Il primo provvedimento di Negrín fu ilbombardamento del porto di Ibiza, che era una delle basi di approvvigionamento dei ribelli, e fu colpita una nave tedesca. Come risposta il giorno dopo la legione Condor colpì la città di Almeria, provocando numerose vittime civili. In questi primi mesi di governo cadde Durango, Guernica venne bombardata dall'aviazione tedesca: i ribelli volevano conquistare i Paesi Baschi poiché avevano bisogno delle loro industrie belliche, siderurgiche e metallurgiche, della loro ricchezza agricola. Nonostante gli appelli di Dolores, i soccorsi repubblicani non arrivarono mai o arrivarono tardi. Infatti Negrín mandò degli aerei al nord ma in numero insufficiente, così anche Bilbao si arrese. Dolores sostiene che non fu fatto niente per salvare le industrie del nord, che nonostante il loro grande potenziale bellico non furono utilizzate sistematicamente per sostenere la guerra. Con la perdita di Santander e quella successiva di tutte le Asturie, l'intero nord cadde nelle mani dei ribelli. La Repubblica perdeva sempre più terreno.
Nel frattempo, il 16 giugno del 1937, i membri del POUM furono arrestati e l'organizzazione sciolta. Non furono condannati per collaborazione coi fascisti, accusa mossa dai comunisti, ma per aver attentato all'ordine pubblico e alla legalità repubblicana. La faccenda si complicò quando si ebbe la notizia della scomparsa di Nin, dirigente del POUM, senza che nessuno potesse spiegarla: i comunisti sostennero l'ipotesi della fuga, affermando di non essere a conoscenza di ciò che era accaduto. Hernández in seguito accuserà Dolores e i delegati dell'IC di aver consegnato Nin agli agenti della polizia sovietica. Ma nessuno indagò a
fondo, e ufficialmente non fu smentita la voce che Nin avesse congiurato con i nazisti47. Secondo Tuñón de Lara48, non risulta azzardata l'ipotesi che Nin fosse morto per mano dei poliziotti di Stalin, poiché il dirigente era andato contro il paese del socialismo ed era nemico della politica del fronte popolare. Il PCE attaccava il POUM perché era l'unico partito marxista-rivoluzionario che criticava la sua politica. Inoltre esso voleva seguire l'esempio di Stalin, che in URSS stava scatenando la repressione contro i trotzkisti, e per dimostrare fedeltà all'URSS voleva fare lo stesso in Spagna49.
Prieto, rammaricato per la perdita del nord, aveva organizzato un esercito ma non sapeva come equipaggiarlo. Era un anticomunista, i comunisti gli incutevano terrore e li boicottava in segreto perché non conquistassero terreno. Il ministro della Difesa non amava propagandare i loro successi, e li allontanò perfino dall'esercito. Secondo la Pasionaria, Prieto aveva la stessa ossessione che caratterizzava Largo Caballero, quella di distruggere il Partito Comunista, anche a costo di diminuire le forze e la combattività dell'esercito50. Allora Dolores, nell'ottobre del '37 sferrò il suo primo attacco contro il ministro, manifestando il proprio dissenso nei confronti di un governo che non esprimeva le volontà del popolo. Così iniziò la lotta tra il PCE e Prieto, il quale epurò l'esercito da molti ufficiali del PCE.
Intanto a fine ottobre il Governo centrale si trasferì da Valenza e Barcellona, ove la direzione delle industrie belliche fu assunta dal Fronte Popolare. Dolores fu costretta a tornare in Francia non solo per chiedere armi, ma anche viveri, e si appellò alla Seconda Internazionale perché promuovesse un'intesa con l'Internazionale Comunista.
Nel dicembre 1937 il nemico si preparava a sferrare un altro attacco a Madrid, e per fermarlo l'esercito popolare iniziò un'offensiva su Teruel. I nazionalisti si videro costretti a ritirarsi e a rinunciare all'attacco della capitale. Dolores accorse sul campo di battaglia per assistere alla lotta e per parlare con i civili del luogo.
47 VÁZQUEZ MONTALBÁN, Manuel 1995, p. 85.
48 TUÑÓN DE LARA, Manuel (1976), Storia della Repubblica e della guerra civile in Spagna, Editori riuniti, Roma, p. 390.
49 ESTRUCH, Joan (1978), Historia del P.C.E (1920-1939), El viejo topo, p. 109. 50 FERRONE, Maria 1998, p.236.
Ma, come rimprovera nelle sue memorie, per una mancanza di organizzazione e di collaborazione con altri fronti, l'esercito repubblicano diede tre volte per terminata l'operazione, e per tre volte dovette tornare a combattere contro il nemico. Il 22 febbraio la cittadina ritornerà nelle mani dei nazionalisti, mentre Prieto cadeva nella disperazione più completa. Dolores in un comizio a Barcellona il 27 febbraio lo accuserà pesantemente, rinfacciandogli di diffondere sconforto e di demoralizzare l'esercito con il suo atteggiamento disfattista. Ne denunciò poi l'incapacità organizzativa e manifestò il sospetto che egli stesse negoziando con Franco la pace per mettere fine alla guerra. A confermare queste accuse giunse l'ulteriore sconfitta dell'esercito repubblicano sul fronte dell'est. I dirigenti comunisti non smisero mai di incitare a continuare la resistenza, insistendo nell'affermare che loro non erano disposti a capitolare. Dolores si recò da Prieto per confermargli di persona il netto dissenso del PCE del suo modo di condurre la guerra. Il ministro della Difesa inviò una protesta al governo per quello che la Pasionaria aveva detto contro di lui a Barcellona, e intanto era sempre più convinto che era inutile continuare la guerra. Il ministro della Pubblica Istruzione, Hernández, gli consigliò di abbandonare la carica.
Il 16 marzo 1938 ebbe luogo una manifestazione a Barcellona per esigere dal governo la continuazione della resistenza e la sostituzione dei ministri che non erano disposti a difendere la Repubblica. Ma quando finì la manifestazione, Franco con la sua aviazione sferrò un attacco sulla città, già colpita da ripetuti bombardamenti, che causò centinaia di vittime. Il 29 marzo, quando si riunì il Consiglio dei Ministri, Prieto sostenne che la lotta non si poteva più continuare e anche Azaña parlò in termini pessimistici, ma si decise di prolungare la resistenza. Negrín voleva esonerare Prieto dal ministero della difesa, e nella prospettiva di un nuovo governo voleva nominarlo ministro senza portafogli o dei lavori pubblici. Prieto rifiutò poiché voleva a tutti i costi la difesa. Il 5 aprile rassegnò le dimissioni, e il governo della Repubblica acquistò il carattere di “governo di guerra e di unione nazionale”. Vi parteciparono le due centrali sindacali UGT, e CNT e Negrín assunse l'incarico di ministro della Difesa, mentre i fascisti stavano già avanzando verso il mediterraneo con l'obiettivo di tagliare in due l'area
repubblicana.