza spot campione in esame) e l’analisi statistica degli spot del campione in esame. Dall’immagine di microarray si può notare che il risultato di ibridazione è specifico per “Norovirus GII”, senza la presenza di alcuna cross-ibridazione; d’altra parte in questa prova l’analisi è stata condotta con l’amplicone. Inoltre, il genotipo di Norovirus GII utilizzato ha un’omologia del 100% con la sonda I per Norovirus GII dell’array, mentre presenta 1 mismatch con la sonda II: come si può vedere anche dall’analisi statistica, la sonda I dell’array riconosce in maniera più efficiente il genotipo di Norovirus in esame rispetto alla

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sonda II, come previsto. Le due sonde mostrano quindi un parziale potere discriminante, sequenza specifico, come previsto.

Fig.28 Immagine del microarray relativo all’amplicone di Norovirus e analisi statistica

4.2.2.4 Enterovirus

Per quanto riguarda Enterovirus, le prove iniziali sono state effettuate eseguendo una marcatura diretta random del frammento dsDNA dell’amplicone di Enterovirus. A seguito vengono riportate l’immagine di microarray (in rosso: fluorescenza spot allineamento, in verde: fluorescenza spot campione in esame) e l’analisi statistica degli spot del campione in esame. Dall’immagine di microarray si può notare che il risultato di ibridazione è specifico per “Enterovirus”, senza la presenza di alcuna cross-ibridazione.

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Fig.29 Immagine del microarray relativo all’amplicone di Enterovirus e analisi statistica

4.2.2.5 Rotavirus

Per quanto riguarda Rotavirus, le prove iniziali sono state effettuate eseguendo una marcatura diretta random del frammento dsDNA dell’amplicone di Rotavirus. A seguito vengono riportate l’immagine di microarray (in rosso: fluorescenza spot allineamento, in verde: fluorescenza spot campione in esame) e l’analisi statistica degli spot del campione in esame. Dall’immagine di microarray si può notare che il risultato di ibridazione è specifico per “Rotavirus”, senza la presenza di alcuna cross-ibridazione; d’altra parte in questa prova l’analisi è stata condotta con l’amplicone. Inoltre, il genotipo di Rotavirus utilizzato, da sequenziamento eseguito, ha un’omologia del 100% con la sonda I per Rotavirus dell’array, mentre presenta 1 mismatch con la sonda II: come si può vedere anche dall’analisi statistica, la sonda I dell’array riconosce in maniera più efficiente il genotipo di Rotavirus in esame

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rispetto alla sonda II, come previsto. Le due sonde mostrano quindi un parziale potere discriminante, sequenza specifico, come previsto.

Fig.30 Immagine del microarray relativo all’amplicone di Rotavirus e analisi statistica

4.2.6 Salmonella

Per Salmonella, le prove iniziali sono state effettuate eseguendo una marcatura diretta random del frammento dsDNA dell’amplicone di Salmonella. A seguito vengono riportate l’immagine di microarray (in rosso: fluorescenza spot allineamento, in verde: fluorescenza spot campione in esame) e l’analisi statistica degli spot del campione in esame.

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Dall’immagine di microarray si può notare che il risultato di ibridazione è specifico per “Salmonella”, senza la presenza di alcuna cross-ibridazione; d’altra parte in questa prova l’analisi è stata condotta con l’amplicone. Inoltre, il ceppo di Salmonella utilizzato ha un’omologia del 100% con la sonda II per salmonella dell’array, mentre presenta 1 mismatch centrale con la sonda I: come si può vedere dall’analisi statistica, la sonda II dell’array riconosce in maniera più efficiente il ceppo di Salmonella in esame rispetto alla sonda I, come previsto. Le due sonde mostrano quindi un parziale potere discriminante, sequenza specifico.

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