Tyrimo metu ištirtas kliniškai sveikų šunų normalios ţarnyno mikrofloros antimikrobinis atsparumas. Iš surinktų mėginių buvo išskirtos dvi pagrindinės ir daţniausiai išskiriamos ţarnyno normalios mikrobiotos bakterijos: Escherichia coli ir enterokokai (Enetrococcus
faecalis ir Enterococcus faecium). Būtent šios dvi D grupės streptokokų nepatogeninės
padermės yra daţniausiai išskiriamos iš šunų ir kačių išmatų mėginių (60). Tuo tarpu nevirulentiška E.coli yra priskiriama prie indikatorinių ţarnyno bakterijų antimikrobiniam rezistentiškumui nustatyti (61).
Iš 75 mėginių išskirtos Escherichia coli ir enterokokų (Enetrococcus faecalis ir
Enterococcus faecium) padermės buvo atsparios bent vienai antimikrobinei medţiagai. Tai
parodo, jog kliniškai sveiki augintiniai gali būti atsparūs antimikrobinėms medţiagoms dėl rezistentiškumo geno paplitimo aplinkoje. Veikiant horizontalios ir vertikalios pernašos mechanizmams, šie genai plinta tarp ţmonių ir gyvūnų. Komensalinės bakterijos, tokios kaip, D grupės streptokokai bei E.coli, rezistentiškumo genus gali perduoti būtent dėl šių pernašų mechanizmo, todėl indikatorinės ţarnyno bakterijos yra natūralūs atsparumo genų šeimininkai ir platintojai (60).
Europoje atlikti tyrimai parodė, jog iš sveikų šunų išskirtai indikatorinei Escherichia coli bei enterokokams (Enetrococcus faecalis ir Enterococcus faecium) buvo nustatytas daugybinis antimikrobinis atsparumas skirtingų klasių antimikrobinėms medţiagoms: tetraciklinui, eritromicinui, ampicilinui, enrofloksacinui ir kt. (62). Mūsų atlikti tyrimai parodė, jog ištirtos bakterijos buvo atsparios būtent šioms antimikrobinėms medţiagoms: enterokokai didţiausią atsparumą parodė gentamicinui (87,1 proc.), eritromicinui (83,9 proc.), linkomicinui (80,6 proc.), tilozinui-tetraciklinui-enrofloksacinui (74,2 proc.). Escherichia coli atspariausia buvo neomicinui (85,4 proc.), ampicilinui (77,1 proc.), sulfonamidui (70,8 proc.), tetraciklinui (64,6 proc.).
Daugybinis atsparumas nustatytas 39 Escherichia colipadermėse iš 67 ištirtų ir 35 enterokokų (Enetrococcus faecalis ir Enterococcus faecium) mėginiuose iš 41 ištirtų (atitinkamai 58,20 proc. ir 85, 36 proc.).Šiose padermėse rezistentiškumas nustatytas 4 ir daugiau skirtingoms antimikrobinėms medţiagoms. Brazilijoje atlikto tyrimo, su sveikų (n=21) ir sergančių (viduriuojančių, (n=19)) kačių intestinaline ţarnyno mikroflora,rezultatai parodė, jog daugybinis atsparumas trims ir daugiau skirtingoms antimikrobinėms
39 medţiagomsbuvo nustatytas 8,4 proc. viduriuojančių kačių ir 17,8 proc. sveikų kačių grupėse. Iš sveikų kačių išmatų išskirta Escherichia coli šiame tyrime labiausiai buvo atspari tetraciklinui (30.5 proc.), ampicilinui (20.0 proc.) ir kotrimoksazoliui (17.9%) (21). Panašūs rezultatai gauti ir mūsų atliktame tyrime su kliniškai sveikais šunimis.
Atsparumo rezultatai parodė, jog Escherichia coli padermės atspariausios buvo šioms antimikrobinėms medţiagoms: neomicinui — 85,4 proc. (aminoglikozidų klasė), ampicilinui — 77,1 proc. (penicilinų klasė), sulfonamidui — 70,8 proc. (sulfonamidų klasė) ir tetraciklinui — 64,6 proc. (tetraciklinų klasė). Portugalijoje atliktais tyrimais su sveikų šunų ir kačių intestinaline ţarnyno lazdele E.coli nustatyta, jog iš 144 surinktų išmatų mėginių iš tiesiosios ţarnos, 20 proc. išskirtų padermių mėginiuose nustatytas atsparumas tetraciklinui, o 15 proc. — ampicilinui(62). Lenkijoje 2007-2013 metais atliktas tyrimas su infekcinėmis ligomis sergančiais šunimis ir katėmis parodė, jog Escherichia coli yra atspariausia neomicinui — iš 730 tyrime dalyvavusių gyvūnų, E.coli atspari buvo net 85,1 proc. visų padermių. Tetraciklinui atsparūs buvo 53 proc. mėginių (n=416)(63). 2012 metais Amerikoje buvo publikuotas straipsnis, kuriame pratęstas 1950-2002 metais atliktas tyrimas dėl antimikrobinio atsparumo ţmonių ir gyvūnų populiacijoje. Viso tyrime surinkti 1729 Escherichia coli mėginiai: 746 mėginiai surinkti iš karvių, kiaulių ir viščiukų. Likę mėginiai surinkti iš ţmonių. Mėginiai paimti iš įvairių vietų: išmatų, limfinių mazgų, cerebrospinalinio skysčio ir t.t. Nustatytas antimikrobinis atsparumas ţmonių mėginiuose ir gyvūnų mėginiuose skyrėsi neţymiai. Iš ţmonių išskirta Escherichia coli atspariausia buvo tetraciklinui (40,6 proc.), sulfonamidui (36,2 proc.), ampicilinui (24,1 proc.), tuo tarpu ištyrus gyvūnų išskirtas
E.colipadermes, ţarnyno lazdelė labiausiai atspari buvo tetraciklinui (71.1 proc., (n=531)),
sulfonamidui (37,1 proc., (n=227)) ir ampicilinui (34,1 proc., (n=225)) (64). Palyginus tyrimų rezultatus, galima teigti, jog tiek sergantys, tiek sveiki gyvūnai didelį atsparumą turi toms pačioms antimikrobinėms medţiagoms. Nepaisant to, jog antimikrobinių medţiagų naudojimas veterinarijoje bei medicinoje vis didėja, Escherichia coli infekcijoms gydyti daţniausiai naudojami antibiotikai yra maţai veiksmingi. Visi antibiotikai, kuriems buvo nustatytas didţiausias atsparumas, buvo susintetinti 1935-1960 metais, todėl atsparumas šioms antimikrobinėms medţiagoms išsivystė gan seniai. Tuo tarpu antimikrobinėms medţiagoms, kurioms rezistentiškumas nebuvo didelis (florfenikolis, enrofloksacinas, timetoprimas/sulfametoksazolas) susintetinti kiek vėliau, 1970-1990 metais.
40 Rantala et al. 2004 metais atliktame tyrime taip pat nebuvo ryšio tarp gyvūnų-augintinių amţiaus ir rezistentiškumo pasireiškimo enterokokų ir Escherichia coli padermėse (65).
Patelių ir patinų grupėse nustatyta, jog E.coli pasitaikė daţniau nei enterokokai (p≤0,05), tačiau nei viena iš tyrime išskirtų bakterijų nuo lyties nepriklausė, t.y. nepaisant lyties enterokokai ir Escherichia coli pasireiškė abiejų lyčių atstovų grupėse, tačiau E.coli išskirtų padermių pasitaikė daugiau (p≤0,01).
Mūsų atliktame tyrime buvo nustatyta, jog aplinka turėjo įtakos antimikrobinių medţiagų rezistentiškumui. Skirtingomis sąlygomis laikomų šunų indikatorinei mikroflorai buvo nustatytas nevienodas atsparumas antimikrobinėms medţiagoms. Labiausiai atsparios buvo prieglaudoje laikomų šunų išskirtos mikroorganizmų padermės (p≤0,05).Šioje grupėje,
Escherichia coli atţvilgiu, visi mėginiai buvo atsparūs daugiau nei 4 antimikrobinėms
medţiagoms (100 proc., (n=10)). Namuose laikomų gyvūnų-augintinų grupėje visi tirti šunys buvo jautrūs florfenikoliui, daugiau nei 60 proc. padermių jautrumas nustatytas amoksicilinui su klavulanine rūgštimi, polimiksinui B. 100 proc. atsparumas nustatytas tik neomicinui. Daugiau nei 40 proc. mėginių jautrūs buvo enrofloksacinui, gentamicinui, trimetoprimui/sulfametoksazolui. Nei vienoje kitoje grupėje rezultatai neparodė tokio jautrumo antimikrobinėms medţiagoms (p≤0,01). Panašūs rezultatai gauti ir su enterokokų padermėmis. Tokie rezultatai galėjo būti dėl aplinkos poveikio, kada prieglaudoje laikomi šunys turėjo itin glaudų kontaktą vienas su kitu, lyginant su kitų grupių šunų laikymo sąlygomis. Prieglaudoje, kurioje buvo renkami mėginai, priglausta buvo virš 40 gyvūnų. Čia pastoviai lankydavosi savanoriai, veterinarijos gydytojai ir kiti lankytojai, buvo nesilaikoma higienos — šunys galėjo uostyti vienas kito išmatas, kiti gyvūnai buvo laikomi po 2-3 viename voljere, kaip kurie šunys buvo paleisti teritorijoje ir galėjo kontaktuoti su visais priglaustais gyvūnais. Manome, jog tokie veiksniai galėjo turėti įtakos rezistentiškumo genus turinčių bakterijų paplitimui. Suomijoje atlikti tyrimo rezultatai parodė, jog prieglaudoje laikomi gyvūnai gali tapti rezistentiškumo genus turinčių bakterijų padermių šeimininkai dėl prieglaudoje laikomų didelio gyvūnų skaičiaus, plataus antibiotikų panaudojimo, lankytojų kaitos, aplinkos sukeliamo streso gyvūnams ir kitų veiksnių (66). Taip pat yra iškelta hipotezė, jog gydyti antimikrobinėmis medţiagomis gyvūnai gali perduoti rezistentiškumo geną ţmonėms, kurie turi glaudų ryšį su gyvūnu (67).
41 Kambaryje laikomi šunys neturėjo didelio kontakto su kitais gyvūnais, lauke praleisdavo trumpą laiką, išvedami būdavo 3-5 kartus per dieną. Buvo ţinoma, jog šioje grupėje tik 4 gyvūnai buvo gydomi simptomiškai nuo tam tikrų susirgimų. Manome, jog šios grupės gyvūnai-augintiniai turėjo ribotą kontaktą su aplinka bei kitais gyvūnais, todėl tai galėjo lemti maţesnį antimikrobinį atsparumą išskirtose bakterijų padermėse.
Atlikti tyrimai parodė, jog lyginant išskirtų E.coli padermių atsparumą tarp sveikų šunų, kurie buvo laikomi prieglaudoje ir namuose, didesnis atsparumas antimikrobinėms medţiagoms nustatytas prieglaudos grupėje (p≤0,01). Uţsienyje atlikti tyrimai parodė, jog iš 88 išskirtų Escherichia coli padermių prieglaudos šunų grupėje, daugybinį atsparumą parodė net 25 proc. mėginių, lyginant su 66 išskirtomis E.coli padermėmis iš namuose laikomų gyvūnų-augintinių grupės (68). Šioje grupėje atsparumas daugiau nei vienai antimikrobinei medţiagai nustatytas 12 proc. visų mėginių (68).
Lauke laikomi šunys buvo laikomi ne po vieną, kiti gyvūnai galėjo kontaktuoti su kaimynystėje gyvenančiais šunimis. Šie augintiniai daţniau buvo vedami į parkus ar kitas vietas, kur galėjo taip pat prieiti prie kitų gyvūnų, uostyti kitų šunų išmatas.
Klinikoje laikomi šunys turėjo kontaktą vienas su kitu pro voljero grotas. Stacionare laikomi augintiai taipogi kontaktavo ir su veterinarijos gydytoju. Atlikti tyrimai parodė, jog klinikoje hospitalizuoti šunys įgyja didelį antimikrobinį atsparumą enterokokų populiacijoje ir gali horizontalia pernaša perduoti rezistentiškumo genus (69). Vis dėlto, yra atlikta nedaug studijų, kurios analizuotų atsparumo paplitimo priklausomybę nuo aplinkos. Jau 1981 metais Monaghan et al. tyrimas su sveikų šunų ţarnyno indikatorine mikroflora nustatė, jog didesnis rezistentiškumas antimikrobinėms medţiagoms buvo didesnis priemiesčiuose laikomų šunų grupėje, lyginant su mieste gyvenančiais šunimis (70).
Skurnik et al. (2006) atliktais tyrimais nustatyta, jog Escherichia coli padermės, išskirtos iš laukinių gyvūnų, kurie gyveno maţesnio gyventojų tankumo zonoje parodė maţesnį atsparumą lyginant su laukinių gyvūnų išskirtais mėginiais, kurie buvo surinkti tankiau apgyvendintoje ţmonių zonoje. Minėtame tyrime buvo atliekami ir molekuliniai-genetiniai tyrimai, kurių rezulatai parodė, jog iš gyvūnų išskirtose E.coli padermėse buvo aptiktas aadA1 rezistentiškumo genas, koduojantis atsparumą streptomicinui (71).
Mūsų tyrime prieglaudoje laikomų šunų išskirtose E.coli padermėse buvo ieškomi atsparumo genai, kurie galėjo koduoti rezistentiškumą panaudotoms antimikrobinėms
42 medţiagoms. Rezultatai parodė, jog aptiktišie rezistentiškumą koduojantys genai: tet genai —
tetA ir tetB — koduojantys atsparumą tetraciklinui (atitinkamai 13,33 proc ir 6,66 proc.).
Yra ţinoma, jog tetraciklinui atsparumas yra dėl šių mechanizmų ląstelėje: enzimų inaktyvacijos, ribosomų apsaugos ir perlaidos kanalų pompos (angl. efflux pump activity) veiklos. Šie mechanizmai sudaro sąlygas išsivystyti atsparumui.Viename mėginyje, kuriame rastas tetB atsparumo genas, aptiktas ir catA1rezistentiškumo genas, koduojantis atsparumą chloramfenikoliui (6,66 proc.).
dfrA1 genas, koduojantis atsparumą trimetoprimui/sulfametoksazolui,yra daţniausiai
aptinkamas genas klinikiniu atveju išskirtose E.coli padermėse (73). Molekuliniai tyrimai parodė, jog šis genas gali būti perduodamas kitoms bakterijoms plazmidţių, transpozonų bei integronų dėka (73). Šis genas buvo rastas ir mūsų atliktame tyrime iš trimetoprimui/sulfametoksazolui atsparių Escherichia coli padermių (6,66 proc.).
E.coli padermės, atsparios gentamicinui, daţniausiai koduojamos aacC2, aac(3)-I, aac(3)-II, aac(3)-IV, ant(2)-I ir aadB enzimais (75). Būtent PGR analizė parodė, jog šie genai
nebuvo aptikti nei vienoje gentamicinui atsparioje padermėje. Tai galėjo būti dėl to, jog PGR buvo panaudoti tik [aac(3)-IV] ir aadA atsparumą koduojantys genai. Nepaisant to, jog grupėje didelis atsparumas buvo nustatytas būtent aminoglikozidų grupei, atsparumo genai tirtose E.coli padermėse aptikti nebuvo.
Nepavyko rasti ir blaatsparumo genų (blaSHV ir blaCMY). Beta-laktamus koduojančių genų yra ne vienas šimtas, tačiau keletas tyrimų parodė, jog TEM bet-laktamazės genai (pvz: TEM-1 β-laktamazės genas) yra daţniausiai pasitaikantys rezistentiškumo genai ampicilinui atsparioms E.coli padermėms gyvūnų tarpe (72). Tai gali paaiškinti, kodėl tyrime nebuvo aptikta bla rezistentiškumo genų iš šiam antibiotikui atsparių mėginių.
catA1ir cmlA yra chloramfenikoliui atsparumą koduojantys genai. Vienas iš šių genų
buvo aptiktas mūsų tyrimo PGR analizės rezulate — tai catA1 rezistentiškumo genas.
cmlArezistentiškumo genas, kuris yra atsakingas uţ atsparumą florfenikoliui ir
chlolarmfenikoliui, florfenikoliui atspariuose padermėse aptiktas nebuvo. Tai gali būti paaiškinta, jog tyrime chloramfenikolis naudojamas nebuvo, o florfenikoliui atsparumą gali koduoti kitas rezistentiškumo genas — floR. Šis genas yra genetinis determinantas atsakingas uţ florfenikolio atsparumą gramneigiamų bakterijų padermėse, taip pat ir iš gyvūnų išskirtose
43
9. IŠVADOS
1. Ištyrus 75 šunų išmatų iš tiesiosios ţarnos mėginius buvo išskirtos 67 (89,3 proc)
Escherichia coli ir 41 enterokokų padermių (54,6 proc).
2. Visos padermės buvo atsparios bent vienai antimikrobinei medţiagai, o daugybinis atsparumas nustatytas 39 E.coli ir 35 enterokokų padermėse (atitinkamai 43,28 proc. ir 87,5 proc.).
3. Didţiausias atsparumas išskirtose Escherichia colipadermėse buvo nustatytas neomicinui (85,4 proc.), ampicilinui (77,1 proc.), sulfonamidui (70,8 proc.) ir tetraciklinui (64,6 proc.), (p≤0,001). Enterokokai atspariausi buvo gentamicinui (87,1 proc.), eritromicinui (83,9 proc.), linkomicinui (80,6 proc.) ir tilozinui-tetraciklinui-enrofloksacinui (74,2 proc.). 4. Aplinkos sąlygos turėjo įtakos rezistentiškumo pasiskirstymui skirtingose gyvūnų augintinių grupėse. Labiausiai atsparūs antimikrobinėms medţiagoms buvo prieglaudoje laikomi šunys, o maţiausiai — kambaryje (p≤0,05). Palyginus lauke laikomų augintinių grupę su hospitalizuotų šunų grupe, atsparumas antimikrobinėms medţiagoms buvo didesnis lauko grupėje (p≤0,05).
5. Iš prieglaudoje laikomų šunų grupės išskirtų atsparių antimikrobinėms medţiagoms
Escherichia coli padermių, buvo rasti rezistentiškumo genai trimetoprimui/sulfametoksazolui
44
10. LITERATŪROS SĄRAŠAS
1. Madoxx TW, Clegg PD, Williams PD, Pinchbeck PD. Antimicrobial resistance in bacteria from horses: epidemiology of antimicrobial resitance. Equine Veterinary Journal. 2015 Aug;47(6):756-765.
2. LukášováJ,Šustáčková A. Enterococci and Antibiotic Resistance. Acta Vet. 2003 Feb;72(2):315-323.
3. Toner E, Adalja A, Gronvall GK, Cicero A, Inglesby TV. Antimicrobial resistance is a global health emergency. Health Security. 2015 Jun;13(3):153-155.
4. Tamang MD, Nam HM, Jang GC. Molecular characterization of extended-spectrum-β-lactamase-producing and plasmid-mediated AmpC β-extended-spectrum-β-lactamase-producing Escherichia
coli isolated from stray dogs in South Korea. Antimicrobial Agents and Chemotherapy.
2012;81(1):91-97.
5. van den Bogaard AE, Stobberingh EE. Antibiotic usage in animals: impact on bacterial resistance and public health. Drugs. 1999 Sep;58(4):589-607.
6. Martínez LJ. Antibiotics and antibiotic resistance genes in natural environments. science. 2008 Jul;321(5887):365-367.
7. Heaney CD, Myers K, Wing S, Hall D, Baron D, Stewart JR. Source tracking swine fecal waste in surface water proximal to swine concentrated animal feeding operations. 2015 Apr;511(1):676–683.
8. Sengeløv G, Halling-Sørensen B, Aarestrup FM. Susceptibility of Escherichia coli and
Enterococcus faecium isolated from pigs and broiler chickens to tetracycline
degradation products and distribution of tetracycline resistance determinants inE.coli from food animals. Veterinary Microbiology. 2003 Aug;95(1-2):91-101.
9. Duriez P, Clermont O, Bonacorsi S, Bingen E, Chaventré A, Elion Jet al. Commensal
Escherichia coli isolates are phylogenetically distributed among geographically distinct
45 10. Henning C, Gautam D, Muriana P. Identification of Multiple Bacteriocins in
Enterococcus spp. Using an Enterococcus-Specific Bacteriocin PCR Array.
Microorganisms.2015;3(1):1-16.
11. Rammona I, Messi P, Immacolata A, Moreno B, Carla S. Antimicrobial resistance and virulence traits in Enterococcus strains isolated form dogs and cats. New Microbiology. 2015 Jul;38(3):369-378.
12. Hammerum AM., Ole E, Heuer EO. Human health hazards from antimicrobial-resistant
Escherichia coli of animal origin. Clinical infectious diseases. 2009 Apr;48(7):916-921.
13. Pedersen K, Pedersen K, Jensen H, Finster K. Occurrence of antimicrobial resistance in bacteria from. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2007 Jun;60(4):775-781.
14. Guardabassi L, Schwarz S, Lloyd HD. Pet animals as reservoirs of antimicrobial-resistant bacteria. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2004 Jul; 54(2):321-332. 15. Davies J, Davies D. Origins and Evolution of Antibiotic Resistance. Microbiol. Mol.
Biol. Rev. 2010 Aug;74(3):417-433.
16. BlairJM, Webber MA, Baylay AJ, Ogbolu DO, Piddock LJ. Molecular mechanisms of antibiotic resistance.Nature Reviews Microbiology.2015;32:42-51.
17. Melloul M, Iraqi D, Udupa SM, Alaoui MA, Alaoui SA, Ibriz M, Elfahime E.Development of specific primers for the detection of HVA1 from barley in transgenic durum wheat by polymerase chain reaction (PCR) technology. African Juornal of Biotechnology. 2015 Jan;13(4):581-592.
18. Ewers C, Grobbel M, Stamm I et al. Emergence of human pandemic O25:H4-ST131 CTX-M-15 extended-spectrum-𝛽-lactamase-producing Escherichia coli among companion animals. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2010 Feb; 65(4):651-660. 19. Ho PL, Chow KH, Lai ELet al. Extensive dissemination of CTX-M-producing
Escherichia coli withmultidrug resistance to ―critically important‖ antibiotics among
food animals in Hong Kong 2008-10. Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 2011 Sep;64(4):765-768.
20. Shaheen BW, Boothe DM, Oyarzabal OA, Smaha T. Antimicrobial resistance profiles and clonal relatedness of canine and feline Escherichia coli pathogens expressing muldrug resistance in the United States. Journal of Veterinary Internal Medicine. 2010 Apr;24(2):23-330.
46 21. Caliman W.C.M, Marin MJ. Comparison of antibiotic resistance of Escherichia coli strains isolated from diarrhetic or healthy cats in Ituverava, Sp, Brazil. Ars Veterinaria. 2012 Jun;28(4):244-249.
22. Kroemer S, El Garch F, Galland D, Petit J-L, Woehrle F, Boulouis H.-J. Antibiotic susceptibility of bacteria isolated from infections in cats and dogs throughout Europe (2002–2009). Comparative Immunology, Microbiology & Infectious Diseases. 2014 Sep;37(2):97-108.
23. D’Costa V, King EC, Kalan L, Morar M, Wilson WL., Schwarz C, Froese D, Zazula G, Calmels F, Debruyne R, Golding G., Hendrik NP., Wright DG. Antibiotic resistance is ancient. Nature. 2011 Aug;477(7365):457-461.
24. World Health Organisation. [Online].; 2015 [cited 2015 December 28. Available from: http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs194/en/.
25. Moyaert H, De Graef EM, Haesebrouck F, Decostere A. Aquired antimicrobial resistance in the intestinal microbiota of diverse cat populations. Res Vet Sci. 2006 Aug;81(1):1-7.
26. van den Bogaard AE, Stobberingh E. Epidemiology of resistance to antibiotics. Links between animals and humans. Intern J Antimicrob Agents. 2000 May;14(4):327-335. 27. Thompson B. Bacterial antibiotic resistance and evolution. Reason and Revelation. 1994
Apr;264(1):61-63.
28. Zatykaa M, Thomas CM. Control of genes for conjugative transfer of plasmids and other mobile elements. FEMS Microbiology Reviews. 1998 Feb;21(4):291-319.
29. Cohens N, Chang ACY, Hsu L. Nonchromosomal antibiotic resistance in bacteria: genetic transformation of Escherichia coli by R-factor DNA. Proceedings of the National Academy of Sciences. 1972 Dec;69(8):2110-2114.
30. Mille RV. Bacterial Gene Swapping. Scientific American. 1997 Jan:278(1):67-71. 31. John D. Genetic Exchange between Bacteria in the Environment. Plasmid. 1999 Aug;
42(2):73-91.
32. Fluit AC, Schmitz FJ.Resistance integrons and super-integrons.Clin. Microbiol. Infect. 2004 Apr;10(4):272-88.
33. Luria SE, Fraser DK, Adams JN, Burrous JW. Lysogenization, transduction, and genetic recombination in bacteria. Cold Spring Harb Symp Quant Biol. 1958;23:71-82.
47 34. Boucher Y, Labbate M, Koenig JE, Stokes HW. Integrons: mobilizable platforms that
promote genetic diversity in bacteria. Trends Microbiol. 2007Jun;15(7):301-309.
35. Tiwari R, Tiwari G. Use of antibiotics: From preceding to contemporary. Scholars research journal. 2011;1(2):59-68.
36. Gulhan T, Boynukara B, Ciftci A, Sogut MU, Findik A. Characterization of
Enterococcus faecalis isolates originating from different sources for their virulence
factors and genes, antibiotic resistance patterns, genotypes and biofilm production. Iranian Journal of Veterinary Research. 2015 Aug;16(3):261-266.
37. Walsh T. Combinatorial genetic evolution of multiresistance. Curr Opin Microbiol. 2006 Sep;9(5):476-482.
38. Hawkey PM, Jones AM. The changing epidemiology of resistance. J Antimicrob Chemother. 2009 Aug;64(1):3-10.
39. Silva N, Igrejas G, Gonçalves A, Poeta PL. Commensal gut bacteria: distribution of
Enterococcus species and prevalence of Escherichia coli phylogenetic groups in
animals and humans in Portugal. Animals of Mircrobiology. 2011 Mar;62(2):449-459. 40. Radhouani H, Poeta P, Goncalves A, Pacheco R, Sargo R, Igrejas G. Wild birds as
biological indicators of environmental. Journal of Medical Microbiology. 2012 Jun;61(6):837-843.
41. Costa D, Poeta P, Briñas L, Sáenz Y et al. Detection of CTX-M-1 and TEM-52 β-lactamases in Escherichia coli strains from healthy pets in Portugal. Journal Of Antimicrobial Chemotherapy. 2004 Nov;54(5):960-961.
42. Robinson AL, McKillip JL. Biology of Escherichia coli O157:H7 in human health and food safety with emphasis on sublethal injury and detection. Research. Muncie,USA: Ball State University, Department of Biology; 2010. Report No.:1.
43. Gruber JS, Ercumen A, Colford JM. Coliform bacteria as indicators of diarrheal risk in household drinking qater: systematic review and metanalysis. PLOS ONE. 2014 Aug;9(9):1-14.
44. Odonkor ST, Ampofo JK. Escherichia coli as an indicator of bacteriological quality of water: an overview. Microbiology Research. 2013 Apr;4(1):5-11.
48 45. Asai T, Kojima A, Harada K, Ishihara K et al. Correlation between the usage volume of
veterinary therapeutic antimicrobials and resistance in Escherichia coli isolated from the feces of food-producing animals in Japan. Jpn. J. Infect. Dis. 2005 Dec;58(6):369-372. 46. Kühn I, Iversen A, Burman LG, Olsson-Liljequist B, Franklin A, Finn. Epidemiology
and resistant strains, in animals, humans and the environment. Example of an ongoing project within the European research programme. Int J Antimicrob Agents. 2000 May;14(4):337-342.
47. Boynukara B; Ekin IH, Aksakal A, Gülhan T et al.Virulence factors of
Enterococcusfaecium and Enterococcus faecalis strains isolated from humans and pets.
Turkish Journals of Veterinary and Animal Sciences.2006 Mar;30(5):477-482.
48. Moubareck C, Bourgeois N, Courvalin P, Doucet-Populaire F. Multiple antibiotic resistance gene transfer from animal to human enterococciin the digestive tract of gnotobiotic mice. Antimicrobial agents and chemotherapy. 2003 Aug;47(9):2993-2996. 49. Carattoli A. Resistance plasmid families in Enterobacteriaceae. Antimicrob Agents
Chemother. 2009 Jun;53(6):2227-2238.
50. Hall RM, Collis CM. Antibiotic resistance in gram‐negative bacteria: the role of gene cassettes and integrons. Drug Resist Updat. 1998 Jan;1(2):109-119.
51. Huret JL. DNA: molecular structure. Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 2006 Aug;112-123.
52. Bryan A, Shapir N, Sadowsky MJ. Frequency and distribution of tetracycline resistance genes in genetically diverse, nonselected, and nonclinical Escherichia coli strains isolated from diverse human and animal sources. Applied and enviromental microbiology. 2004 Apr;70(4):2503-2507.
53. Rocha-Gracia RC, Cortés-Cortés G, Lozano-Zarain P,Bello F, Martínez-Laguna Y, Torres C. Faecal Escherichia coli isolates from healthy dogs harbour CTX-M-15 and CMY-2 β-lactamases. The Veterinary Journal. 2015 Mar;203(3):315-9.
54. Wendlandt S, Shen J, Kadlec K, Wang Y, Li B et al. Multidrug resistance genes in staphylococci from animals that confer resistance to critically and highly important antimicrobial agents in human medicine. Trends in Microbiology. 2015 Jan;23(1):44-54.
49 55. Frye JG, Jackson CR. Genetic mechanisms of antimicrobial resistance identified in
Salmonella enterica, Escherichia coli, and Enteroccocus spp. isolated from U.S. food
animals. Front Microbiol. Front Microbiol. 2013 May;4(135):1-37.
56. Jackson CR, Davis JA, Frye JG, Barrett JB, Hiott LM. Diversity of Plasmids and Antimicrobial Resistance Genes in Multidrug-Resistant Escherichia coli Isolated from Healthy companion animals. Zoonoses and Public Health. 2015Feb;62(6):479-488. 57. De Graef EM, Decostere A, Devriese LA, Haesebrouck F.Antibiotic resistance among
fecal indicator bacteria from healthy individually owned and kennel dogs. 2004; 10(1):65-69.
58. Ghosh A, Kukanich K, Brown CE, Zurek L.Resident cats in small animal veterinary hospitals carry multi-drug resistant enterococci and are likely involved in cross-contamination of the hospital environment. 2012 Feb;3(62):1-12
59. Jackson CR, Fedorka-Cray PJ, Davis JA, Barrett JB, Frye JG.Prevalence, species distribution and antimicrobial resistance of enterococci isolated from dogs and cats in the United States. 2012 Feb;3(62):1-12.
60. Navarro-Gonzalez N, Porrero MC, Mentaberre G, Serrano E, Mateos A, Domínguez L, Lavína S. Antimicrobial resistance in indicator Escherichia coli isolates from free-ranging livestock and sympatric wild ungulates in a natural environment (Northeastern Spain). Appl Environ Microbiol. 2013 Sep;79(19):6184-6186.
61. Costaa D, Poetaa P, Sáenzd Y, Coelhoa AC et al. Prevalence of antimicrobial resistance and resistance genes in faecal Escherichia coli isolates recovered from healthy pets.