Gli studi di docking sono stati eseguiti dal Dr. Tiziano Tuccinardi del gruppo di ricerca del Prof. Adriano Martinelli presso l’Università di Pisa.
La struttura cristallografica di ERα (codice PDB 2I0J )34
e di ERβ (codice PDB 2I0G)34 è stata presa dal Protein Data Bank. Dopo l’aggiunta di atomi di idrogeno, le due proteine complessate con il loro inibitore sono state minimizzate utilizzando il programma Amber 935 e Parm03 come campo di forza a 300K. Il complesso è stato inserito in un parallelepipedo rettangolare costituito da acqua, in un solvente esplicito. Sono stati aggiunti ioni sodio per neutralizzare il sistema. I ligandi sono stati costruiti utilizzando Maestro36 e sono stati minimizzati con l’aiuto di Macromodel36
in ambiente acquoso, utilizzando il metodo CG fino a raggiungere un valore di convergenza pari a 0.05 kcal/Å mol, MMFFs come campo di forza e una costante dielettrica di 1.0.
Il docking è stato effettuato mediante il programma AUTODOCK 4.033. AUTODOCK Tools è stato utilizzato al fine di individuare gli angoli di torsione nei ligandi, addizionare solvente e assegnare la carica atomica di Kollman alla proteina. La carica del ligando è stata calcolata usando il metodo Gasteiger. Durante il docking, per prevenire la perdita del legame ad idrogeno intramolecolare del sistema pseudo ciclico è stata bloccata la torsione coinvolta in tale legame. Usando Lamarckian Algorithm, i composti dokati sono soggetti a 100 cicli di ricerca di Autodock.
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Ringraziamenti
“Molti pensano che laurearsi sia un’avventura solitaria … invece sono tante le persone che contribuiscono, anche inconsapevolmente; sono coloro che mi hanno seguito, appoggiato e incoraggiato in questi anni e che, in un modo o nell’altro, fanno parte della mia vita.
Con la speranza che rimangano accanto a me ancora molto a lungo, voglio dirgli grazie! Al prof. Filippo, ad Andrea e Giulia, per il tempo e la dedizione che hanno dedicato a questa Tesi e alla sua autrice … e per i loro preziosi consigli. Grazie. Grazie. Grazie.
Alle mie G.A.F., le amiche che ci si augura di avere accanto per tutta la vita, per i sorrisi contagiosi e per le canzoni cantate in macchina per le strade di Pisa. Grazie.
Ai miei amici, con la speranza di trovarmeli vicino in tutti i momenti importanti, per il sostegno, l’appoggio e l’amicizia sincera. Grazie.
Alla mia metà e al destino che me l’ha regalato, per come vede il mondo e per come me lo fa guardare. Grazie.
A tutta la mia grande famiglia, quelli che ci sono, quelli che ci sono stati e quelli che ci saranno. Grazie.
Ai miei genitori, per ciò che mi hanno insegnato, e per quello che mi hanno permesso di imparare da sola. Per ciò che sono e ciò che sarò. Grazie.”