Filippo Barattolo è Professore Ordinario di Biostratigrafia per la Laurea Magistrale in Geologia e Geologia Applicata, inoltre è incaricato del corso di Paleontologia e Paleoecologia per la Laurea Triennale in Cultura ed Amministrazione dei Beni Culturali all'Università degli Studi di Napoli Federico II. La sua produzione scientifica si è concentrata sullo studio della morfologia, della struttura e della sistematica delle Alghe verdi Dasicladali delle facies di piattaforma carbonatica d'età compresa tra il Triassico e l'Eocene.
Si è occupato anche di stratigrafia dei terreni di piattaforma carbonatica mesozoici e di terreni quaternari (Capri) e recentemente si è interessato di museologia e di storia della paleontologia.
Filippo Barattolo è stato Direttore del Museo di Paleontologia dal 1992 al 2001, Direttore del Dipartimento di Paleontologia dal 1994 al 1997, Presidente del C. d. L in Scienze Naturali dal 1995 al 2003, Coordinatore del Dottorato in Analisi dei Sistemi Ambientali dal novembre 2007 al 2012, Coordinatore della Scuola di Dottorato in Scienze della Terra dal marzo 2008 al 2012.