Contents
1 Gamess 2
2 Preparare il sistema 2
3 Preparare GAMESS 2
4 Compilare GAMESS 3
5 Montaggio di ddikick.x 4
6 Impostazione del PATH 4
7 Settare i parametri in rungms 4
8 Avviare il calcolo per la molecola dell’acqua 5
9 Memory error 5
Installazione di GAMESS in linux
Andrea Pruccoli January 25, 2022
1 Gamess
Questa guida `e stata scritta per aiutare nell’installazione del programma di chimica computazionele GAMESS. `E possibile scaricare il programma direttamente dal sito dopo aver accettato i termini e le condizioni, aver inserito la propria mail e aver scelto il sistema su cui vogliamo installare il software, verr`a inviata una password provvisoria, all’email inserita, con cui sar`a possibile scaricare l’ultima versione diGAMESS.
Questa guida `e stata valutata usando Ubuntu 14.04 e Debian 8 su un computer con processore ad architettura a 64bit.
2 Preparare il sistema
Per il funzionameto di GAMESS `e necessario il compilatore gfortran. Procediamo quindi ad installare gfortran:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ sudo apt - get install gfortran
`E necessario conoscere la versione di gfortran installata con il comando:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ gfortran - dumpversion
E importante ricordarsi le prime due cifre ad esempio 4.6 .`
3 Preparare GAMESS
Per prima cosa si procede a scaricare GAMESS e a spostarlo dalla directory /opt. Si deve poi estrarre il contenuto della cartella compressa. `E possibile spostandosi in /opt:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ cd / opt
e dando uno dei comandi seguenti `e possibile estrarre i contenuti, in base al tipo di estenzione della cartella compressa (.tar.gz o .tar):
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / o p t$ sudo tar xvzf gamess - current . tar .gz u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / o p t$ sudo tar xvd gamess - current . tar
Per non incorrere a successivi errori `e necessario cambiare i permessi di tutti i contenuri della cartella, quindi diamo il comando ricorsivo:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / o p t$ sudo chown -R ‘‘ username’’ gamess
al posto di “username” `e necessario scrivere il proprio nome utente. Ora `e possibile procedere con il processo di configurazione di GAMESS.
4 Compilare GAMESS
1. Se non ci siamo gi`a ci spostiamo nella cartella di GAMESS:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ cd / opt / gamess
2. e procediamo con la compilazione dando il comando:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s$ sudo ./ config
Per prima cosa viene chiesto se si vuole aprire un secondo terminale per trovare le informazioni necessarie alla compilazione. Potete farlo anche se le informazioni necessarie saranno scritte di seguito.
3. Viene poi chiesto di specificare il sistema in cui si sta installando GAMESS, questa guida `e scritta per linux installato su una macchina a 64 bit, quindi procediamo a scrivere:
l i n u x 6 4
4. Ora dobbiamo specificare il percorso della cartella gamess, se `e come di default in /opt/gamess baster`a dare invio altrimento `e necessario specificarla.
[ I n v i o ]
5. Nuovamente come nel punto precedente.
[ I n v i o ]
6. A questo punto ci verr`a chiesta la versione di gamess, importante nel caso voleste installarne diverse versioni.
E possibile specificare una sigla qualsiasi, a noi va bene quella di default [00].`
[ I n v i o ]
7. Specifichiamo che tipo compilatore FORTRAN abbiamo installato. Nel nostro caso scriviamo:
g f o r t r a n
8. Ci viene chiesta ora la versione di gfortran installata che abbiamo trovato in precedenza (gfortran -dumpversion), baster`a inserire le prime due cifre:
4.9
9. Dopo aver passato i messaggi e gli avvisi arriviamo al punto in cui ci viene chiesto il tipo di librerie matem- atiche.
E n t e r y o u r c h o i c e of ’ m k l ’ or ’ a t l a s ’ or ’ a c m l ’ or ’ n o n \ ‘ e:
in questo caso non abbiamo niente, quindi
n o n e
10. Possiamo poi lasciare di default i prossimi due step che riguardano la compilazione e la rete.
[ E n t e r ] [ E n t e r ]
11. Ora possiamo inserire il tipo di communication library utilizzate, io sto usando sockets quindi procedo:
s o c k e t s
12. Ora ci viene chiesto se vogliamo utilizzare delle librerie particolare che non ci interessano per adesso.
no
a questo punto possiamo procedere al montaggio di ddikick.x
5 Montaggio di ddikick.x
- Per prima cosa ci spostiamo nella cartella ddi dando il comando:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ cd / opt / gamess / ddi
- Procediamo alla produzione dei collegamenti.
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s / d d i$ sudo ./ compddi >& compddi . log
- Spostiamo ora ddikick.x nella cartella iniziale gamess.
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s / d d i$ sudo mv ddikick .x ...
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s / d d i$ cd ...
- Avviamo compall, tale passaggio inpiegher`a pi`u tempo degli altri.
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s$ sudo ./ compall >& compall . log
- Infine l’ultimo passaggio `e quello di collegare l’eseguibile. Dovete specificare qui la versione da voi inserita in precedenza che no mio caso sar`a [00].
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s / d d i$ sudo ./ lked gamess 00 >& lked . log
che produrr`a lked.log e gamess.00.x
Ora possiamo addentrarci nel calcolo e risolvere gli errori che ne risulteranno.
6 Impostazione del PATH
Inizialmente copiamo rungms dalla cartella di gamess nella nostra home e aggiungiamo il percorso di gamess a quelli predefiniti (PATH).
Se siamo con il terminale nella cartella di gamess possiamo scrivere:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s$ cp rungms ~/
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : / opt / g a m e s s$ cd ~/
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ gedit . bashrc
e aggiungiamo la seguente stringa alla fine del file (.bashrc),PATH=$PATH:/opt/gamess, dopo di che lo salviamo e chiudiamo l’editor di testo gedit.
Ora dando dal terminale
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ echo \ $PATH
Dovremo essere in grado di vedere il percorso /opt/gamess tra quelli predefiniti.
7 Settare i parametri in rungms
Se si `e provato ad avviare GAMESS `e possibile avere incontrato degli errori, in questa sezione modificheremo i parametri in rungms per evitare di incorrere in tali errori.
Apriamo perci`o rungms con gedit:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ gedit rungms
e dopo aver trovato la riga che dice:
set TARGET=sockets set SCR=/scr/$USER set USERSCR=˜$USER/scr set GMSPATH=/u1/mike/gamess Possiamo settare:
set TARGET=sockets set SCR=/tmp set USERSCR=/tmp
set GMSPATH=/opt/gamess
A questo punto si dovrebbe essere in grado di avviare GAMESS senza errori.
8 Avviare il calcolo per la molecola dell’acqua
Scaricando l’input dell’acquae spostandolo nella Home `e possibile avviarlo con il comando:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ rungms H2O . inp
per trasferire l’output in un file di testo avviabile con programmi di visualizzazione come Molden diamo invece.
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ rungms H2O . inp>H2O . out
Otterremo cos`ı il file H2O.out avviabile con Molden.
9 Memory error
Se vi trovate a leggere questa sezione significa che avete incontrato un errore avendo raggiunto il limite massimo nella dimensione della memoria richiesta.
Dopo aver avviato un output avrete ottenuto un errore di questo genere:
I N P U T C A R D >
DDI P r o c e s s 0 : s h m g e t r e t u r n e d an e r r o r .
E r r o r E I N V A L : A t t e m p t i n g to c r e a t e 1 6 0 5 2 5 7 6 8 b y t e s of s h a r e d m e m o r y . C h e c k s y s t e m l i m i t s on the s i z e of S y s V s h a r e d m e m o r y s e g m e n t s .
Se si `e certi di non aver utilizzato un input che richieda troppa memoria, `e necessario verificare i parametri del Kernel SHMALL & SHMAX sono sufficienti a far girare GAMESS.
Per esempio su una macchina con 4Gb di RAM, possiamo aggiungere le seguenti stringhe a /etc/sysctl.conf:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ sudo nano / etc / sysctl . conf
Aggiungendo alla fine del file:
k e r n e l . s h m a x = 3 0 6 4 3 7 2 2 2 4 k e r n e l . s h m a l l = 7 4 8 1 3 7
Salviamo e usciamo dall’editor.
Ora applichiamo i nuovi settaggi:
u s e r n a m e @ m a c h i n e n a m e : ~$ sudo sysctl -p
Questo valore di memoria cambier`a in base al sistema su cui si sta lavorando.
E possibile ora pulire i file temporanei in /tmp e riavviare la simulazione. Se ora GAMESS avvia l’input senza` problemi allora avete risolto il problema di memoria, altrimenti `e necessario cambiare nuovamente e incrementare i valori di kernel.shmax e kernel.shmall.
