3.1 ISOLAMENTO ED IDENTIFICAZIONE DEI CEPPI DI LIEVITO 3 RISULTATI

3 RISULTATI

3.1 ISOLAMENTO ED IDENTIFICAZIONE DEI CEPPI DI

LIEVITO

Nel periodo compreso tra agosto 2010 e aprile 2011 sono stati isolati

e successivamente identificati 163 ceppi di lievito da campioni biologici di

varia natura, pervenuti all’Unità Operativa di Microbiologia, presso l’Azienda

Ospedaliera Universitaria Pisana.

In particolare, i ceppi utilizzati in questo studio provenivano da

pazienti ricoverati nei seguenti reparti: centro ustioni, medicina generale,

ambulatorio del piede diabetico e pneumologia endoscopica ambulatoriale.

Tabella 5 : Caratteristiche dei ceppi isolati ed identificati in questo studio di tesi

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 1 C. albicans URINE g CUS i 0,12 0,008 0,06 0,08 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 2 C. albicans ESP. e MED4 l 0,06 0,008 0,12 0,06 0,06 0,06 0,12 0,12 0,25

CP 3 C. albicans BAL. e PNEND 0,06 0,008 0,03 0,06 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 4 C. albicans URINE 5MED l 0,12 0,015 0,12 0,06 0,03 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 5 C. albicans T. CUT. f PIEDI m 0,03 0,008 0,03 0,06 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 6 C. albicans T. CUT. PIEDI 0,03 0,008 0,03 0,06 0,008 0,008 0,015 0,5 0,25

CP 7 C. albicans ESP. 5MED ND * ND ND ND ND ND 0,032 1 ND

CP 8 C. albicans BAL. PNEND n 0,03 0,03 0,03 0,06 0,015 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 9 C. albicans CATETERE g MED4 0,12 0,015 0,12 0,06 0,03 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 10 C. albicans B. ASP. e 5MED 0,06 0,015 0,12 2 0,06 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 11 C. albicans URINE MED4 0,12 0,015 0,25 0,12 0,03 0,008 0,12 0,25 0,25

CP 12 C. albicans ESP. MED4 ND ND ND ND ND 0,016 0,023 0,125 ND

CP 13 C. albicans URINE 5MED 0,12 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 14 C. albicans ESP. MED4 0,03 0,015 0,03 0,06 0,06 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 15 C. albicans ESP. 5MED 0,015 0,015 0,03 0,06 0,06 0,008 0,06 0,12 0,5

CP 16 C. albicans URINE MED4 0,12 0,015 0,06 0,12 0,015 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 17 C. albicans ESP. 5MED 0,03 0,008 0,008 0,12 0,015 0,008 0,03 0,25 0,5

CP 18 C. albicans BAL. PNEND 0,12 0,008 0,06 0,06 0,03 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 19 C. albicans URINE 5MED 0,03 0,008 0,06 0,06 0,015 0,008 0,015 0,25 0,5

CP 20 C. albicans BAL. PNEND 0,12 0,008 0,12 0,06 0,06 0,015 0,12 0,25 0,25

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 22 C. albicans BAL. PNEND 0,06 0,015 0,06 0,06 0,015 0,008 0,12 1 0,5

CP 23 C. albicans ESP. 5MED 0,12 0,015 0,25 0,06 0,03 0,015 0,12 0,5 0,25

CP 24 C. albicans ESP. 5MED 0,12 0,015 0,06 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 25 C. albicans URINE 5MED 0,12 0,015 0,06 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 26 C. albicans B. ASP. 5MED 0,03 0,015 0,12 0,06 0,03 0,008 0,06 0,5 0,25

CP 27 C. albicans ESP. MED4 0,03 0,015 0,06 0,06 0,03 0,008 0,06 0,25 ND

CP 28 C. albicans ESP. 5MED 0,12 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 29 C. albicans T. CUT. PIEDI 0,06 0,008 0,06 0,06 0,03 0,015 0,06 0,5 0,5

CP 30 C. albicans ESP. MED4 0,015 0,008 0,06 0,06 0,03 0,015 0,12 1 0,5

CP 31 C. albicans URINE MED4 ND ND ND ND ND ND 0,012 0,19 ND

CP 32 C. albicans B. ASP. PNEND 0,06 0,008 0,06 0,06 0,015 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 33 C. albicans B. ASP. CUS 0,03 0,015 0,03 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 34 C. albicans URINE CUS 0,06 0,008 0,06 0,06 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 35 C. albicans URINE MED4 0,06 0,008 0,06 0,06 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 36 C. albicans B. ASP. 5MED 0,12 0,008 0,12 0,12 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 37 C. albicans URINE MED4 0,12 0,015 0,25 0,06 0,06 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 38 C. albicans URINE CUS 0,06 0,008 0,006 0,25 0,01 0,008 0,12 0,15 0,25

CP 39 C. albicans URINE MED4 ND ND ND ND ND ND 0,032 1 ND

CP 40 C. albicans URINE 5MED 0,015 0,015 0,12 0,06 0,06 0,015 0,12 0,25 0,25

CP 41 C. albicans ESP. 5MED 0,015 0,015 0,03 0,25 0,03 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 42 C. albicans URINE CUS 0,015 0,008 0,12 0,06 0,06 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 43 C. albicans URINE 5MED ND ND ND ND ND ND 0,023 0,38 ND

CP 44 C. albicans ESP. MED4 0,03 0,008 0,06 0,06 0,125 0,015 0,06 1 0,5

CP 45 C. albicans ESP. 5MED 0,12 0,008 0,06 0,06 0,03 0,008 0,06 0,5 0,5

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 47 C. albicans URINE MED4 0,06 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 48 C. albicans ESP. MED4 0,06 0,015 0,06 0,06 0,03 0,015 0,06 1 1

CP 49 C. albicans B. ASP. 5MED 0,003 0,015 0,06 0,12 1 0,25 0,5 8 0,5

CP 50 C. albicans ESP. 5MED 0,015 0,008 0,03 0,06 0,015 0,015 0,06 1 0,25

CP 51 C. albicans ESP. 5MED 0,015 0,03 0,06 0,12 0,06 0,015 0,12 0,5 0,5

CP 52 C. albicans ESP. MED4 0,12 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 53 C. albicans BAL. PNEND 0,06 0,006 0,06 0,06 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 54 C. albicans URINE MED4 0,06 0,008 0,06 0,06 0,03 0,008 0,06 0,25 0,25

CP 55 C. albicans EMO. h CUS 0,03 0,008 0,08 0,06 0,015 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 56 C. albicans T. FAR e. CUS 0,06 0,008 0,12 0,06 0,01 0,008 0,06 0,25 0,25

CP 57 C. albicans B. ASP. 5MED 0,12 0,008 0,25 0,06 0,06 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 58 C. albicans BAL. PNEND 0,12 0,008 0,12 0,06 0,03 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 59 C. albicans URINE MED4 0,12 0,015 0,03 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 60 C. albicans URINE CUS 0,03 0,008 0,06 0,12 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 61 C. albicans URINE 5MED 0,015 0,008 0,08 0,12 0,015 0,008 0,015 0,5 0,5

CP 62 C. albicans BAL. PNEND 0,03 0,008 0,06 0,12 0,015 0,008 0,03 0,5 0,5

CP 63 C. albicans ESP. MED4 0,06 0,008 0,06 0,06 0,03 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 64 C. albicans B. ASP. CUS 0,03 0,125 0,25 4 0,5 0,25 0,25 32 0,5

CP 65 C. albicans URINE 5MED 0,12 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 66 C. albicans B. ASP. 5MED 0,006 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 67 C. albicans URINE 5MED 0,25 0,015 0,25 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 68 C. albicans ESP. MED4 0,015 0,008 0,06 0,06 0,008 0,008 0,03 0,12 0,5

CP 69 C. albicans URINE CUS 0,06 0,008 0,06 0,06 0,015 0,008 0,03 0,25 0,5

CP 70 C. albicans BAL. PNEND 0,03 0,015 0,06 0,5 0,03 0,015 0,06 0,5 0,5

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 72 C. albicans B. ASP. CUS 0,015 0,008 0,03 0,06 0,03 0,008 0,06 0,25 0,25

CP 73 C. albicans URINE MED4 0,12 0,016 0,12 0,06 0,06 0,008 0,06 0,25 0,5

CP 74 C. albicans BAL. PNEND 0,015 0,008 0,06 0,06 0,015 0,008 0,03 0,5 0,5

CP 75 C. albicans BAL. PNEND ND ND ND ND ND ND 0,047 0,75 ND

CP 76 C. albicans URINE CUS 0,03 0,008 0,06 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 77 C. albicans B. ASP. CUS 0,12 0,008 0,06 0,06 0,06 0,015 0,12 0,5 0,25

CP 78 C. albicans URINE 5MED 0,06 0,03 0,06 1 0,03 0,008 0,06 0,12 0,5

CP 79 C. albicans BAL. PNEND 0,06 0,015 0,06 0,06 0,03 0,015 0,06 1 0,5

CP 80 C. albicans URINE 5MED 0,06 0,03 0,08 0,12 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 81 C. albicans BAL. PNEND 0,12 0,015 0,08 1 0,03 0,015 0,06 0,5 0,5

CP 82 C. albicans B. ASP. 5MED 0,06 0,008 0,06 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 83 C. albicans B. ASP. 5MED 0,015 0,008 0,03 0,06 0,06 0,015 0,12 1 0,25

CP 84 C. albicans URINE MED4 0,015 0,008 0,03 0,06 0,03 0,015 0,12 0,5 0,5

CP 85 C. albicans T. FAR. CUS 0,12 0,008 0,25 0,06 0,03 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 86 C. albicans T. FAR. CUS 0,018 0,008 0,03 0,06 0,03 0,008 0,12 0,25 0,25

CP 87 C. albicans URINE CUS 0,015 0,015 0,03 0,5 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 88 C. albicans URINE MED4 0,12 0,008 0,12 0,06 0,06 0,015 0,12 1 0,25

CP 89 C. albicans BAL. MED4 0,12 0,015 0,25 0,06 0,06 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 90 C. albicans ESP. MED4 0,12 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,06 0,12 0,25

CP 91 C. albicans B. ASP. PNEND 0,015 0,015 0,06 0,06 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 92 C. albicans B. ASP. PNEND 0,12 0,015 0,25 0,5 8 8 16 64 0,5

CP 93 C. albicans B. ASP. CUS 0,12 0,015 0,12 0,12 0,015 0,008 0,06 0,5 0,5

CP 94 C. albicans URINE MED4 0,12 0,015 0,06 0,12 0,25 0,015 0,25 1 0,25

CP 95 C. albicans B. ASP. CUS 0,12 0,015 0,12 0,06 0,06 0,008 0,06 0,25 0,25

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 97 C. albicans B. ASP. CUS 0,12 0,015 0,06 0,06 0,015 0,008 0,015 0,5 0,25

CP 98 C. parapsilosis EMO MED4 2,00 1,00 0,5 0,06 0,06 0,008 0,12 0,25 0,25

CP 99 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 1 4 1 0,06 0,06 0,06 0,12 0,5 0,5

CP 100 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI 1 2 0,5 0,25 0,06 0,03 0,12 1 0,5

CP 101 C. parapsilosis BAL PNEND 2 2 1 0,06 0,06 0,008 0,12 0,25 0,5

CP 102 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI 1 1 0,5 0,12 0,03 0,015 0,12 1 0,5

CP 103 C. parapsilosis BAL PNEND 2 2 0,5 0,12 0,06 0,03 0,12 1 0,5

CP 104 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 1,00 2,00 1 0,12 0,06 0,015 0,12 1 0,5

CP 105 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI 2 2 0,25 0,12 0,06 0,015 0,06 1 0,5

CP 106 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 2 2 1 0,06 0,03 0,008 0,12 0,25 0,25

CP 107 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 1 1 0,25 0,12 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 108 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 1 2 0,5 0,12 0,03 0,015 0,12 1 0,5

CP 109 C. parapsilosis BAL PNEND 1 1 0,5 0,12 0,06 0,03 0,12 1 0,5

CP 110 C. parapsilosis BAL. CUS 1,00 1,00 0,5 2 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 111 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI 1,00 2,00 1 0,06 0,125 0,008 0,25 0,25 0,25

CP 112 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI 2 2 0,5 0,06 0,03 0,015 0,12 1 0,5

CP 113 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 2,00 2,00 0,5 0,12 0,06 0,015 0,06 1 0,5

CP 114 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI ND ND ND ND ND 0,023 0,38 0,19 ND

CP 115 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 2,00 2,00 1 0,25 0,125 0,008 0,12 0,25 1

CP 116 C. parapsilosis T. CUT. PIEDI 2,00 2,00 0,8 0,125 0,015 0,25 1 1 0,5

CP 117 C. parapsilosis B. ASP. PNEND 1 1 0,5 0,12 0,06 0,03 0,12 1 0,5

CP 118 C. parapsilosis BAL. PNEND 1 1 0,25 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 119 C. parapsilosis EMO. CUS 2,00 2,00 0,5 0,12 0,06 0,015 0,12 0,5 0,25

CP 120 C. parapsilosis EMO. CUS 2,00 2,00 1 0,06 0,06 0,008 0,12 1 0,25

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 122 C. parapsilosis EMO. CUS 2,00 1,00 0,5 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 123 C. tropicalis URINE MED4 0,12 0,015 0,06 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 124 C. tropicalis URINE MED4 0,5 0,06 0,25 0,06 0,125 0,12 0,25 2 0,5

CP 125 C. tropicalis B. ASP. MED4 0,06 0,03 0,06 0,06 0,125 0,06 0,25 1 1

CP 126 C. tropicalis B. ASP. CUS 0,12 0,060 0,12 0,06 0,125 0,030 0,12 0,5 0,5

CP 127 C. tropicalis B. ASP. 5MED 0,12 0,06 0,06 0,25 0,5 0,25 0,5 2 1

CP 128 C. tropicalis ESP. 5MED 0,12 0,06 0,03 0,06 0,125 0,03 0,12 0,5 1

CP 129 C. tropicalis EMO. MED4 0,06 0,015 0,03 0,06 0,125 0,03 0,25 1 1

CP 130 C. tropicalis URINE 5MED 0,12 0,03 0,06 0,06 0,125 0,015 0,25 0,25 1

CP 131 C. tropicalis B. ASP. CUS 0,12 0,03 0,06 64 0,25 0,06 0,25 1 0,5

CP 132 C. tropicalis BAL. PNEND 0,03 0,03 0,06 64 0,25 0,12 0,25 4 1

CP 133 C. tropicalis URINE CUS 0,12 0,06 0,25 0,06 0,125 0,03 0,25 0,5 1

CP 134 C. krusei B. ASP. CUS 0,03 0,125 0,25 4 0,25 0,120 0,25 16 0,5

CP 135 C. krusei BAL. PNEND 0,03 0,050 0,12 4 0,25 0,120 0,25 32 0,5

CP 136 C. krusei EMO. MED4 0,12 0,125 0,5 16 0,5 0,500 0,5 32 0,5

CP 137 C. krusei ESP. 5MED 0,06 0,125 0,25 8 0,25 0,250 0,5 64 1

CP 138 C. krusei MAT. VARIO g MED4 0,25 0,125 0,06 8 0,5 0,500 2 64 1

CP 139 C. kefyr B. ASP. 5MED 0,12 0,06 0,06 0,12 0,06 0,008 0,12 0,12 1

CP 140 C. kefyr T. CUT. CUS 0,12 0,03 0,03 0,06 0,125 0,015 0,12 0,5 2

CP 141 C. kefyr URINE CUS 0,12 0,06 0,015 0,5 0,06 0,008 0,12 0,12 1

CP 142 C. kefyr URINE CUS 0,12 0,05 0,06 1 0,125 0,008 0,12 0,25 1

CP 143 C. famata ESP. MED4 0,03 0,015 0,06 0,06 0,03 0,008 0,06 0,25 ND

CP 144 C. famata URINE MED4 1 0,500 0,5 0,06 0,06 0,015 0,12 0,5 0,25

CP 145 C. famata B. ASP. PNEND 0,5 0,500 0,25 0,12 0,06 0,030 0,12 1 0,25

Suscettibiltà agli antifungini (MIC, µg/ml)

Paziente Specie Distretto di

isolamento

Reparto ANDa MFa CASa FCb PZd VORd IZd FZd ABc

CP 147 C. guilliermondii B. ASP. PNEND 2 2,000 8 0,06 0,5 0,120 1 8 0,25

CP 148 C. glabrata ESP. 5MED 0,03 0,01 0,25 0,06 1 2 1 32 1

CP 149 C. glabrata ESP. 5MED 0,12 0,008 0,12 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,25

CP 150 C. glabrata T. VAGINALE f 5MED 0,015 0,015 0,06 0,06 0,5 0,12 0,5 4 0,5

CP 151 C. glabrata B. ASP. CUS 0,12 0,008 0,06 0,06 0,06 0,008 0,12 0,5 0,5

CP 152 C. glabrata B. ASP. MED4 0,03 0,015 0,12 0,06 1 0,25 0,5 8 0,5

CP 153 C. glabrata B. ASP. PNEND 0,03 0,008 0,12 0,06 8 4 16 256 0,25

CP 154 C. glabrata B. ASP. PNEND 0,015 0,015 0,06 0,06 1 0,25 0,5 8 0,5

CP 155 C. dubliniensis ESP. 5MED 0,12 0,03 0,25 0,06 0,03 0,008 0,06 0,12 0,25

CP 156 C. dubliniensis B. ASP. CUS 0,25 0,06 0,25 0,06 0,03 0,008 0,06 0,12 0,25

CP 157 C. dubliniensis B. ASP. CUS 0,12 0,06 0,25 0,06 0,015 0,008 0,015 0,12 0,25

CP 158 C. dubliniensis B. ASP. CUS 0,06 0,03 0,08 0,06 0,06 0,008 0,06 0,25 0,25

CP 159 S. cerevisiae B. ASP. CUS 0,25 0,125 0,25 0,06 0,25 0,06 0,25 4 0,5

CP 160 S. cerevisiae BAL. PNEND 0,12 1 0,25 0,06 0,25 0,06 0,25 4 0,5

CP 161 C. utilis B. ASP. PNEND 0,015 0,015 0,03 0,06 0,25 0,12 0,25 4 0,5

CP 162 C. haemulonii T. CUT. PIEDI 0,06 0,06 0,03 0,06 0,02 0,03 0,12 2,00 1

CP 163 C. sphaerica ESP. MED4 0,03 0,015 0,12 0,12 0,50 0,50 1,00 32,00 0,50

a

AND=anidulafungina, CAS=caspofungina, MICA=micafungina

b

FC=5-fluorocitosina

c

AB=amfotericina B

d

POS=posaconazolo, FZ=fluconazolo, IZ=itraconazolo, VOR=voriconazolo e

f

T.CUT.=tampone cutaneo, T.vaginale=tampone vaginale g

MAT.VARIO=materiale vario h

EMO=emocolture i

CUS=reparto centro ustioni di AOUP (Azienda Ospedaliera Universitaria Pisana) l

MED4/5MED=reparto medicina generale di AOUP m

PIEDI=ambulatorio piede diabetico di AOUP n

PNEND=reparto pneumologia ambulatoriale endoscopica di AOUP

*

Risultati, 63

Come riportato in Figura 18, le specie isolate dai pazienti,

provenienti dal reparto centro ustioni appartenevano prevalentemente al

genere Candida, con C. albicans la specie di maggiore frequenza (54%),

seguita da C. parapsilosis (11%). Le specie C. tropicalis, C. kefyr e C.

dubliniensis sono state isolate con la stessa frequenza (9%), C. krusei e C.

glabrata e il lievito Saccaromyces cerevisiae sono risultate caratterizzate

da una più bassa percentuale di isolamento (3%).

Figura 18.

C. albicans C. parapsilosis C. krusei C. tropicalis S. cerevisiae C. dubliniensis C. glabrata C. kefyr C. albicans (n°=19; f=54%) C. parapsilosis (n°=4; f=11%) C. krusei (n°=1; f=3%) C. tropicalis (n°=3; f=9%) C. kefyr (n°=3; f=9%) C. glabrata (n°=1; f=3%) C. dubliniensis (n°=3; f=9%) S. cerevisiae (n°=1; f=3%)

Risultati, 64

In Figura 19, sono illustrati i dati relativi ai ceppi provenienti dai

reparti di medicina generale, tutti identificati come specie del genere

Candida: C. albicans è risultata la specie maggiormente isolata (73%),

seguita da C. tropicalis (7%), C. glabrata (5%), C. krusei (4%), C.

parapsilosis (3%), C. famata (3%) e C. kefyr, C. dubliniensis e C. sphaerica

di più raro isolamento (1%).

Figura 19.

di medicina generale (numero totale=79). Con n° è indicato il numero dei ceppi di lievito e con f la frequenza di isolamento.

C. parapsilosis C. krusei C. tropicalis C. kefyr C. famata C. glabrata C. albicans C. sphaerica C. dubliniensis C. albicans (n°=58;f=73%) C. parapsilosis (n°=2; f=3%) C. krusei (n°=3; f=4%) C. tropicalis (n°=7; f=9%) C. kefyr (n°=1; f =1%) C. famata (n°=2; f=3%) C. glabrata (n°=4; f=5%) C. dubliniensis (n°=1; f=1%) C. sphaerica (n°=1; f=1%)

Risultati, 65

Per quanto concerne i campioni isolati da pazienti afferenti

all’ambulatorio del piede diabetico, come è possibile osservare in Figura

20, C. parapsilosis è risultata la specie di maggiore prevalenza tra le specie

appartenenti al genere Candida con una frequenza pari al 64%, seguita da

C. albicans (27%) ed, in percentuale inferiore, è stata isolata C. haemulonii

(9%).

Figura 20.

dell’ambulatorio piede diabetico (numero totale=11). Con n° è stato indicato il numero dei ceppi di lievito e con f la frequenza di isolamento.

C. parapsilosis

C. albicans C. haemulonii

C. albicans (n°=3; f=27%) C. parapsilosis (n°=7; f=64%)

Risultati, 66

Infine, in Figura 21, sono riportati i dati relativi alle specie isolate dai

pazienti provenienti dal reparto di pneumologia ambulatoriale endoscopica.

Anche in questo caso, la maggior parte delle specie appartenevano al

genere Candida, con C. albicans isolata con una frequenza del 45%, a

seguire C. parapsilosis (32%), C. guilliermondii e C. glabrata (5%), mentre

C. tropicalis, C. krusei, C. utilis e il lievito S. cerevisiae sono state isolate

con minor frequenza (3%).

Figura 21.

del reparto di pneumologia ambulatoriale endoscopica (numero totale=38). Con n° è indicato il numero dei ceppi e con f la frequenza di isolamento.

C. parapsilosis C. krusei

C. tropicalis

C. famata C. guilliermondii C. glabrata

S. cerevisiae C. utilis C. albicans C. albicans (n°=17; f=45%) C. parapsilosis (n°=12; f=32%) C. krusei (n°=1; f=3%) C. tropicalis (n°=1; f=3%) C. famata (n°=1; f=3%) C. guilliermondii (n°=2; f=5%) C. glabrata (n°=2; f=5%) S. cerevisiae (n°=1; f=3%) C. utilis (n°=1; f=3%)

Risultati, 67

3.1.1

Distribuzione dei principali ceppi di lievito nei

reparti esaminati.

Il test esatto di Fischer a due code è stato impiegato per valutare la

diversa distribuzione delle 5 specie di Candida, più frequentemente isolate

in ambito nosocomiale (C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C.

tropicalis, C. krusei) nei 5 reparti inclusi nello studio. Mentre C. glabrata, C.

tropicalis, C. krusei non sono risultate associate ad un’elevata frequenza di

isolamento in nessuno dei reparti considerati, la specie C. albicans è

risultata isolata con maggiore frequenza nel reparto di medicina generale,

rispetto alla frequenza osservata tra i campioni provenienti dall’ambulatorio

piede diabetico (P=0,0042) e pneumologia ambulatoriale endoscopica

(P=0,0038) (Figura 22).

Figura 22.

campioni provenienti dai reparti di medicina generale e ambulatorio piede diabetico (a) e medicina generale e pneumologia ambulatoriale endoscopica (b). Valori di P≤0,05 indicano una differenza statisticamente significativa.

**

P=0,0042

P=0,0038

(a)

(b)

Risultati, 68

Al contrario per C. parapsilosis è stata osservata una maggiore frequenza di

isolamento, rispetto alle altre specie del genere Candida, nei campioni

provenienti dall’ambulatorio piede diabetico, rispetto a quelli isolati da

pazienti ricoverati presso il centro ustioni (P=0,0014) e presso i reparti di

medicina generale, rispetto a quelli dell’ambulatorio piede diabetico

(P<0,0001) e di pneumologia ambulatoriale endoscopica (P<0,0001)

(Figura 23).

Figura 23. Confronto tra la distribuzione della specie C. parapsilosis nei reparti centro

ustioni e ambulatorio piede diabetico (a), in medicina generale e ambulatorio piede diabetico (b), in medicina generale e pneumologia ambulatoriale endoscopica (c). Valori di P≤0,05 indicano una differenza statisticamente significativa.

C. parapsilosis non-parapsilosis

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

P=0,0014

P<0,0001

P<0,0001

(a)

_(b)

(c)

Risultati, 69

3.2 FREQUENZA DI ISOLAMENTO DEI CEPPI DI LIEVITO

IN DIVERSI CAMPIONI BIOLOGICI

Al fine di conoscere la frequenza di isolamento delle varie specie di

lievito nei differenti distretti anatomici sede di prelievo, i campioni pervenuti

al laboratorio sono stati suddivisi in 4 classi: campioni respiratori

(espettorati, tamponi faringei, bronco aspirati, lavaggi bronchiolo-alveolari),

emocolture, campioni polimicrobici (tamponi cutanei, tamponi vaginali,

tamponi anali), altri campioni (materiali vari, cateteri, urine).

Per quanto concerne il distretto respiratorio, Candida albicans é

risultata la specie maggiormente prevalente (58%), seguita da C.

parapsilosis (14%), C. tropicalis (7%), C. glabrata (6%), C. dubliniensis

(4%), C. krusei (3%) C. guilliermondii (2%) e C. famata (2%). Anche il lievito

Saccaromyces cerevisiae è stato isolato con una frequenza del 2%, mentre

C. famata, C. kefyr, C. utilis, C. sphaerica sono state identificate solamente

Risultati, 70

Figura 24.

respiratori (tamponi faringei, lavaggi bronchiolo-alveolare, bronco aspirati, espettorati). Con n° è stato indicato il numero dei ceppi di lievito e con f la frequenza di isolamento. Numero totale=110

C. tropicalis C. krusei C. parapsilosis C. kefyr C. famata C. guilliermondii C. sphaerica C. albicans C. utilis S. cerevisiae C. dubliniensis C. glabrata C. albicans (n°=64; f=58%) C. parapsilosis (n°=16; f=15%) C. krusei (n°=3; f=3%) C. tropicalis (n°=7; f=6%) C. kefyr (n°=1; f=1%) C. famata (n°=2; f=2%) C. guilliermondii (n°=2; f=2%) C. glabrata (n°=7; f=6%) C. dubliniensis (n°=4; f=4%) S. cerevisiae (n°=2; f=2%) C. utilis (n°=1; f=1%) C. sphaerica (n°=1; f=1%)

Risultati, 71

Come riportato in Figura 25, invece, i ceppi di lievito isolati da

emocolture sono risultati appartenere prevalentemente alla specie C.

parapsilosis (50%), seguita da C. tropicalis (20%), mentre C. albicans, C.

krusei e il lievito S. cerevisiae sono stati isolati solamente nel 10% dei casi.

Figura 25.

C. tropicalis S. cerevisiae C. albicans

C. krusei

C. parapsilosis

C. albicans (n°=1; f=10%) C. parapsilosis (n°=5; f=50%)

C. krusei (n°=1; f=10%) C. tropicalis (n°=2; f=20%)

Risultati, 72

Nei tamponi prelevati da varie sedi corporee, la specie isolata con

maggiore frequenza è risultata C. parapsilosis (40%), seguita da C.

albicans, riscontrata con una percentuale del 30% e da C. glabrata e S.

cerevisae (10%). C. haemulonii e C. kefyr sono risultate specie di più raro

isolamento (5%) ( Figura 26).

Figura 26.

C. parapsilosis C. kefyr

C. glabrata S. cerevisiae C. hamulonii _{C. albicans}

C. albicans (n°=6; f=30%) C. parapsilosis (n°=8; f=40%)

C. kefyr (n°=1; f=5%) C. glabrata (n°=2; f=10%)

Risultati, 73

In Figura 27 sono riportate le frequenze dei lieviti isolati dai campioni

costituiti da materiale vario, quali punte di cateteri o urine: C. albicans

(75%), C. tropicalis (13%), C. kefyr (4%), C. parapsilosis, C. krusei, C.

famata ed il lievito S. cerevisiae (2%).

Figura 27.

di varia natura (punte di cateteri, urine). Con n° è indicato il numero dei ceppi e con f la frequenza di isolamento. Numero totale=48.

C. albicans S. cerevisiae C. famata C. kefyr C. tropicalis C. krusei C. parapsilosis C. albicans (n°=36; f=75%) C. parapsilosis (n°=1; f=2%) C. krusei (n°=1; f=2%) C. tropicalis (n°=6; f=13%) C. kefyr (n°=2; f=4%) C. famata (n°=1; f=2%) S. cerevisiae (n°=1; f=2%)

Risultati, 74

3.2.1

Distribuzione dei principali ceppi di lievito esaminati

nei differenti siti corporei

L’analisi statistica dei dati relativi alla frequenza di isolamento delle

diverse specie di lievito identificate nei vari campioni biologici ha evidenziato

una significativa associazione tra la presenza di C. albicans nei campioni

respiratori (P=0,0053) e nei materiali di varia natura (P=0,0002), rispetto ad

emocolture e di questa specie nei materiali di varia natura, rispetto ai

campioni polimicrobici (P=0,0008) (Figura 28)

Figura 28. Confronto tra la distribuzione della specie C.albicans tra i campioni respiratori

e le emocolture (a), emocolture e materiali vari (b), campioni polimicrobici e materiali vari (c). Valori di P≤0,05 indicano una differenza statisticamente significativa.

C. albicans non-albicans

0

10

20

30

40

50

60

Campioni polimicrobici Materiali vari

Distretti

0

15

30

45

60

75

90

105

120

Campioni respiratori Emocolture

Distretti C. albicans non-albicans

0

10

20

30

40

50

60

Emocolture Materiali vari

Distretti C. albicans non-albicans **

P=0,0053

P=0,0002

P=0,0008

(a)

(b)

(c)

Risultati, 75

Al contrario, C. parapsilosis è stata isolata con significativa maggiore

frequenza tra i campioni di emocolture e da campioni polimicrobici rispetto a

materiali vari, con valori P=0,0003 e P=0,00013, rispettivamente (Figura

29).

Emocolture Materiali vari

Distretti C. parapsilosis non-parapsilosis 0 10 20 30 40 50 60

Campioni polimicrobici Materiali vari

Distretti C. parapsilosis

non-parapsilosis

Figura 29.

***

P=0,0003

P=0,00013

(a)

(b)

Risultati, 76

Infine la specie C. glabrata ha mostrato una significativa prevalenza

nei campioni respiratori rispetto ai materiali vari e emocolture, con

rispettivamente P=0,0041 e P=0,00016 (Figura 30).

Campioni respiratori Materiali vari

Distretti C. glabrata non-glabrata 0 10 20 30 40 50 60 70 80 90

Campioni respiratori Emocolture

Distretti C. glabrata

non-glabrata

Figura 30.

3.3 SUSCETTIBILITÀ AI FARMACI ANTIFUNGINI

La valutazione della suscettibilità ai principali farmaci antifungini dei

ceppi, oggetto di studio, è stata effettuata utilizzando principalmente il

metodo in micro diluizione in brodo ( Sensititre® yeast one9).

Come riportato nei Materiali e Metodi (paragrafo 2.3.1), la piastra

Y09 ha permesso di saggiare la suscettibilità del lievito a 9 farmaci

antifungini: 5-fluorocitosina, amfotericina B, posaconazolo, voriconazolo,

itraconazolo, fluconazolo e le echinocandine anidulafungina, micafungina e

caspofungina.

P=0,0041

P=0,00016

(a)

(b)

Risultati, 77

Occasionalmente, per casi di difficile interpretazione o per necessità

di conferma sui risultati ottenuti mediante YO9 è stata utilizzata la metodica

di agar diffusione E-test.

In Tabella 6 sono riportati i risultati degli antimicogrammi eseguiti,

espressi come percentuale di sensibilità alle molecole antifungine, in

relazione al numero dei ceppi testati.

Tutti i ceppi di lievito isolati sono risultati essere suscettibili alle

echinocandine (anidulafungina, caspofungina, nicafungina), ad eccezione di

C. parapsilosis che ha mostrato una sensibilità del 13% verso micafungina

e di C. guilliermondii per la quale si è osservata una ridotta suscettibilità alla

caspofungina (1%).

Per quanto riguarda i farmaci azolici, C. krusei è risultata essere

resistente sia al fluconazolo, sia all’itraconazolo. Anche C. glabrata ha

mostrato una ridotta suscettibilità verso gli azoli, con solamente il 4% di

ceppi suscettibili al posaconazolo, 25% nei confronti del fluconazolo, 1%

verso l’itraconazolo, 3% verso il voriconazolo. Per C. parapsilosis è stata

osservata una suscettibilità nel 12% dei casi nei confronti di itraconazolo e

di voriconazolo.

La sensibilità delle specie di lievito saggiate in questo studio è

risultata essere del 100% nei confronti di 5-fluorocitosina, con l’eccezione di

C. krusei (1%) e C. tropicalis (6%).

Anche per quanto concerne il farmaco polienico amfotericina B, quasi

tutti i ceppi di lievito hanno mostrato una sensibilità totale, ad eccezione di

Risultati, 78

Tabella 6. Percentuali di sensibilità delle specie di lievito isolate, ai

principali farmaci antifungini.

Lievito isolato ANDa CASa MICAa FCb ABc POSd FZd IZd VORd

C. albicans (n°=97) 100% 100% 100% 100% 100% 60% 60% 58% 59% C. parapsilosis (n°=25) 100% 100% 13% 100% 100% 100% 100% 12% 12% C. krusei (n°=5) 100% 100% 100% 1% 100% 100% 0% 0% 100% C. tropicalis (n°=11) 100% 100% 100% 6% 100% 100% 100% 1% 100% C. kefyr (n°=4) 100% 100% 100% 100% 2% 100% 100% 100% 100% C. famata(n°=3) 100% 100% 100% 100% 1% 100% 100% 100% 100% C. guilliermondii (n°=2) 100% 1% 100% 100% 100% 100% 100% 0% 100% C. glabrata (n°=7) 100% 100% 100% 100% 100% 4% 25% 1% 3% C. dubliniensis (n°=4) 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% S. cerevisiae (n°=2) 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 0% 100% C. utilis (n°= 1) 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 0% 100% C. haemulonii (n°=1) 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% 100% C. sphaerica (n° = 1) 100% 100% 100% 100% 100% 100% 0% 0% 100%

Gli antimicotici sono abbreviati con le seguenti sigle:

a

AND=anidulafungina, CAS=caspofungina, MICA=micafungina

b

FC=5-fluorocitosina

c

AB=amfotericina B

d

POS=posaconazolo, FZ=fluconazolo, IZ=itraconazolo, VOR=voriconazolo.

3.4 IDENTIFICAZIONE MOLECOLARE DELLE SPECIE

DEL GRUPPO “PSILOSIS”

3.4.1

Amplificazione del frammento del gene alcool

deidrogenasi secondaria (SADH)

Per ciascuno dei 23 ceppi di Candida parapsilosis sottoposti

all’identificazione molecolare, è stato estratto il DNA genomico, in base al

protocollo descritto nel paragrafo 2.4.1 (sezione”Materiali e Metodi”).

La qualità del DNA genomico estratto è stata valutata mediante

migrazione elettroforetica su gel d’agarosio (Figura 31, linee 1-12) e la

Risultati, 79

presenza nel gel medesimo di un marker di peso molecolare a

concentrazione nota (Figura 31, linea M) ha consentito di potere effettuare

una stima della concentrazione di DNA estratto per ciascun campione. Una

quantità di DNA genomico pari a 80 ng è stato impiegato nella reazione di

PCR, per amplificare una porzione del gene alcool deidrogenasi secondaria

(SADH), in tutti i ceppi esaminati, secondo il protocollo descritto nel

paragrafo 2.4.2.

Figura 31.

In Figura 32 è riportato un esempio di amplificazione del frammento

SADH riferita a 9 ceppi di C. parapsilosis. Il marker di peso molecolare

(Figura 32, linea M) ha consentito di verificare la corretta amplificazione del

frammento, come dimostrato dalla presenza di una banda, in tutti i ceppi

presi in esame, del peso molecolare atteso di 716 paia di basi (Figura 32,

linee 1-9). Successivamente, i prodotti di amplificazione sono stati purificati

e sottoposti all’analisi di restrizione.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 M bp

◄

₄₀₀₀

◄

₁₀₀₀₀

Risultati, 80

Figura 32.

secondaria (SADH), ottenuti mediante PCR condotta su campioni di DNA genomico estratto da 9 ceppi di C. parapsilosis, oggetto dello studio. M, marker di peso molecolare. CN, controllo negativo.

3.4.2

Digestione del frammento SADH con l’enzima di

restrizione BanI ed identificazione delle specie del

gruppo “psilosis”

L’analisi della sequenza del frammento SADH amplificato nelle

specie del gruppo ”psilosis” presenta una diversa mappa di restrizione:

infatti mentre C. parapsilosis presenta un solo sito di taglio per l’enzima

Ban

I

, C. metapsilosis è caratterizzata dalla presenza nel frammento di tre

siti di restrizione, mentre per C. orthopsilosis non è presente alcun sito nella

sequenza del gene SADH (Tavanti et al., 2005).

Pertanto, i frammenti del gene SADH amplificati e purificati per tutti i

ceppi analizzati sono stati sottoposti a digestione enzimatica con l’enzima

Ban

I

, allo scopo di identificare l’eventuale presenza di C. metapsilosis e C.

orthopsilosis nella collezione di ceppi identificati come C. parapsilosis su

base biochimica.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 CN M bp

◄

₇₁₆

◄

₁₅₀₀

◄

₅₀₀

◄

₂₀₀

Risultati, 81

La migrazione elettroforetica dei prodotti di digestione ottenuti ha

consentito di mettere in evidenza i profili di restrizione. Per tutti quanti i

ceppi inclusi in questo studio è stata confermata l’identificazione ottenuta

mediante test biochimici, in quanto, come osservato in Figura 33, che

mostra un gel rappresentativo dei profili ottenuti dall’analisi di restrizione del

gene SADH, tutti i ceppi hanno mostrato un profilo compatibile con la

presenza di C. parapsilosis, specie con un solo sito di taglio per l’enzima

Ban

I

e caratterizzata dalla presenza di due frammenti di 521 e 196 bp.

Figura 33.

digestione enzimatica del frammento di PCR SADH con l’enzima BanI. Linee1-10 Candida parapsilosis. M=marker di peso molecolare.

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 M bp

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₅₀₀

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₂₀₀

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₇₁₆