INDICE
1 INTRODUZIONE 1
1.1 I FUNGHI E L’UOMO 1
1.1.1 Caratteristiche generali degli ifomiceti 3
1.1.2 Classificazione dei funghi 8
1.1.3 Epidemiologia e distribuzione geografica 14
1.1.4 Opportunismo fungino 18
1.1.5 Meccanismi di patogenicità dei miceti 20
1.1.6 Patogenesi delle micosi 22
1.2 MICETI DI INTERESSE MEDICO 24
1.2.1 Il Genere Candida 25 1.2.2 Cryptococcus Neoformans 29 1.2.3 Il Genere Aspergillus 31 1.2.4 I Dermatofiti 34 1.2.5 Il Genere Fusarium 36 1.2.6 Penicillium Marneffei 38
1.3 DIAGNOSI MICROBIOLOGICA DI SPECIE FUNGINE 39
1.3.1 Esame microscopico 42
1.3.2 Indagini colturali 43
1.3.3 Sistemi di identificazione di lieviti 46
1.3.4 Terreni cromogeni 48
1.3.5 Sistemi di identificazione di ifomiceti 51
1.3.7 Indagini molecolari 59
1.4 NUOVE METODOLOGIE NELLA DIAGNOSI MICROBIOLOGICA 61
1.4.1 Lo spettrometro di massa MALDI-TOF 62
1.4.2 Sistema semiautomatizzato HB&L 68
1.5 SCOPO DELLA TESI 77
2 MATERIALI E METODI 77
2.1 Ceppi fungini 77
2.2 Diagnosi di laboratorio di ifomiceti-metodo di routine 80
2.3 Comparazione di terreni diversi per l’isolamento di ifomiceti 84
2.4 Comparazione dei tempi di crescita degli ifomiceti in terreno agarizzato e liquido 85
2.5 Protocolli utilizzati per l’identificazione di ifomiceti tramite spettrometria di massa (MALDI-TOF) 86
3 RISULTATI 92
3.1 Collezione di ifomiceti 92
3.2 Identificazione degli ifomiceti con il metodo di routine 94
3.3 Identificazione degli ifomiceti con il MALDI-TOF 97
3.4 Valutazione della crescita degli ifomiceti su diversi terreni di coltura agarizzati 101
3.4.1 Identificazione con metodo di routine degli ifomiceti isolati su diversi terreni di coltura agarizzati 102
3.4.2 Identificazione con MALDI-TOF degli ifomiceti isolati su diversi terreni di coltura agarizzati 106
3.4.3 Efficienza del sistema MALDI TOF per l’identificazione di ifomiceti isolati sui diversi terreni di coltura agarizzati 107
3.5 Valutazione della crescita degli ifomiceti in diversi terreni di coltura
liquidi 111
3.5.1 Identificazione con metodo di routine degli ifomiceti isolati su diversi terreni di coltura liquidi 113
3.5.2 Identificazione con MALDI-TOF degli ifomiceti isolati su diversi terreni di coltura liquidi 113
3.5.3 L’efficienza del sistema MALDI TOF per l’identificazione di ifomiceti isolati sui diversi terreni di coltura liquidi 115
3.6 Confronto dei tempi di crescita nei terreni di coltura agarizzato e liquido 119
3.7 Identificazione degli ifomiceti utilizzando due librerie del MALDI- TOF MS (Bruker Daltonics) 121
4 DISCUSSIONE 124
5 CONCLUSIONI 127
