Eseguire le istruzioni mostrate nel display:

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Studio e sviluppo di un metodo per l'elaborazione di immagini NIRS ai fini della caratterizzazione di ulcere venose croniche

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APPENDICE A MANUALE DI USO.

Creare una cartella per ogni paziente scrivendo PAZ_numero, esempio: PAZ_3

Nella cartella realizzata creare altre due cartelle: file0 nel quale mettere il file in formato DICOM (.dcm) contente le immagini alle 4 lunghezze d’onda, e file1 nel quale mettere il file in formato DICOM (.dcm) contente l’immagine di saturazione.

Ogni script una volta lanciato richiede di scrivere il paziente e la data di interesse.

Eseguire le istruzioni mostrate nel display:

inserisci paziente PAZ_NUMERO ad esempio'PAZ_3' inserisci paziente:

inserisci la data 'anno_mese_giorno' esempio: '2016_06_03'

Eseguire gli script nel seguente ordine:

1. ESEGUI_1_ALLINEAMNETO:

La finestra Control Point Selection Tool, come mostrato nella figura sottostante, visualizzate

l’immagine fissa e l’immagine mobile una di fianco all’altra, in questa finestra l’utente deve

selezionare almeno due punti. Le immagini a disposizione non presentano punti omologhi

facilmente individuabili, quindi, si consiglia di prendere due punti non vicini (esempio: una

nella parte superiore dell’ulcera e l’altro nella parte inferiore dell’ulcera). Se i punti scelti non

sono omologhi si compromette tutto il processo di allineamento delle immagini e bisogna

ripetere la procedura. Selezionati i punti premere su File (ovale rosso in figura) e dopo su

Close Control Point Selection.

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2. ESEGUI_2_SEGMNETAZIONE:

L’utente deve selezionare la ROI (ulcera) cliccando con il mouse i punti che individuano il contorno dell’ulcera; terminata l’operazione fare doppio click .

Se l’utente vuole eseguire la segmentazione deve digitare 1 altrimenti zero, come illustrato nelle istruzioni sotto:

vuoi eseguire la segmentazione per rimuovere pixel di artefatto?

se è si digita 1 altrimenti 0 si 1 oppure no 0:

Completata quest’operazione, se l’utente ha digitato zero termina il programma, se invece, l’utente ha scritto uno, il programma prosegue chiedendo all’utente di inserire il numero di cluster per eseguir la segmentazione Fuzzy, nel display è mostrato:

prova numero di classi K=3,K=4,K=5,

inserisci numero di classi tra 3,4,5 :

L’utente, attraverso un’ispezione visiva dell’immagine alla prima lunghezza d’onda e un’analisi del suo istogramma (escluso il picco del fondo), deve ipotizzare un numero di cluster e valuta il risultato. Se il risultato non è soddisfacente, l’operatore provando più volte l’algoritmo con numero di classi differente deve scegliere la soluzione migliore.Terminata la segmentazione Fuzzy, si passa alla segmentazione a soglia: in una finestra è mostra l’ulcera e si chiede all’utente di selezionare almeno 5 punti che ritiene di artefatto, oppure un punto appartenente al fondo se non identifica nessun pixel di artefatto. Terminata l’operazione l’utente deve fare doppio click.

PUNTI CHE SELEZIONA L’UTENTE

FINITO IL PROCESSO:CONTORNO

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3. ESEGUIRE UNO DEI SEGUENTI SCRIPT, L’ORDINE E’

IRRILEVANTE:

 ESEGUI_4_profili: l’utente deve solo selezionare il profilo e terminare con doppio click.

 ESEGUI_3_DIPATNZA_MAPPA: l’utente deve eseguire le istruzioni mostrate nel display:

inserisci tipo segmentazione dopo i due punti, per soglia :1 per fuzzy:2,

inserisci 1 o 2:

L’utente deve seguire le istruzioni mostrate nel display:

se vuoi vedere i risultati con gli artefatti inserisci 1 altrimenti 2 inserisci 1 0 2:

 ESEGUI_5_CONFRONTO_PRIMA_ULTIMA: l’utente, in ordine, deve eseguire le istruzioni mostrate nel display :

1) inserisci paziente PAZ_NUMERO ad esempio'PAZ_3' inserisci paziente:

inserisci la data 'anno_mese_giorno' esempio: '2016_06_03'

Seleziona punto

Profilo selezionato

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ATTENZIONE: nel caso ci sia mattina o pomeriggio aggiungere:

xxx_yy_zz_mattina,oppure xx_yy_zz_pome, ad esempio: '2016_05_31_mattina' 2) inserisci la data in formato xxxx.mm.gg:

3) inserisci tipo segmentazione dopo i due punti, per soglia :1 per fuzzy:2 inserisci 1 o 2:

4) inserisci data ultimo giorno terapia ad esempio'2016_06_21’

inserisci paziente:

L’utente deve selezionare i profili nelle immagini illustrate, e fine l’operatore deve eseguire le istruzioni a display:

se vuoi vedere i risultati con gli artefatti inserisci 1 altrimenti 2 inserisci 1 0 2:

ATTENZIONE: se l’utente non vuole tenere in considerazione l’immagine post- terapia, ad empio perché non è chiara a causa del telo azzurro, oppure per qualsiasi altro motivo, allora deve eseguire i seguenti script:

1) ESEGUI_B_1_Segmntazione_solo_pre_terapia: stesse istruzioni di ESEGUI_1_ALLINEAMNETO

2) ESEGUI_B_2_profili_mappe_solo_pre_terapia: l’utente deve selezionare il profilo e terminare con doppio click. Infine, l’operatore deve eseguire le istruzioni mostrate nel display:

inserisci tipo segmentazione dopo i due punti, per soglia :1 per fuzzy:2 inserisci 1 o 2:

3) ESEGUI_B_3_CONFRTONO_SOLO_PRE_TERAPIA_PRIMA_ULTIMA:

stesse istruzioni di ESEGUI_2_CONFRONTO_PRIMA_ULTIMA