33èmes Rencontres du G.E.E.F.S.M.
Groupe d'Etudes sur l'Eco-pathologie de la Faune Sauvage de Montagne
Balme et Ala di Stura (TO), Italie21 - 24 Mai 2015
Projet MAZE.ROE: étude du microbiote intestinal et du régime alimentaire du chevreuil (Capreolus capreolus) dans les Alpes Italiennes
Riccardo Orusa1, Marco Ballardini1, Wibke Peters2,3, Annapaola Rizzoli2, Francesca Crestanello2,
Matteo Girardi2, Serena Robetto1, Cristina Guidetti1, Heidi Hauffe2, Francesca Cagnacci2 1 Centro Nazionale di Referenza per le Malattie degli Animali Selvatici (CERMAS), Istituto
Zooprofilattico Sperimentale del Piemonte, Liguria e Valle d'Aosta, Quart (AO), Italie
2 Dipartimento Biodiversità ed Ecologia Molecolare (DBEM), Fondazione Edmund Mach, San
Michele all'Adige (TN), Italie
3 Ungulate Ecology Research Lab, University of Montana, USA
Abstract
Les populations du chevreuil (Capreolus capreolus) en Italie sont en expansion dépuis 30 ans (Carnevali et al. 2009). Cette espèce est impliquée dans les cycles de transmission de plusieurs maladie infectieuses et parasitaires, y compris des zoonoses (Carpi et al. 2009, Solarczyk et al. 2012); de toutes façons, le role de cette espèce comme reservoir de pathogènes intestinals n'a pas été investigué jusqu'au présent. Parallelement, son impact écologique sur la végétation er son régime alimentaire, consideré comme un proxy de son état de santé, reste largement inconnu. Le projet MAZE.ROE, financé par le Ministère de la Santé, se propose donc d'étudier la communauté bactérienne (microbiote) et le régime alimentaire du chevreuil dans le Alpes Italiennes à travers d'un approche métataxonomique couplé au séquençage haut débit (NGS). Les barcodes choisis pour l'identification d'espèces bacteriennes et des plantes vasculaires correspondent respectivement à la région V3-V4 du gène 16S rRNA et à l'intron trnL(UAA) de l'ADN chloroplastique. Un ensemble de 384 échantillons fécales ont été collectés en 2013-2014 dans le régions Trentino et Vallé d'Aoste et sont en cours d'analyse.
