Analisi del grado di polimorfismo

Le indagini dei marcatori presi in esame sono state effettuate con il programma GenAlEx 6.5b1. Sono state calcolate le frequenze alleliche nel set dei 60 campioni sulla base dei profili ricavati dai 24 loci SSR e dai 13'000 SNPs.

Tabella 4.4: Nei profili dei 60 campioni (N) per i 24 loci SSR sono stati riscontrati valori

di Na (numero dei differenti alleli per locus) da un minimo di 4, per il locus VVMD17, sino ad un massimo di 18, per il locus VVIv37, con una media pari a Na=10,250 con un errore standard (SE) pari a 0,690; Per i 13'000 SNPs si la media di Na equivale a 1,808 con un SE=0,004. I valori degli alleli effettivi della popolazione (Ne), che è calcolato tenendo conto della frequenza di ogni allele, variano per gli SSR da 1,826 nel locus VVIn73, a massimo 8,099 per VVIp31, con una media di 4,917 con SE=0,360; per gli SNPs la media è di Ne=1,411 con SE=0,004. Lo Shannon’s Information Index (I) risulta essere 1,761 con SE=0,080 per gli SSR mentre è 0,383 con SE=0,003 per gli SNPs. Ho (eterozigoti osservati) negli SSR sono pari a 0,743 negli SNPs sono quasi un terzo,

0,255, ugualmente per He (eterozigoti attesi) 0,764 per gli SSR e 0,250 per gli SNPs. UHe, Unbiased Expected Heterozygosity, che misura l’uniformità degli alleli eterozigoti più comuni nei loci testati è pari a 0,770 con SE di 0,021 negli SSR e 0,252 con SE=0,002 per gli SNPs . SSR N Na Ne I Ho He UHe Media 60,000 10,250 4,917 1,761 0,743 0,764 0,770 SE 0,000 0,690 0,360 0,080 0,028 0,021 0,021 SNP N Na Ne I Ho He UHe Media 60,000 1,808 1,411 0,383 0,255 0,250 0,252 SE 0,000 0,004 0,004 0,003 0,002 0,002 0,002

No. LComm Alleles (<=25%) = No. of Locally Common Alleles (Freq. >= 5%) Found in 25% or Fewer Populations No. LComm Alleles (<=50%) = No. of Locally Common Alleles (Freq. >= 5%) Found in 50% or Fewer Populations He = Expected Heterozygosity = 1 - Sum pi^2

UHe = Unbiased Expected Heterozygosity = (2N / (2N-1)) * He

Dal confronto dei dati statistici si può affermare che i marcatori molecolari SSR hanno un grado di polimorfismo maggiore rispetto ai marcatori molecolari SNPs poiché, avendo la possibilità di riconoscere un numero superiore a due alleli per locus, riescono a rilevare con maggior affidabilità l’eterozigosi della popolazione.

Conclusioni

Dai risultati ottenuti possiamo affermare che la genotipizzazione effettuata mediante i marcatori molecolari SNPs risulta più accurata, anche dal punto di vista della suddivisione nei diversi gruppiall’interno del set preso in esame. Sebbene meno esaustivi anche i risultati ottenuti dai marcatori molecolari SSR offrono un buono strumento d’indagine per quanto riguarda il riconoscimento delle varietà. Come riportato da Arroyo-Garcia et al., 2006 e successivamente da Bacilieri et al., 2013, i campioni si suddividono geneticamente per le origini di provenienza, ciò sta ad indicare che le connessioni filogenetiche, esaminate con questo tipo di marcatori molecolari, tendono a rimanere costanti nel tempo e non subiscono influenze ambientali.

Ringraziamenti

In primis ringrazio il relatore, Dottor Claudio D’Onofrio, e il correlatore di questa tesi, Dottor Claudio Pugliesi, per la loro disponibilità, ringrazio inoltre La Fondazione Bertarelli per il suo contributo nell’analisi delle viti subsp. silvestris e il Progetto Ager. Un enorme grazie alla mia “mentora” Dott.ssa Laura Bedini per i suoi insegnamenti e per avermi seguito e consigliato in questo anno di tesi. Ringrazio poi tutto il personale del Laboratorio di Ricerche Viticole ed Enologiche, le Dott.se Fabiola Matarese, Clizia Gennai e Eleonora Ducci, I tecnici Angela Cuzzola e Rolando Calabro’ e tutti i tesisti che si sono avvicendati in questo anno, che hanno reso piacevole questa esperienza. Grazie alla mia coinqui-amica Gabriella per avermi supportato (e sopportato) durante tutto il percorso 24h su 24! Alle mie “sister’s” Sonia e Ilaria che, anche se lontane, mi sono state sempre vicine. Ringrazio i colleghi del corso di BVM per il bel percorso fatto assieme. In fine un ringraziamento speciale va ai miei genitori e al mio fratellino che hanno sempre e comunque creduto in me, sostenendomi in ogni circostanza, GRAZIE!

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