Scopi del lavoro
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2. Scopi del lavoro
Il significato principale del termine dereplicazione fa riferimento alla biochimica: indica il processo con cui componenti facenti parte di una sostanza più complessa, vengono analizzati per riconoscere e eliminare le sostanze attive gia studiate. Tale concetto è stato utilizzato anche per semplificare l’analisi di comunità di organismi campionati, al fine di identificare individui uguali non distinguibili da un punto di vista morfologico o strutturale. In questo lavoro la dereplicazione è stata applicata allo studio di miceli sterili mediante l’analisi di fingerprinting molecolari ottenuti amplificando il DNA genomico con il minisatellite M13. La tecnica del fingerprinting molecolare utilizzando l’M13 come sonda è stata utilizzata per differenziare funghi filamentosi a livello di genere e di specie consentendo, inoltre, l’individuazione di cloni di un singolo isolato. Non vi sono notizie di lavori di dereplicazione di funghi filamentosi con l’utilizzo del minisatellite M13 come primer in esperimenti di PCR.
I miceli sterili sono definiti “funghi che mancano della produzione di spore di ogni tipo”. Poiché la sistematica fungina, è basata sulla morfologia e sulle strutture delle spore, la loro completa assenza rende i “miceli sterili” virtualmente non identificabili, né a livello di famiglia, né di genere o specie. Tuttavia l’approfondimento delle
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27 conoscenze biologiche, fisiologiche e tassonomiche su tali funghi, spesso trascurati per le notevoli difficoltà che si incontrano nel loro studio, risulta di estremo interesse viste le loro potenzialità applicative come promotori della crescita delle piante o agenti di biocontrollo.
Le ricerche si sono quindi proposte l’obiettivo di:
• dereplicare 99 miceli sterili, isolati da paglia interrata in due terreni (sabbioso e argilloso) con una precedente storia di coltivazione a frumento, al fine di ridurre il numero di individui da analizzare, eliminando le “copie” dei microrganismi isolati.
A tale scopo sono state condotte:
• analisi dei fingerprinting molecolari ottenuti amplificando il DNA genomico con il minisatellite M13 in esperimenti di PCR, sfruttando la sua caratteristica principale: l’individuo specificità; • analisi cluster dei dati ottenuti al fine di verificare la dereplica e la
