1.1.1. Le fasi del processo ... 2

(1)

I

INDICE

1. Introduzione ... 1

1.1. Il processo di compostaggio ... 1

1.1.1. Le fasi del processo ... 2

1.1.2. Parametri che influenzano il processo ... 5

1.1.2.1. Concentrazione di ossigeno e aerazione ... 5

1.1.2.2. Temperatura ... 6

1.1.2.3. Umidità ... 7

1.1.2.4. Concentrazione e rapporto dei nutrienti del substrato ... 8

1.1.2.5. Proprietà fisico-meccaniche del substrato ... 9

1.1.2.6. pH ... 10

1.1.3. Tipologie impiantistiche per il controllo del processo ... 11

1.1.4. Evoluzione e ruolo delle popolazioni microbiche alla base del processo ... 11

1.1.4.1. Batteri ... 12

1.1.4.2. Attinobatteri ... 14

1.1.4.3. Funghi ... 15

1.1.4.4. Protozoi e macrofauna ... 16

1.2. Tecniche di analisi delle popolazioni microbiche ... 18

1.2.1. Metodi tradizionali coltura-dipendenti ... 18

1.2.2. Metodi molecolari ... 20

1.2.2.1. Metodi biochimici ... 21

1.2.2.2. Metodi genetici ... 22

1.3. L’oliva di Arnasco ... 37

1.3.1. Diffusione dell’olivo ... 37

(2)

Indice

II

1.3.2. Caratteristiche ... 39

1.3.3. La produzione di olio ... 41

1.3.4. I residui solidi dell’estrazione olearia: le sanse ... 45

1.3.5. Valorizzazione delle sanse ... 49

1.4. Scopo della tesi ... 55

2. Materiali e metodi ... 56

2.1. Ceppi microbici utilizzati ... 56

2.2. La prova di compostaggio presso l’azienda ... 57

2.2.1. Campionamenti ... 60

2.3. Analisi microbiologiche coltura-dipendenti ... 62

2.3.1. Mezzi di coltura ... 62

2.3.1.1. Nutrient agar ... 62

2.3.1.2. Waksman agar ... 63

2.3.1.3. Glucose yeast extract agar ... 63

2.3.1.4. Malt extract agar ... 64

2.3.1.5. Potato dextrose agar (PDA) ... 64

2.3.1.6. Trichoderma-selective medium ... 65

2.3.2. Analisi microbiologica ... 65

2.3.3. Isolamento di attinobatteri ... 66

2.4. Analisi molecolari coltura- indipendenti ... 68

2.4.1. Estrazione del DNA da coltura pura ... 68

2.4.2. Estrazione del DNA dalle sanse in compostaggio ... 69

2.4.3. Amplificazione della regione V

3

-V

5

dell’rDNA 16S batterico ... 70

2.4.3.1. Elettroforesi su gel d'agarosio ... 71

(3)

Indice

III

2.4.4. Amplificazione della regione D

1

-D

2

dell’rDNA 26S

eucariotico ... 71

2.4.5. Elettroforesi su gel di poliacrilammide con gradiente di denaturanti chimici (DGGE) ... 73

2.4.6. Analisi dei profili DGGE ... 74

3. Risultati e Discussione ... 75

3.1. Controllo della temperatura ... 76

3.2. Analisi microbiologiche coltura-dipendenti ... 79

3.2.1. Isolamento di attinobatteri ... 82

3.3. Analisi molecolari coltura-indipendenti ... 84

3.3.1. Diversità della comunità batterica durante le fasi del processo di compostaggio ... 85

3.3.2. Diversità della comunità fungina durante le fasi del processo di compostaggio ... 90

4. Considerazioni conclusive ... 97

5. Bibliografia ... 99