1.1 Gli acidi nucleici 2

(1)

I

Indice

Capitolo 1 1

Introduzione

1.1 Gli acidi nucleici 2

1.1.1 Struttura primaria 2

1.1.2 Struttura secondaria 4

1.2 L’RNA e i polinucleotidi sintetici 7

1.2.1 Poli(A) 8

1.2.2 Poli(U) 8

1.2.3 Poli(A)∙poli(U) 9

1.2.4 Poli(A)∙2poli(U) 10

1.3 Influenza di ioni metallici mono e divalenti 11

1.4 Interazioni tra acidi nucleici e coloranti planari 14

1.4.1 Intercalazione 14

1.4.2 Binding esterno 16

1.4.3 Groove Binding 17

1.4.4 Binding Elettrostatico 18

1.4.5 Coralina 19

Capitolo 2 22

Materiali e metodi

2.1 Materiali 22

2.1.1 Polinucleotidi 22

2.1.2 Coralina 23

2.2 Metodi 23

2.2.1 Misure spettrofotometriche 23

2.2.2 Misure spettrofluorimetriche 25

2.2.3 Curve di fusione (melting) del polinucleotide 28

2.2.4 Dicroismo circolare 29

2.2.5 Calorimetria differenziale a scansione 31

(2)

II

Capitolo 3 34

Effetti degli ioni metallici Mg

²⁺

e Ni

²⁺

sulla conformazione del poli(A)∙poli(U)

3.1 Misure cinetiche 34

3.2.1 Effetto degli ioni Mg

²⁺

35 3.2.2 Effetto degli ioni Ni

²⁺

42 3.2 Misure di denaturazione termica 45

3.3 Misure di calorimetria differenziale a scansione 48

Capitolo 4 50

Interazioni del sistema poli(A)∙poli(U)/Coralina con ioni metallici

4.1 Misure spettrofluorimetriche 50

4.1.1 Influenza dello ione Na

⁺

50 4.1.2 Influenza dello ione Mg

²⁺

56 4.1.3 Influenza dello ione Ni

²⁺

58 4.2 Misure di dicroismo circolare 61

4.3 Misure di denaturazione termica 65

4.4 Misure di calorimetria differenziale a scansione 70

Capitolo 5 72

Conclusioni

5.1 Il sistema poli(A)∙poli(U)/cationi metallici 72

5.2 Il sistema poli(A)∙poli(U)/Coralina con cationi metallici 74

Appendice I 76

Calcolo dei coefficienti di estinzione molare dei polinucleotidi.

Appendice II 78

Espressione che lega l’intensità di fluorescenza alla concentrazione della specie fluorescente.

Appendice III 80

Derivazione dell’equazione cinetica relativa alla formazione dell’aggregato.

(3)

III

Appendice IV 82

Derivazione dell’equazione cinetica relativa alla formazione del triplex.

Appendice V 84

Derivazione dell’equazione per l’analisi dell’interazione Colorante/polinucleotide.

Appendice VI 88

Equazione di Record per l’analisi della dipendenza delle costanti di equilibrio dalla concentrazione di sale.

Appendice VII 90

Determinazione della costante di equilibrio di una reazione di complessazione.

Bibliografia 93

Ringraziamenti 108