Configurazione

2. Immettere il nome del file; quindi utilizzare l'editor dei pozzetti (vedere la Sezione 3.1.1) e l'editor

dell'esperimento (vedere la Sezione 3.1.2) per regolare le impostazioni per lo specifico esperimento. Fare clic su Options per accedere alle opzioni avanzate di configurazione e analisi dei dati (vedere la Sezione 3.1.3).

1. Fare clic su Setup per immettere informazioni su campioni, dosaggi ed esperimenti.

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■ Per aprire i dettagli (impostazioni e dati) salvati di un altro esperimento, fare clic su Plate > Load e selezionare il file

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■ Per aprire un modello salvato per la mappa di una piastra (solo impostazioni, senza dati), fare clic su Template > Load e selezionare il file

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■ Per creare un nuovo modello, fare clic su Template > New

Per sovrascrivere le informazioni di configurazione per una piastra aperta (tipo e nome dell'esperimento, nome del campione e così via), fare clic su Template > Load. Nella finestra Load template fare clic su Overwrite.

Interfaccia di configurazione del software QuantaSoft. La mappa della piastra è un diagramma dei pozzetti nella piastra a 96 pozzetti e contiene informazioni su tipo di analisi, campione e dosaggio associati allo specifico pozzetto. Dopo un'acquisizione, contiene anche i dati della concentrazione. di goccioline o in modalità di simulazione) Opzioni avanzate di configurazione e analisi dei dati

Apertura dell'editor dell'esperimento Caricamento o creazione di un modello

(solo impostazioni)

Caricamento di impostazioni e dati da esperimenti precedenti

Mappa della piastra

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3.1.1 Utilizzo dell'editor dei pozzetti

Utilizzare l'editor dei pozzetti per definire le impostazioni (campioni, tipo di esperimento e tipo di rivelazione) per la piastra. I tipi di campioni ed esperimenti sono contrassegnati da codici a colori e possono essere personalizzati per un facile riferimento nella mappa della piastra.

1. Per aprire l'editor dei pozzetti, fare doppio clic sul pozzetto o sui pozzetti da modificare. I pozzetti selezionati sono evidenziati in grigio e l'editor dei pozzetti è visualizzato sul lato superiore dell'interfaccia.

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■ Per selezionare più pozzetti, tenere premuto il tasto Ctrl e selezionare i pozzetti

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■ Per selezionare pozzetti in una sequenza continua (orizzontale o verticale), tenere premuto il tasto Maiusc e selezionare il primo e l'ultimo pozzetto

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■ Per selezionare tutti i pozzetti nella piastra, fare doppio clic nell'angolo superiore sinistro della piastra

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■ Per selezionare una riga o una colonna, fare doppio clic sulla lettera o sul numero della riga o della colonna 2. Nel pannello Sample immettere il nome del campione nel campo Name e selezionare il tipo di esperimento

dal menu a discesa Experiment.

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■ Nel menu a discesa sono visualizzati tutti gli esperimenti salvati, insieme all'opzione add experiment... per aggiungere un esperimento

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■ Il nome del campione distingue tra minuscole e maiuscole; solo i pozzetti con nomi del campione identici possono essere trattati come pozzetti combinati durante l'analisi dei dati

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■ Per creare o modificare un esperimento, utilizzare l'editor dell'esperimento (vedere la Sezione 3.1.2) 3. Selezionare la Supermix dal menu a discesa (operazione obbligatoria; la selezione non può essere

modificata dopo la raccolta dei dati).

Opzioni dei tipi di dosaggi.

Editor dei pozzetti. Sono mostrate le impostazioni per la quantificazione assoluta di due campioni sconosciuti in un singolo campione.

Unused: canale inutilizzato

Unknown: campione sperimentale sconosciuto

Reference: target o gene di riferimento (necessario per i calcoli del rapporto, CNV o RED)

Positive: controllo positivo Negative: controllo negativo

Blank: nessun campione; utilizzare per i pozzetti che non verranno analizzati

NTC: controllo senza modello

QX200 Droplet Reader, IVD e software QuantaSoft Manuale di istruzioni

Reset: ripristina le impostazioni predefinite Apply: applica le impostazioni senza uscire

dall'editor dei pozzetti Cancel: chiude senza salvare le modifiche OK: salva le modifiche e chiude l'editor dei

pozzetti

DIR ID 10000052067/Z03/000/A 2015-12-11 Released CM# 500000002967

Capitolo 3 Utilizzo del software QuantaSoft Capitolo 3 Utilizzo del software QuantaSoft

4. Definire Target 1 (canale 1, il canale FAM) e Target 2 (canale 2, il canale VIC o HEX). Assegnare a ciascun dosaggio un nome Name e un tipo di campione Type.

Via via che vengono immesse, le impostazioni sono visualizzate nella casella Applied Well Settings. Al termine, fare clic su Apply o su OK per salvare le informazioni. Le impostazioni sono visualizzate nel pozzetto nella mappa della piastra.

Suggerimenti:

È possibile cambiare il pozzetto selezionato utilizzando la mappa della piastra senza uscire dall'editor dei pozzetti.

Per aggiungere ai pozzetti selezionati nomi dei campioni o dei dosaggi con incrementi numerici, selezionare la casella di controllo Auto Inc accanto a Name.

Utilizzare i tasti di scelta rapida standard di Windows per copiare, incollare ed eliminare le selezioni (per esempio utilizzare Ctrl+c per copiare una selezione, Ctrl+z per annullare un'operazione e così via).

3.1.2 Utilizzo dell'editor dell'esperimento

Utilizzare l'editor dell'esperimento per definire il tipo di esperimento. Per aprire l'editor dell'esperimento, selezionare Experiment > add experiment... nell'editor dei pozzetti oppure selezionare New o Edit (fare doppio clic sul nome di un esperimento) nella finestra Experiments alla voce Setup. Sono possibili quattro tipi di esperimenti: Absolute Quantification (ABS), Rare Event Detection (RED), Copy Number Variation (CNV) e Gene Expression (GEX). Un elenco predefinito di esperimenti è fornito all'installazione, ma è possibile creare e salvare esperimenti personalizzati; le installazioni di aggiornamento preservano gli elenchi correnti degli esperimenti.

Via via che vengono immesse, le impostazioni sono riassunte nella casella Applied Well Settings. Fare clic su Apply o su OK per salvare le informazioni sull'esperimento. Le impostazioni sono visualizzate nel pozzetto nella mappa della piastra.

Se tutti i parametri Sample Name, Experiment, Target Name, Target Type e Supermix corrispondono su più pozzetti (ognuno di questi parametri distingue tra maiuscole e minuscole), il software può identificare i pozzetti come “combinati” e fornire l'opzione di visualizzazione dei dati combinati durante l'analisi (vedere la Sezione 3.3).

Editor dell'esperimento. Sono mostrate le opzioni per un esperimento CNV.

Le opzioni del numero di copie sono visibili solo per gli esperimenti CNV

Personalizzazione dei codici a colore per gli esperimenti (per esempio per tipo di esperimento, utente e così via)

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