Wellmicro Srl Via Piero Gobetti, Bologna, Italia Tel

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I VANTAGGI DEL NOSTRO METODO E COME LEGGERE IL TEST

TECNOLOGIA DEL TEST E AFFIDABILITÀ DEI DATI

I risultati del test vengono ottenuti tramite la tipizzazione molecolare della comunità microbica presente nel campione attraverso sequenziamento massivo parallelo (Next Generation Sequencing) delle regioni ipervariabili V3 e V4, del gene che codifica per la subunità ribosomale 16S (per la componente batterica), e della regione ITS2 (per la componente fungina) su piattaforma MiSeq - Illumina.

Per ottenere un risultato certo da questa tecnologia è estremamente importante mettere a punto dei protocolli affidabili in ogni fase di lavorazione. I nostri protocolli, infatti, sono stati sviluppati utilizzando appositi campioni di controllo, sia positivi che negativi, che utilizziamo come riferimento. Se qualche passaggio del nostro protocollo non va a buon fine, allora il campione viene rianalizzato.

GRUPPO DI RIFERIMENTO E “ZONA EUBIOTICA”

I dati descrittivi e funzionali del microbiota in esame sono presentati confrontandoli con una banca dati di riferimento costituita da individui volontari adulti sani di entrambi i sessi le cui sequenze sono state ottenute da studi indipendenti adottando la stessa metodologia NGS utilizzata per l’esecuzione di questo report, garantendo così la massima affidabilità per il confronto del campione analizzato con il dataset di riferimento. Tali soggetti sono stati inclusi come gruppo di controllo in studi scientifici sul microbiota intestinale pubblicati su riviste peer-reviewed internazionali di settore. Il gruppo di controllo rappresenta quindi un robusto riferimento per tutti gli individui appartenenti alla cosiddetta “dieta occidentale”. Dal momento che il microbiota intestinale varia tra individuo e individuo, non è possibile identificare un unico e ben definito profilo “sano” del microbiota. Per questo motivo è particolarmente importante avere un numero consistente di soggetti sani di riferimento dai quali definire una cosiddetta “Zona Eubiotica”. Tale Zona Eubiotica rappresenta tutte le possibili configurazioni “sane” (eubiosi) del microbiota con il quale poter confrontare il campione in esame e definire una eventuale disbiosi.

BIOINFORMATICA E DATABASE IMPLEMENTATI

Una volta che il DNA microbico viene estratto dal campione e sequenziato in laboratorio, è necessaria una opportuna e qualificata analisi bioinformatica dei dati per l’identificazione del QUANTO e di QUALI microrganismi sono presenti nel campione. L'analisi si basa sull’utilizzo dei più diffusi e riconosciuti strumenti bioinformatici della comunità scientifica internazionale, come il pacchetto open-source QIIME2 (v.2020.06) e conseguente assegnazione tassonomica sui database SILVA (v.132) (per la componente batterica) e UNITE (v.7.2) (per la componente fungina). Dal momento che, come per il “profilo sano”, anche per i database non ne esiste uno ideale per qualunque analisi, ne utilizziamo una nostra versione periodicamente aggiornata per massimizzare l’affidabilità del test. Una volta ottenuta l’assegnazione tassonomica e le abbondanze relative dei diversi gruppi microbici viene elaborata l'interpretazione funzionale dell'ecosistema mediante il nostro brevetto di metodo.

UN BREVETTO PER L’INTERPRETAZIONE DEL PROFILO MICROBICO

Per interpretare il potenziale impatto del microbiota intestinale sulla nostra fisiologia, si richiede un costante aggiornamento di competenze dalla più autorevole letteratura scientifica internazionale. In altre parole, data la composizione microbica del campione, in che modo tale composizione si traduce in informazioni fruibili? La nostra metodologia brevettata risponde a questa esigenza. Tramite una innovativa metodologia di calcolo che utilizza i dati di controllo come riferimento, siamo in grado di valutare quanto il campione analizzato si discosti da un Piano di Salute caratteristico di specifiche patologie e/o disturbi e funzioni metaboliche. In questo modo è possibile

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sapere su quali aspetti della nostra fisiologia il microbiota analizzato stia contribuendo o meno al mantenimento di una condizione di salute e quali siano gli attori microbici coinvolti.

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DATI DEL RICHIEDENTE

ID REPORT Esempio

NOME _Abc

COGNOME _Xyz

DATA ACCETTAZIONE CAMPIONE 15/04/2021 DATA EMISSIONE REPORT 30/04/2021

ETA’ ₅₆

SESSO _M

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SOMMARIO DEI RISULTATI - BATTERI

Di seguito vengono riportati in maniera riassuntiva i risultati più rilevanti del test. Nelle pagine successive sarà possibile entrare nel dettaglio dei singoli parametri.

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SOMMARIO RISULTATI - MICETI

Di seguito vengono riportati in maniera riassuntiva i risultati più rilevanti del test. Nelle pagine successive sarà possibile entrare nel dettaglio dei singoli parametri.

ECOLOGIA E COMPOSIZIONE FOCUS SPECIE DI CANDIDA

VALUTAZIONE COMPLESSIVA DEL MICOBIOTA

Genere Candida < del 10% del totale dell’ecosistema e/o specie di Candida patogene < dell’1%

Genere Candida tra il 10% e il 20% del totale dell’ecosistema e/o specie di Candida patogene tra 1% e 10%

Genere Candida > del 20% del totale dell’ecosistema e/o specie di Candida patogene > dell’10%

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SEZIONE 1: COMPOSIZIONE BATTERICA GENERALE

● LIVELLO PHYLUM

Di seguito vengono riportati i principali taxa (unità tassonomiche) batterici al livello tassonomico di phylum dell’ecosistema analizzato confrontato con i valori del dataset di riferimento ed espresso in termini percentuali. L’area verde rappresenta l’intervallo di riferimento dei valori dei soggetti sani (Range) e, se il valore campione (Valore) rappresentato dal puntino si discosta dall’intervallo, è riportato in rosso.

● RATIO FIRMICUTES/BACTEROIDETES

Di seguito viene riportato il rapporto tra le abbondanze relative dei 2 phyla batterici (Firmicutes e Bacteroidetes) più rappresentati nell’intestino umano (insieme ricoprono oltre il 90% dell'ecosistema). Un rapporto alterato, sia in termini di aumento che di diminuzione, è stato associato a diverse condizioni patologiche di carattere metabolico, cardiovascolare e neurologico.64, 65, 103

RATIO VALORE CAMPIONE VALORE RIFERIMENTO VALUTAZIONE

Firmicutes/Bacteroidetes 3.57 1.2 - 4.4 Normale

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● RATIO PREVOTELLA/BACTEROIDES

Di seguito viene calcolato il rapporto tra i generi Prevotella e Bacteroides (P/B) che è ritenuto essere un potenziale marcatore predittivo per la perdita di peso. Individui con un alto rapporto P/B sono più suscettibili alla perdita di peso, comparati ai soggetti con un basso rapporto P/B, specialmente in risposta ad una dieta ricca di fibre (e possibilmente di carboidrati), di proteine e povera di grassi. Infatti, in risposta a una stessa dieta ricca di fibre, carboidrati e proteine e povera di grassi, un alto rapporto Prevotella/Bacteroides favorisce una maggior perdita di peso rispetto agli individui con un basso rapporto.^116,

117, 118, 119

RATIO VALORE CAMPIONE VALORE RIFERIMENTO VALUTAZIONE

Prevotella/Bacteroides 0.0 0.01 - 0.2 Basso

● ENTEROTIPO

Sebbene il microbiota intestinale abbia una variabilità individuale, può essere suddiviso in enterotipi, cioè gruppi che presentano caratteristiche strutturali simili. L'enterotipo si sviluppa durante i primi 3 anni di vita ed è determinato dalla dominanza di uno specifico genere batterico. Numerosi studi hanno consolidato l’esistenza di 2 enterotipi ben definiti, Enterotipo 1 dominato da Bacteroides o Enterotipo 2 dominato da Prevotella, e di un terzo enterotipo definito da n possibili configurazioni intermedie, Enterotipo Misto. Gli enterotipi vengono associati a differenze funzionali in termini di capacità metaboliche: 2, 22, 92, 111, 120

- Bacteroides: alta capacità saccarolitica e proteolitica e associato al consumo frequente di alimenti di origine animale

- Prevotella: alta capacità fibrolitica e associato al consumo frequente di alimenti di origine vegetale - Misto: può essere una combinazione bilanciata degli altri enterotipi o dominato da altri generi batterici

ENTEROTIPO DESCRIZIONE

Misto Può essere una combinazione bilanciata degli altri enterotipi o dominato da altri generi batterici

● INDICE DI DISBIOSI MICROBICA

ll termine disbiosi indica un’alterazione dell’ecosistema microbico intestinale rispetto a quello che è considerato un profilo sano. L’alterazione può̀ essere data sia da una riduzione che da un incremento di uno o più̀ gruppi batterici rispetto ai valori di riferimento costituito da individui adulti sani. Il valore qui riportato è un indice di nostra progettazione che quantifica tale grado di disbiosi e che riflette le caratteristiche strutturali dell'ecosistema soprariportate. All'aumentare del valore dell'indice, aumenta il grado di disbiosi, che viene determinato sia dal numero e qualità dei taxa batterici che si discostano dai valori di riferimento che dall’entità di tali discostamenti. A parità di discostamenti, quelli di taxa batterici con valori di riferimento più bassi comportano un maggior grado di disbiosi.

Nessuna (0 – 0.5) Lieve (0.6 – 3) Forte (3.1 – 6) Molto forte (6.1 – 10)

Grado di disbiosi dell'ecosistema microbico intestinale: le soglie sono stabilite in base alla distribuzione statistica del

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● RICCHEZZA DI SPECIE (Obs. Species)

La ricchezza di specie descrive il numero di diverse specie di batteri rilevate nel campione. Più il microbiota è diversificato, più sarà alto il numero di specie batteriche presenti e più sarà ampio l’arsenale metabolico a disposizione dell’ospite e della sua fisiologia.^{18, 23}

VALORE CAMPIONE VALORE RIFERIMENTO VALUTAZIONE

Ricchezza (n. specie) 141 80 - 235 Normale

● DIVERSITÀ FILOGENETICA (Phylogenetic Diversity Whole Tree)

La diversità filogenetica descrive la varietà del campione analizzato. Mentre la ricchezza di specie descrive quanti tipi diversi di batteri sono presenti, la diversità filogenetica indica anche quanto i batteri sono distanti (diversi) filogeneticamente tra di loro. Maggiore è la diversità nell'intestino e più resiliente è l’ecosistema microbico. Inoltre, molti studi hanno dimostrato come un basso grado di diversità sia associato a disturbi e/o patologie.23, 36, 37, 48, 49, 69, 113

Diversità (distanza filogenetica) 18.2 6.51 - 20.03 Normale

● DISTRIBUZIONE (Inv. Simpson Index)

La distribuzione dei taxa è un'ulteriore misura per caratterizzare la biodiversità dei batteri intestinali ed esprimequanto è uniforme la distribuzione dei diversi gruppi batterici tra di loro. Maggiore è l’uniformità, più equilibrata è la distribuzione dei diversi taxa batterici e di conseguenza è meglio strutturato il microbiota. Ad esempio, se nel campione venissero rilevati solo due generi batterici come Prevotella e Bifidobacterium, con rispettivamente il 2% e il 98% di abbondanza relativa si parlerebbe di una bassa distribuzione. Tuttavia, se fossero presenti con il 50% ciascuno, la distribuzione sarebbe invece molto alta.^{28, 67}

Distribuzione (evenness) 27.1 9.15 - 43.82 Normale

● INDICE DI α-DIVERSITÀ

Un microbiota intestinale in grado di favorire lo stato di salute dell'ospite deve mantenere un appropriato livello di diversità̀

complessiva, al fine di poter rispondere in maniera efficiente a variazioni sia di natura endogena che esogena, che potrebbero perturbare la struttura e la funzionalità dell’ecosistema. La ricchezza di specie, la diversità filogenetica e la distribuzione sono tre aspetti diversi di questo concetto fondamentale, la biodiversità. Il valore qui riportato è un indice di nostra progettazione che riassume i tre diversi concetti di biodiversità e ne restituisce una valutazione complessiva.

Molto Basso (0–5) Basso (5.1–12) Scarso (12.1-18) Normale (18.1–29) Alto (29.1–35) Molto Alto (≥35)

Grado di biodiversità dell'ecosistema microbico intestinale: le soglie sono stabilite in base alla distribuzione statistica dei valori dell’indice calcolato nel dataset di riferimento di soggetti sani.

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SEZIONE 2: ANALISI DESCRITTIVA DEI TAXA BATTERICI

LIVELLO FAMIGLIA: Nel grafico viene rappresentata la struttura del microbiota intestinale in termini di abbondanza relativa delle principali famiglie batteriche. L’abbondanza relativa di ogni famiglia esprime la percentuale con la quale la data famiglia è rappresentata rispetto all’intero ecosistema batterico. Ogni punto indica il valore di abbondanza relativa di una determinata famiglia e l’area verde rappresenta l’intervallo di riferimento dei soggetti sani (Range), se il punto si discosta dall’intervallo è riportato in rosso. Gli eventuali discostamenti rappresentati in questo grafico determinano lo stato di disbiosi/eubiosi dell‘ecosistema.

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LIVELLO GENERE: Nel grafico viene rappresentata la struttura del microbiota intestinale in termini di abbondanza relativa dei principali generi batterici. L’abbondanza relativa di ogni genere esprime la percentuale con la quale il dato genere è rappresentato rispetto all’intero ecosistema batterico. Ogni punto indica il valore di abbondanza relativa di un determinato genere e l’area verde rappresenta l’intervallo di riferimento dei soggetti sani (Range), se il punto si discosta dall’intervallo è riportato in rosso. Gli eventuali discostamenti rappresentati in questo grafico determinano i valori degli indici mostrati nelle sezioni successive.

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SEZIONE 3: POTENZIALE METABOLICO E FUNZIONALE

La tabella traduce la composizione del microbiota in termini di potenziale metabolico e funzionale. Una buona omeostasi (equilibrio) tra ospite e microbiota, infatti, si deve tradurre anche e soprattutto a questo livello. Pertanto, risulta fondamentale poter valutare, seppur indirettamente, a quale profilo metabolico e funzionale può essere associato il campione analizzato. Tramite il nostro approccio brevettato, valutiamo le specifiche composizioni dei taxa batterici associati a una particolare funzione nei soggetti sani con cui confrontare il campione analizzato. Il potenziale del microbiota viene valutato in maniera ottimale ( ), in leggero eccesso o carenza ( ) o in grande eccesso o carenza ( ).

● La produzione di un’adeguata quantità di acidi grassi a corta catena (acetato, butirrato e propionato) è importante per il corretto funzionamento del sistema immunitario, per la protezione dalla colonizzazione di microrganismi potenzialmente patogeni e per la regolazione dell’omeostasi metabolica 2, 3, 18, 20, 22, 23, 24, 30, 31, 39, 47, 51, 52, 53, 58, 60, 64, 66, 67, 70, 76, 85, 87, 89, 110, 121

● Produzione di lattato: importante per il mantenimento di un corretto pH all’interno del tratto intestinale 8, 38, 39, 52, 66, 85, 122

● Produzione di H2S (acido solfidrico): normalmente prodotto in basse quantità, se in eccesso può essere un fattore di rischio, poiché favorisce l’infiammazione e la permeabilità intestinale 37, 68, 123

● Produzione di LPS (lipopolisaccaride) batterico, o endotossina: è importante per stimolare il sistema immunitario, ma se prodotto in eccesso può divenire un fattore di rischio per diverse patologie11, 14, 78, 107, 124, 125, 126, 127

● Attività mucolitica (cioè di degradazione dello strato mucoso che riveste l’interno dell’intestino): è importante per il rinnovo e la salute della mucosa, ma un eccesso di questa attività potrebbe favorire il danneggiamento della mucosa stessa20, 128, 129, 130

● Attività proteolitica (legata alla presenza di specie batteriche in grado di degradare le proteine alimentari): un eccesso di questa attività può portare alla produzione di composti bioattivi in grado di interferire con un corretto metabolismo energetico 20, 41, 62, 131, 132, 133

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Di seguito vengono riportati i diversi taxa microbici e indici computati per i valori del POTENZIALE METABOLICO E FUNZIONALE di cui sopra:

● Produzione ACETATO

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

Akkermansia Verrucomicrobia 12.87 0 - 5.32 Alto

Bacteroides Bacteroidetes 3.67 2.54 - 39.49 Normale

Bifidobacterium Actinobacteria 0.7 0 - 7.33 Normale

Blautia Firmicutes 0 0.6 - 9.75 Non rilevato

Lachnospira Firmicutes 0 0 - 2.07 Non rilevato

Prevotella Bacteroidetes 0.04 0 - 12.91 Normale

Ruminococcus Firmicutes 0.21 0 - 5.27 Normale

Streptococcus Firmicutes 0.07 0 - 1.55 Normale

Veillonella Firmicutes 0 0 - 0.23 Non rilevato

● Produzione BUTIRRATO

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

[Eubacterium] Firmicutes 0 0 - 2.29 Non rilevato

Anaerostipes Firmicutes 0.19 0 - 3.12 Normale

Butyricicoccus Firmicutes 0 0 - 0.99 Non rilevato

Butyrivibrio Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Coprococcus Firmicutes 0 0 - 1.66 Non rilevato

Dorea Firmicutes 0 0 - 2.62 Non rilevato

Faecalibacterium Firmicutes 0.72 1.35 - 16.06 Basso

Odoribacter Bacteroidetes 0 0 - 0.78 Non rilevato

Oscillospira Firmicutes 0.19 0 - 0 Alto

Phascolarctobacterium Firmicutes 1.52 0 - 3.84 Normale

Roseburia Firmicutes 0 0 - 5.76 Non rilevato

● Produzione PROPIONATO

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

Dialister Firmicutes 0 0 - 4.76 Non rilevato

Megamonas Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Megasphaera Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Mitsuokella Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Propionibacterium Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Selenomonas Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

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● Produzione LATTATO

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

Citrobacter Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Lactobacillus Firmicutes 0 0 - 0.07 Non rilevato

● Produzione H2S

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

Bacillus Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Bilophila Proteobacteria 0 0 - 0.49 Non rilevato

Corynebacterium Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Desulfobacter Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Desulfobulbus Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Desulfotomaculum Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Desulfovibrio Proteobacteria 1.06 0 - 0.4 Alto

Enterobacter Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Klebsiella Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Rhodococcus Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Salmonella Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Staphylococcus Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

● Produzione LIPOPOLISACCARIDE (LPS)

Acinetobacter Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Campylobacter Epsilonbacteraeota 0 0 - 0 Non rilevato

Escherichia-Shigella Proteobacteria 0 0 - 0.94 Non rilevato

Fusobacterium Fusobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Legionella Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Proteus Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Vibrio Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

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● Attività MUCOLITICA

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

Adlercreutzia Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Allobaculum Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Parabacteroides Bacteroidetes 0.73 0 - 3.5 Normale

● Attività PROTEOLITICA

Anaerotruncus Firmicutes 0 0 - 0.04 Non rilevato

Atopobium Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Clostridium Firmicutes 1.09 0 - 0.61 Alto

Lachnoclostridium Firmicutes 0.19 0 - 1.84 Normale

Oscillibacter Firmicutes 0.06 0 - 0.6 Normale

Paeniclostridium Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Parasutterella Proteobacteria 0.88 0 - 1.27 Normale

Romboutsia Firmicutes 0.12 0 - 0.69 Normale

Sutterella Proteobacteria 0.85 0 - 1.48 Normale

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SEZIONE 4: MICROBIOTA E SALUTE

I seguenti indici di nostra progettazione associano il profilo dell’ecosistema batterico con le principali funzioni fisiologiche in cui il microbiota intestinale è coinvolto. Ogni indice prende in considerazione i sottogruppi (cluster) batterici che sono coinvolti nelle date funzioni e quantifica l’alterazione (discostamento) del cluster analizzato nel campione rispetto alla specifica Zona Eubiotica di quella funzione. Tanto più basso è il valore dell’indice e tanto più è alterato il cluster deputato alla data funzione nel campione analizzato. A parità di discostamenti, quelli di taxa batterici con valori di riferimento più bassi comportano un maggior grado di alterazione.

Tali indici NON rappresentano alcuna misurazione predittiva di insorgenza di patologia/disturbo.

IMMUNOMODULAZIONE

Il valore indica la potenzialità del microbiota di favorire il corretto funzionamento del sistema immunitario ed è calcolato sulla base dell'abbondanza relativa di gruppi batterici immunomodulanti. 16, 19, 44, 90, 91, 96, 106, 134

Grado di Alterazione:

Forte (0 – 5.9) Moderata (6 – 7.9) Lieve (8 – 8.9) Nessuna (9 – 10)

Di seguito vengono riportati i diversi taxa microbici e indici computati per il valore dell’indice di cui sopra:

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%)

VALORE RIFERIMENTO

(%) VALUTAZIONE

Actinomyces Actinobacteria 0 0 - 0.06 Non rilevato

Akkermansia Verrucomicrobia 12.87 0 - 5.32 Alto

Collinsella Actinobacteria 0.19 0 - 4.17 Normale

Eggerthella Actinobacteria 0 0 - 0.18 Non rilevato

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Flavonifractor Firmicutes 0 0 - 0.31 Non rilevato

Pseudobutyrivibrio Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Turicibacter Firmicutes 0.79 0 - 0.21 Alto

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ASSE INTESTINO-CERVELLO

Il valore indica la potenzialità del microbiota di modulare positivamente diversi aspetti delle funzionalità emotive e cognitive.

L'indice è calcolato sulla base dell'abbondanza di alcuni microorganismi dell'ecosistema potenzialmente in grado di interferire con stress, stati di ansia e depressione. 6, 21, 35, 53, 73, 77, 89, 104, 105, 109, 135, 136, 137

Forte (0 – 6.4) Moderata (6.5 – 7.9) Lieve (8 – 8.9) Nessuna (9 – 10)

TAXA E INDICI PHYLUM VALORE

CAMPIONE (%) VALORE RIFERIMENTO

[Ruminococcus] Firmicutes 0 0 - 2.52 Non rilevato

Alistipes Bacteroidetes 1.88 0.06 - 6.14 Normale

Anaerofilum Firmicutes 0 0 - 0.01 Non rilevato

Asaccharobacter Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Gelria Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Holdemania Firmicutes 0 0 - 0.04 Non rilevato

Howardella Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

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Olsenella Actinobacteria 0.03 0 - 0 Alto

Paraprevotella Bacteroidetes 0 0 - 1.03 Non rilevato

Parasutterella Proteobacteria 0.88 0 - 1.27 Normale

Parvimonas Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Pseudomonas Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Pyramidobacter Synergistetes 0 0 - 0 Non rilevato

Turicibacter Firmicutes 0.79 0 - 0.21 Alto

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EFFETTO BARRIERA

Il valore indica la potenzialità del microbiota di costituire una efficiente linea di difesa nei confronti dell'invasione dell'ecosistema da parte di batteri - potenzialmente patogeni - provenienti dall'ambiente. L'indice è calcolato sulla base del grado di diversità e dell'abbondanza di alcuni microrganismi in grado di inibire la colonizzazione e/o l'attività di enteropatogeni. 17, 46, 56, 93, 94, 97, 98, 114

Forte (0 – 6.9) Moderata (7 – 8.4) Lieve (8.5– 9.4) Nessuna (9.5 – 10)

TAXA E INDICI PHYLUM VALORE CAMPIONE (%)

VALORE

RIFERIMENTO (%) VALUTAZIONE

Campylobacter Epsilonbacteraeota 0 0 - 0 Non rilevato

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MALATTIE INFIAMMATORIE INTESTINALI

Il valore indica la potenzialità del microbiota di favorire l'instaurarsi o consolidarsi di malattie infiammatorie intestinali come colite ulcerosa, morbo di Crohn, diverticolite ed è calcolato sulla base dell'abbondanza relativa dei gruppi batterici potenzialmente coinvolti in questo processo. 1, 5, 29, 43, 50, 55, 59, 70, 74, 75, 80, 86, 87, 99, 102

TAXA E INDICI PHYLUM VALORE CAMPIONE (%)

VALORE

Acetivibrio Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

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Methanobrevibacter Euryarchaeota 0.94 0 - 0.48 Alto

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PERMEABILITA’ INTESTINALE

Il valore indica la potenzialità del microbiota di favorire la permeabilità intestinale calcolato sulla base dell'abbondanza relativa di gruppi batterici in grado di avere effetti negativi sull'integrità dalla mucosa intestinale. Un'eccessiva permeabilità può facilitare il passaggio di tossine dal lume intestinale ai tessuti circostanti, favorendo l'insorgenza di condizioni infiammatorie. 13, 24, 39, 50

TAXA E INDICI PHYLUM VALORE CAMPIONE (%)

VALORE RIFERIMENTO

Allobaculum Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

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METABOLISMO ENERGETICO

Il valore indica la potenzialità del microbiota di favorire l'instaurarsi o il consolidarsi di disordini metabolici calcolato sulla base dell'abbondanza relativa di gruppi batterici definiti come obesogenici e anti-obesogenici, o potenzialmente in grado di avere un impatto sull'equilibrio del metabolismo energetico dell'ospite. 15, 26, 38, 47, 57, 58, 61, 63, 72, 79, 81, 82, 100, 101, 112, 115, 138, 139, 140

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE

(%) VALORE RIFERIMENTO

Allisonella Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Anaerovorax Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Barnesiella Bacteroidetes 1.96 0 - 1.89 Alto

Butyricimonas Bacteroidetes 0.12 0 - 0.31 Normale

Coprobacillus Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Enterococcus Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Intestinimonas Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

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ASSE INTESTINO-CARDIOCIRCOLATORIO

Il valore indica la potenzialità del microbiota di agire - nel contesto della dieta e dello stile di vita individuale - come fattore favorente l'accumulo di colesterolo, contribuendo a determinare il rischio di malattie cardiovascolari. L'indice è calcolato, tenendo conto anche del potenziale di biosintesi di trimetilammina (TMA) che, in un processo co-metabolico microbiota- ospite, viene trasformato nel fegato in trimetilammina-N-ossido (TMAO), molecola recentemente proposta come fattore di rischio cardiovascolare nel contesto di una dieta ricca di carnitina e colina 12, 33, 34, 54, 57, 66, 141

Forte (0 – 5.9) Moderata (6 – 7.9) Lieve (8 – 9.4) Nessuna (9.5 – 10)

TAXA PHYLUM VALORE

CAMPIONE (%)

VALORE

Acetobacteroides Bacteroidetes 0 0 - 0 Non rilevato

Anaeroglobus Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Anaerovorax Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Christensenella Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Coprobacter Bacteroidetes 0 0 - 0.15 Non rilevato

Enterococcus Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Lachnospiraceae Firmicutes 0.61 10.16 - 43.61 Basso

Mogibacterium Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Oxalobacter Proteobacteria 0.33 0 - 0 Alto

Papillibacter Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

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Paraprevotella Bacteroidetes 0 0 - 1.03 Non rilevato

Pseudocitrobacter Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Romboutsia Firmicutes 0.12 0 - 0.69 Normale

Rothia Actinobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Sporobacter Firmicutes 0 0 - 0 Non rilevato

Victivallis Lentisphaerae 0.1 0 - 0.02 Alto

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INFLAMMAGING (Invecchiamento)

Il valore indica la potenzialità del microbiota di agire come fattore predisponente nei confronti di disordini tipici dell'invecchiamento come l'immunosenescenza e l'inflammaging (stati infiammatori tipici dell'invecchiamento) contribuendo a compromettere le normali funzioni immunologiche e metaboliche dell'individuo adulto sano. 7, 8, 9, 10, 84, 142

Forte (0 – 7.4) Moderata (7.5 – 8.4) Lieve (8.5 – 9.4) Nessuna (9.5 – 10)

TAXA PHYLUM VALORE CAMPIONE (%)

VALORE

Butyricimonas Bacteroidetes 0.12 0 - 0.31 Normale

Christensenellaceae Firmicutes 10.27 0 - 4.82 Alto

Haemophilus Proteobacteria 0 0 - 0.16 Non rilevato

Pseudomonas Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Rikenellaceae Bacteroidetes 8.45 0.09 - 6.38 Alto

Serratia Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

Synergistaceae Synergistetes 7.12 0 - 0 Alto

Yersinia Proteobacteria 0 0 - 0 Non rilevato

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SEZIONE 5: RILEVAMENTO DI PATOBIONTI

In tabella vengono riportati alcuni dei principali patobionti che è possibile rilevare nel campione. Questi batteri potenzialmente patogeni e a volte presenti nel microbiota a bassissime abbondanze, possono approfittare di eventuali alterazioni transienti del microbiota per proliferare in modo eccessivo e causare disturbi clinicamente rilevanti. Di seguito vengono mostrati i batteri che sono stati rilevati con una abbondanza relativa ≥0.05%.

L’eventuale rilevamento di questi batteri NON è da intendersi come diagnosi di patologia o come indicatore di una infezione in corso, pertanto si sconsiglia vivamente di intraprendere qualsiasi azione terapeutica senza il consiglio di un professionista di riferimento.

PATOGENO RILEVATO NON RILEVATO Arcobacter cryaerophilus

Arcobacter skirrowii Bacteroides fragilis Campylobacter coli Campylobacter jejuni Citrobacter freundii Citrobacter koseri Clostridium difficile Clostridium perfringens Enterococcus faecalis Escherichia albertii Escherichia coli Klebsiella oxytoca Klebsiella pneumoniae Klebsiella variicola Listeria monocytogenes Proteus mirabilis Proteus penneri Proteus vulgaris Salmonella enterica Salmonella typhimurium Serratia marcescens Staphylococcus aureus Vibrio cholerae Vibrio parahaemolyticus Vibrio vulnificus Yersinia enterocolitica Yersinia pestis

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SEZIONE 6: DATI SUPPLEMENTARI

Classificazione campione a livello di specie, vengono mostrati in ordine alfabetico tutti i batteri rappresentati con una abbondanza relativa (AR) ≥0.02%:

SPECIE AR (%) Akkermansia muciniphila 12.87

Bacteroides caccae 0.26 Bacteroides cellulosilyticus 0.09 Bacteroides denticanum 0.12 Bacteroides dorei 0.12 Bacteroides rodentium 0.26 Bacteroides salanitronis 0.1

Bacteroides uniformis 1.76 Bacteroides vulgatus 0.79 Bifidobacterium choerinum 0.09 Bifidobacterium longum 0.54 Butyricimonas virosa 0.09 Clostridium alkalicellulosi 0.69 Clostridium cadaveris 0.15 Clostridium caenicola 0.1 Clostridium histolyticum 0.07

Collinsella aerofaciens 0.15 Desulfovibrio fairfieldensis 0.06 Desulfovibrio piger 0.98 Faecalibacterium prausnitzii 0.72 Methanobrevibacter smithii 0.92 Oscillospira eae 0.17 Oxalobacter formigenes 0.28 Oxalobacter vibrioformis 0.05 Parabacteroides johnsonii 0.68 Phascolarctobacterium succinatutens 1.52 Porphyromonas uenonis 0.05 Ruminococcus bromii 0.08 Ruminococcus callidus 0.13 Streptococcus vestibularis 0.06 Sutterella sanguinus 0.85 Turicibacter sanguinis 0.79

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SEZIONE 7: 4 DOMANDE SUL MICOBIOTA (FUNGHI)

COS’E’?

Il micobiota intestinale è l’insieme dei funghi (inclusi lieviti e muffe) che sono presenti nel nostro tratto gastrointestinale. In individui sani il micobiota è caratterizzato da bassi valori di diversità, pur dimostrando un elevato grado di individuo- specificità relativamente alle particolari specie rappresentate. Il micobiota sano è dominato da lieviti di origine alimentare e/o ambientale, ciascuno dei quali presente nell’ecosistema a valori di abbondanza relativa comparabile. La composizione del micobiota è strettamente correlata alle abitudini alimentari e allo stile di vita, così come alla componente batterica del microbiota intestinale. Il micobiota e il microbiota intestinale sono infatti in diretto contatto e possono modularsi a vicenda mediante interazione diretta o indiretta, attraverso la modulazione del sistema immunitario dell’ospite. 157, 144, 162

PERCHÉ?

Il micobiota intestinale può fungere da serbatoio di funghi patogeni opportunisti, come ad esempio specie appartenenti al genere Candida. In talune condizioni, funghi appartenenti al genere Candida possono prendere il sopravvento, divenire dominanti, e rappresentare quindi un fattore di rischio per numerose patologie, a carico dell’apparato gastrointestinale ma anche sistemiche, soprattutto quando vi è compromissione della barriera mucosale. In particolare, alterazioni della comunità fungina sono state riscontrate nel contesto di malattie infiammatorie intestinali, adenomi colorettali, complicazioni ospedaliere post-operatorie, infezione da Clostridium difficile, obesità, diabete di tipo 1 e disordini di varia natura in individui immunocompromessi (come malattie ematologiche e infettive). Inoltre, trattamenti antibiotici possono considerevolmente aumentare il rischio di sbilanciamenti nel micobiota, e contribuire all’insorgenza di specifiche micosi.^165,

161, 159, 152, 143, 148, 160, 150, 167, 158, 166, 156

QUANDO?

Fare l’analisi del micobiota intestinale è utile per la prevenzione e il trattamento di specifiche micosi, e per il disegno di approcci terapeutici integrati, nel contesto di patologie intestinali (malattie infiammatorie intestinali, adenomi colorettali, infezione da Clostridium difficile, e complicazioni post-operatorie come enterocolite di Hirschsprung e pouchite a seguito di anastomosi ileo-anale) o sistemiche (obesità, diabete, infezioni virali, malattie ematologiche e disturbi neurologici), che potrebbero essere ulteriormente e seriamente aggravate da alterazioni della comunità fungina. Alla luce delle note interazioni sinergiche, antagonistiche, commensali e simbiotiche che possono instaurarsi tra batteri e funghi, si consiglia di abbinare tale analisi alla valutazione della frazione batterica del microbiota intestinale, per ottimizzare le eventuali strategie di intervento. L’analisi del micobiota può essere rilevante anche durante l’insorgere o il persistere di sintomi intestinali di lieve o media entità, come diarree, al fine di valutare il coinvolgimento del micobiota per sviluppare approcci terapeutici di successo; per le donne, soprattutto in gravidanza e in allattamento, ovvero quando il controllo di infezioni fungine è importante non solo per il proprio benessere ma anche per quello del proprio bambino; per il neonato prematuro e sottopeso, sottoposto a terapia antibiotica intensiva, al fine di ridurre il rischio di complicazioni, anche fatali. 151, 147, 153, 72

COME?

A causa della difficoltà di coltivare in laboratorio alcuni funghi che sono tipicamente presenti a livello intestinale, l’analisi del micobiota intestinale non può prescindere dalle più aggiornate tecniche di sequenziamento del DNA microbico (Next Generation Sequencing) estratto dalle feci. Tali tecniche, mediante le quali viene prodotto il Gut Test Plus, sono ampiamente validate dal punto di vista scientifico e garantiscono un’identificazione completa e affidabile della frazione fungina del

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SEZIONE 8: CARATTERISTICHE GENERALI DEL MICOBIOTA

Di seguito viene riportata la composizione del micobiota a livello di genere espressa in abbondanze relative:

GENERI ABBONDANZA RELATIVA (%)

Candida 9.80 %

Trichoderma 4.00 %

Penicillium 1.90 %

Saccharomyces 1.70 %

Kluyveromyces 0.20 %

Non classificabile 82.40 %

Relativamente alla frazione classificabile del micobiota, si riporta di seguito il grafico a torta dei generi fungini identificati e classificati sulla base della loro origine ecologica indicata dall’anello esterno della torta. Nello specifico, si distingue l’origine ambientale (in azzurro), alimentare (in grigio) e umana (in arancione).

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SEZIONE 9: FOCUS DELLE SPECIE DI CANDIDA

Diverse sono le specie fungine che appartengo al genere Candida e, se alcune di queste hanno un comportamento prevalentemente patogeno opportunista, altre possono avere una natura commensale,ambientale o alimentare e quindi non patogena. È importante quindi identificare le diverse specie appartenenti al genere Candida che popolano l’ecosistema intestinale e capire se c’è un’eventuale dominanza di specie patogene.

Di seguito viene riportata la composizione delle specie di Candida espressa in abbondanza relativa:

SPECIE ABBONDANZA RELATIVA (%)

Candida sake 9.2 %

Candida tropicalis 0.6 %

Altri microrganismi 90.2 %

Relativamente alla frazione classificabile delle specie di Candida del micobiota, si riporta di seguito il grafico a torta delle specie identificate e classificate sulla base della loro natura di patogena opportunista (in rosso) oppure di specie commensale o ambientale o alimentare e quindi non patogena (in verde) indicata dall’anello esterno della torta.

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● GRADO DI DOMINANZA E NATURA DELLE SPECIE DI CANDIDA

Un micobiota sano è caratterizzato da una prevalenza di funghi di origine alimentare e/o ambientale ed una subdominanza di specie di origine umana, quali i funghi appartenenti al genere Candida. Diversamente, se il genere Candida dovesse essere dominante, il micobiota acquisirebbe una configurazione disbiotica, con possibili ripercussioni sulla salute dell’ospite. Di seguito viene quindi indicato se il campione in esame mostra o meno una dominanza del genere Candida rispetto all’intero ecosistema analizzato. Per la valutazione della dominanza di genere, viene valutata l’abbondanza relativa di quest’ultimo rispetto all’intero ecosistema fungino, comprensivo delle specie non classificabili. Allo stesso modo, per la definizione dello stato di disbiosi è rilevante determinare la natura patogena o commensale delle specie appartenenti al genere Candida.

INDICIE DI DISBIOSI MICOTICA

Il semaforo riportato di seguito indica l’indice di eubiosi (verde o giallo) o disbiosi (rosso) del micobiota in relazione alla dominanza o subdominanza di Candida e alla particolare natura patogena o non delle relative specie.

Genere Candida < del 10% del totale dell’ecosistema e/o specie di Candida patogene < dell’1%

Genere Candida tra il 10% e il 20% del totale dell’ecosistema e/o specie di Candida patogene tra 1% e 10%

Genere Candida > del 20% del totale dell’ecosistema e/o specie di Candida patogene > dell’10%

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SEZIONE 10: SUGGERIMENTI DI INTERVENTO IMPORTANTE PREMESSA

Si ricorda che il microbiota intestinale è un ecosistema estremamente complesso che risponde in modo individuale alle variazioni nella dieta e/o nello stile di vita e/o nel percorso terapeutico. E’ quindi vivamente sconsigliato intraprendere variazioni significative del proprio stile di vita sulla base dei suggerimenti riportati SENZA l’affiancamento di un professionista di riferimento.

Inoltre, è IMPORTANTE precisare che i suggerimenti NON rappresentano in alcun modo dei piani alimentari e/o terapeutici, ma vogliono essere esclusivamente un supporto al professionista per l’elaborazione di eventuali piani d’intervento sull’individuo.

Si rimanda al professionista di riferimento la scelta della durata e della posologia di eventuali interventi nella dieta e/o nello stile di vita e/o nel percorso terapeutico che vogliano tenere in considerazione i suggerimenti di seguito riportati.

Di seguito vengono riportati i suggerimenti di intervento a livello alimentare e/o pre/probiotico che, sulla base della letteratura scientifica, potrebbero essere utili a correggere le alterazioni riscontrate nel campione.

GRUPPO MICROBICO ALTERATO ALIMENTAZIONE INTEGRAZIONE PROBIOTICI Desulfovibrionaceae Alimenti di origine vegetale

Crucifere

Inulina Tannini

Vitamina D3 Lactobacillus plantarum

Bifidobacteriaceae Amido resistente Cereali integrali

Diidrocalcone FOS

GOS Inulina Isoflavoni

Smallantus sonchifolius Trifolium pratense Bifidobacterium Caffè (fino a 3 al giorno) Licopene

Vitamina D3 XOS

Bifidobacterium lactis Lactobacillus rhamnosus GG

Lactobacillus casei Shirota Lactobacillus plantarum Clostridium Alimenti di origine vegetale

Crucifere

GOS Inulina tannini XOS

Lactobacillus casei DG (o paracasei

Faecalibacterium Alimenti di origine vegetale

Bifidobacterium longum Bifidobacterium bifidum W23, Bifidobacterium lactis W51,

Bifidobacterium lactis W52, Lactobacillus acidophilus W37, Lactobacillus brevis W63, Lactobacillus casei W56, Lactobacillus salivarius W24, Lactococcus lactis W19 e Lactococcus lactis

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Lachnospiraceae Cereali integrali Fibre

Noci

Inulina Omega 3 Polifenoli

Schisandra chinensis

Candida

Mandorle Olio di cocco Pistacchi Uva ursina Fibre

Echinacea Lactobacillus acidophilus

Dott. Andrea Castagnetti (Albo Iscr. N. AA_074249)