Lo SNP rs1041981 è stato tipizzato sulla vasta casistica
precedentemente descritta. I dati ottenuti dalla
genotipizzazione sono stati analizzati tramite transmission disequilibrium test (TDT). Per il test ci si è rifatti all’utilizzo
del software online:
http://bioinformatics.holstegelab.nl/home/index.php.
I valori di P-value ottenuti sono di seguito riportati (tab 9).
p-value
Diabete di tipo 1 0.0612462
Sclerosi multipla 0.321277
Tab. 9 alori di p-value
Essendo la soglia di significatività inferiore a 0.5, i dati ottenuti indicano che lo SNP rs1041981 non è associato con le malattie prese in esame.
d) Conclusioni
I dati ottenuti dal TDT per il polimorfismo sopra descritto non escludono né affermano l’associazione del gene LTA con le patologie oggetto di studio. Il risultato ottenuto, infatti, può solo appurare che l’rs1041981 e la mutazione che esso comporta non ha un ruolo nella comparsa delle patologie. Tuttavia, per poter escludere o provare l’associazione dell’LTA con T1D e SM occorre, sicuramente, tenere in considerazione gli SNPs rs2229094 e rs3093542. La tipizzazione di questi SNPs è tutt’ora in corso e in base ad essa si potrebbe avere un quadro certo riguardante l’associazione di LTA. Inoltre le informazioni che potrebbero dare questi due SNPs non sarebbero assolutamente ridondanti in quanto non si trovano in linkage disequilibrium con rs1041981 né tra di loro. Sicuramente, quindi, il prossimo passo del progetto di ricerca sarà dato dalla tipizzazione di questi ultimi due SNPs su larga scala.
Per quanto riguarda il TNF, su questo gene non sono stati trovati polimorfismi in sequenza e la valutazione dello score di rilevanza non ha portato ad evidenziare nessun SNP rispetto ad altri. Tuttavia, i presupposti che indicano questo gene come un possibile candidato sono estremamente forti e convincenti. La strategia adottabile per capire il ruolo del TNF è data dalla scelta di tagSNPs presenti nel gene o vicino ad esso e che, una volta tipizzati, chiarirebbero l’azione di questo gene. La scelta di questi polimorfismi è in corso e si basa sui dati presenti nei
database http://www.broad.mit.edu/mpg/tagger/ e http://gvs.gs.washington.edu.
I futuri sviluppi del progetto di ricerca sono dati dalla tipizzazione degli SNPs rs2229094 e rs3093542 e dalla individuazione, tramite appositi database, di tagSNPs significativi che possano chiarire il ruolo del TNF. Inoltre, non è possibile escludere a priori un ruolo dei geni a monte e a valle del TNF nelle patologie in esame. Per appurare questa affermazione, è sempre possibile la scelta di SNPs in base hai criteri dello score di rilevanza ed in base ai tagSNPs presenti nella regione.
Il progetto è, dunque, in fase di sviluppo e progredisce perseguendo il fine ultimo di chiarire quali siano i geni implicati nelle due patologie che più colpiscono la nostra isola: il diabete di tipo 1 e la sclerosi multipla.
---Riassunto
Riassunto
La linea di ricerca di questo progetto è basata sullo studio di due patologie multifattoriali: la sclerosi multipla (SM) e il diabete di tipo 1 (T1D), fortemente prevalenti in Sardegna ed entrambe autoimmuni.
Lo scopo del progetto è la ricerca di varianti genetiche che influenzano il rischio di ammalare di sclerosi multipla e diabete di tipo 1, partendo dal presupposto dell’esistenza di geni comuni che predispongono per entrambe le malattie. Come documentato in letteratura, il principale locus genetico di suscettibilità alla sclerosi multipla e al diabete di tipo 1 è localizzato a livello della regione HLA.
Due lavori scientifici di rilievo (Zavattari et al. 2001, Marrosu et al. 2001) hanno indirizzato questo progetto di ricerca verso la classe III dell’HLA ed, in particolar modo su due geni all’interno di essa l’ LTA e il TNF. Questi due geni appartengono entrambi alla famiglia del tumor necrosis factor e codificano per delle citochine.
Il lavoro si è svolto in più steps. Nel primo step è stata fatta una selezione della casistica utilizzabile per poter sequenziare i geni di interesse. La selezione si è basata sulle caratteristiche aplotipiche ed ha portato alla scelta di 8 genitori di affetti da T1D e di 4 individui affetti da SM.
Lo step successivo è stato quello di sequenziale i geni di interesse su cDNA e DNA. In questa fase del progetto sono stati individuati 7 SNPs nel gene LTA; nel gene TNF non è stato trovato alcun polimorfismo nelle regioni sequenziate. Il terzo step del lavoro è stato quello della selezione della casistica necessaria per tipizzare gli SNPs di interesse su larga scala. Sono quindi state selezionate 396 famiglie per la SM e 832 per il T1D; tutte le famiglie erano costituite da entrambi i genitori, un figlio affetto e, dove presenti, i fratelli non affetti. Inoltre è stato fatto uno studio su tutti gli SNPs presenti non solo nei geni di interesse, ma anche nei geni e nelle regioni intergeniche a monte e a valle di questi. Tale studio ha preso in esame tramite differenti criteri di selezione ogni singolo SNP al fine di poter individuare i più importanti presenti nella regione basandosi su uno score di rilevanza.
Il quinto step è stato dato dalla tipizzazione dello SNP rs1041981 che tra tutti quelli esaminati rivestiva la maggiore importanza sia dai risultati ottenuti in sequenza sia dallo studio basato sullo score di rilevanza.
Infine è stata effettuata l’analisi statistica tramite il transmission disequilibrium test che ha escluso un ruolo dell’rs1041981 sul diabete e sulla sclerosi multipla, in quanto è stato ottenuto per entrambe la malattie un P-value superiore a 0.5. Il risultato ottenuto non esclude un ruolo dell’LTA, ruolo che deve essere appurato tramite la tipizzazione di altri SNPs di interesse individuati e la cui genotipizzazione è in corso.
I presupposti che indicano il TNF e l’LTA come geni candidati sono assolutamente forti e convincenti e spingono il progetto di ricerca verso la chiarificazione del ruolo di questi geni nelle malattie esaminate. Le prospettive future sono quindi date dalla genotipizzazione su larga scala di altri SNPs rilevanti presenti nei geni di interesse e a monte e a valle di essi.
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