Creazione del Portale della flora d’Italia
Il Portale della Flora d’Italia, attualmente accessibile online nella sua versione definitiva (Nimis & Martellos 2018, http://dryades.units.it/floritaly/), fu originariamente sviluppato per la prima versione della checklist (Conti et al., 2005). La prima versione del portale (Nimis & Martellos 2007, http://dryades.units.it/checklist/), creata immettendo i dati in un database MySQL, interrogato dinamicamente online tramite software scritto in linguaggio PHP, era diventata parte integrante del sistema di database del progetto Dryades (http://dryades.units.it), tanto da divenire parte integrante di tutti i portali della flora pubblicati online negli ultimi anni. Le “taxon page” dei diversi portali, infatti, erano generate dinamicamente prendendo informazioni sia dai database “locali”, che dalla checklist (vedi sezione successiva).
Questa complessa integrazione ha fatto sì che l’aggiornamento della checklist con i nuovi dati si svolgesse in modo particolarmente attento, al fine di evitare che gli utenti dei portali avessero limiti alle informazioni e problemi di visualizzazione dei dati. Il processo di aggiornamento si è quindi svolto in fasi successive, ognuna propedeutica alle seguenti:
1. Aggiornamento della nomenclatura per i taxa presenti nella vecchia checklist.
2. Aggiornamento della nomenclatura per i taxa presenti nei database del progetto Dryades, ma non inclusi nella vecchia checklist.
3. Aggiornamento del database dei sinonimi.
4. Aggiornamento del software della checklist al fine di operare anche sui dati non presenti nella precedente versione.
I dati delle due checklist (taxa alloctoni e autoctoni), riorganizzati in una unica tabella, sono stati importati in un database MySQL, ospitato sui server del progetto Dryades. La tabella dati ripropone la struttura descritta per la checklist, ma fonde le informazioni di taxa alloctoni e autoctoni. I codici che codificano la presenza nelle regioni amministrative e i tratti funzionali sono mantenuti.
Il software per la gestione e visualizzazione dei dati tramite interfaccia Web è scritto interamente in linguaggio PHP 5.0. Tutte le pagine del portale sono quindi generate dinamicamente, e qualunque aggiornamento ai dati viene tradotto in informazioni aggiornate per gli utenti in tempo reale. I codici che definiscono la presenza nelle regioni amministrative sono mantenuti, e vengono decodificati in fase di visualizzazione delle taxon page. Questi vengono anche usati per la generazione delle mappe distribuzionali, che esprimono con diversi espedienti grafici la distribuzione dei diversi taxa sul territorio. L’apparato iconografico delle taxon page, assieme ai dati relativi ai nomi vernacolari, deriva dagli archivi del progetto Dryades, e in particolare dal Cercapiante (Moro et al. 2017), che al momento (luglio 2018) include più di 190.000 immagini di più di 19.500 taxa infragenerici. Il collegamento tra il portale della flora e queste risorse è basato su un sistema federato, in cui le comunicazioni tra le risorse avvengono secondo un protocollo che prevede:
La nuova versione del software del portale è stata presentata ufficialmente a Milano il 20 giugno 2018, al termine delle fasi di revisione nomenclaturale dei database del progetto Dryades.
Collegamento ai portali delle flore locali del Progetto Dryades
Un prerequisito per la creazione di un portale è la disponibilità di una checklist di riferimento online, solitamente già pubblicata in formato cartaceo, che fornisce automaticamente un solido background nomenclaturale e tassonomico, includendo anche un thesaurus di sinonimi. In Italia, per quanto riguarda le piante vascolari, utilizziamo le checklist oggetto di questa tesi. Un altro prerequisito è la disponibilità di una buona checklist locale dei taxa presenti in una determinata area. Un portale è costituito da un nucleo, ovvero il software che consente le query e visualizza i risultati, e di diverse connessioni ad altri database / archivi che sono stati sviluppati e pubblicati online dal 2002. Pertanto, un portale ha un'architettura distribuita, in cui è rilevante informazioni e media sono ottenuti da risorse online quando richiesto. Il nucleo di un portale è costituito da un database MySQL che memorizza i dati morfologici, distributivi e nomenclaturali utilizzati nel sistema di query, scritti in PHP 5.0. Le interfacce, scritte in HTML 4.0, sono compatibili con qualsiasi browser web comune. La creazione di un portale inizia dalla checklist locale, che è memorizzata in un database. Il portale è costruito attorno ad essa, seguendo questi passaggi principali:
• Collegamento con le checklist nazionali. Questo passaggio è obbligatorio per armonizzare la nomenclatura e preparare l'elenco per le seguenti fasi del processo. Tutti i taxa che non sono presenti nella checklist nazionale (come nomi accettati o sinonimi) sono evidenziati nel processo e devono essere armonizzati uno per uno da un esperto. Eventuali cambiamenti nomenclaturali nella checklist nazionale possono essere automaticamente implementati nei portali. Il processo inizia quando una checklist locale viene inserita nel sistema. Questo viene fatto manualmente selezionando i taxa da un elenco di circa 30.000 nomi di piante memorizzati nel database dei caratteri morfologici. I nomi mancanti possono essere aggiunti come nuovi record. Dopo l'input il sistema rileva automaticamente i nomi che corrispondono ai nomi accettati nella checklist di riferimento e li immette nel sistema con l'identificativo univoco (ID) corrispondente dalla checklist. Se un nome non viene riconosciuto, viene segnalato all'utente. Questi nomi possono essere collegati manualmente ai taxa accettati quando sono sinonimi o immessi come "nuovi taxa" quando non sono presenti nell'elenco di controllo di riferimento (ad esempio nel caso di taxa alieni scoperti di recente o di specie appena descritte). Poiché la lista è una selezione di record nel database dei tratti morfologici, ogni nome è anche collegato con il relativo ID. I due ID vengono utilizzati nel recupero delle informazioni durante l'interrogazione di un portale.
• gli archivi di immagini del progetto Dryades, che attualmente ospitano ca. 230.000 immagini digitali di diversi gruppi di organismi (piante vascolari, licheni, muschi, funghi, ecc.). Gli archivi restituiscono gli URL delle immagini, insieme ai relativi metadati, che vengono visualizzati sia nelle pagine dei risultati e/o nelle pagine dei taxon.
• il database dei nomi volgari italiani, che attualmente ospita ca. 100.000 nomi. I nomi volgari vengono visualizzati solo nelle pagine del taxon.
• la checklist di riferimento, per ottenere dati sulla distribuzione del taxon e qualsiasi altra informazione, incl. note / descrizioni. La messa a punto del sistema richiede conoscenze sulla struttura della checklist di riferimento e dei suoi dati. Nel caso dell'Italia, le informazioni vengono utilizzate anche per generare una mappa di distribuzione. Questi dati sono visualizzati solo nelle pagine del taxon.
La connessione con i diversi archivi e portali viene effettuata inviando il nome del taxon come una richiesta di coppie chiave-valore (KVP). Gli archivi restituiscono i dati codificati in file XML (eXtenible Markup Language), i portali sono in grado di decodificare i file XML e di visualizzare i dati.