UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI PISA
Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali
Corso di Laurea Magistrale in Biologia Molecolare e Cellulare
LE PROTEINE HMGA:
ANALISI FILOGENETICA
Relatore: Candidato:
Robert Vignali Lorenzo Zambini
SOMMARIO
1) ABSTRACT Pag. 4
2) RIASSUNTO Pag. 5
3) INTRODUZIONE: LE PROTEINE HMGA Pag. 6
-Le proteine HMG Pag. 6
-Le proteine HMGA Pag. 6
-Le HMGA durante l'embriogenesi Pag. 8
-Le interazioni delle HMGA Pag. 9
4) INTRODUZIONE: LA FILOGENOMICA Pag. 11
-L’analisi filogenetica Pag. 11
-Ricerca in banca dati Pag. 11
-Gli alberi filogenetici Pag. 13
-Metodi basati sulle distanze Pag. 13
-Metodi basti sui caratteri Pag. 14
-Stimare l'attendibilità di un albero Pag. 15
-Alberi Rooted e Unrooted Pag. 16
-L'Outgroup Pag. 16
-Il problema della saturazione Pag. 17
-Il Likelihood-mapping analysis Pag. 18
5) SCOPO DELLA TESI Pag. 19
6) MATERIALI E METODI Pag. 20
-Ricerca in banca dati Pag. 20
-Il dataset Pag. 20
-Allineamento proteico Pag. 20
-Allineamento nucleotidico Pag. 21
-Siti di splicing Pag. 21
-Studio sull'allineamento amminoacidico
(ricerca dei caratteri diagnostici) Pag. 21
-Selezione delle sequenze identiche Pag. 21
-Il test di saturazione Pag. 23
-Il test del Modello Pag. 24
-Alberi Maximum Likelihood (ML) Pag. 25
-Alberi con Inferenza Bayesiana (BI) Pag. 25
-Analisi di un secondo dataset Pag. 26
7) RISULTATI Pag. 28
-Sequenze scaricate in banca dati Pag. 28
-Sequenze HMGA1 Pag. 29
-Sequenze HMGA2 Pag. 31
-Sequenze HMGA Pag. 32
-Allineamento delle sequenze proteiche Pag. 33
-Allineamento delle sequenze nucleotidiche Pag. 36
-Caratterizzazione delle proteine HMGA Pag. 45
-Proteine HMGA1 Pag. 45
-Proteine HMGA2 Pag. 46
-Proteine HMGA di invertebrati protostomi e deuterostomi Pag. 47
-Test Likelihood mapping Pag. 50
-Test di saturazione secondo il metodo Xia et al. (2003) Pag. 51
-Alberi dell'allineamento nucleotidico del primo dataset Pag. 52
-Alberi dell'allineamento amminoacidico del primo dataset Pag. 55
-Creazione di un secondo dataset Pag. 58
-Alberi dell'allineamento nucleotidico del secondo dataset Pag. 59
-Alberi dell'allineamento amminoacidico del secondo dataset Pag. 62
8) DISCUSSIONE Pag. 65
9) MODELLO PROPOSTO Pag. 73
10)CONCLUSIONI Pag. 75
11) BIBLIOGRAFIA Pag. 76
12) RINGRAZIAMENTI Pag. 80
