CLART PneumoVir
Metodi Tradizionali
Codice Identificativo
Virus Codice
Identificativo
Virus
3 INF-B + BoV 8 INF-A + HPIV-3
4 AdV + EV 43 INF-A + INF-B
12 RSV-B + MPV-B 68 RSV + EV 39 hPIV-3 + RV 58 RSV-A + RSV-B 68 RSV-A + INF-A (H1N1) + MPV-B 69 RSV-A + CoV-E229 70 RSV-A + hPIV-4
Tabella 8A – Co-infezioni individuate dai 2 diversi metodi diagnostici
Analizzando in dettaglio le co-infezioni, si nota che per il campione 68 è stata confermata la presenza di RSV da entrambi i metodi diagnostici, ma con delle differenze del numero e nel tipo degli altri virus coinvolti. Per questo motivo è stato classificato come campione concordante positivo non identico. INF-A(H1N1) e MPV-B non furono inseriti nella richiesta diagnostica effettuata dal reparto di provenienza del campione e pertanto non sono stati ricercati con i Metodi Tradizionali, ma in quanto presenti nel pannello diagnostico del CLART PneumoVir sono stati rilevati e sottotipizzati (anche se si presuppone una qualche cross-reazione). Nello stesso campione è stato osservato con il solo metodo della Real-Time PCR anche EV, in quanto è una metodica più sensibile rispetto al CLART PneumoVir. Infatti tale risultato è stato un basso positivo (Ct 38) alla Real-Time PCR.
I campioni 3, 4, 12, 69, 70 hanno mostrato una concordanza positiva dei risultati in quanto sia con il metodo CLART PneumoVir, sia con i Metodi Tradizionali, sono state identificate le infezioni da INF- B, AdV, MPV, RSV e RSV rispettivamente. Va però notato che negli stessi campioni, la diagnosi con CLART PneumoVir ha identificato delle co-infezioni rispettivamente con BoV, EV, RSV-B, hPIV-4A e CoV-299E. Tali virus non sono stati ricercati con i Metodi Tradizionali in quanto non richiesti dai clinici, ed è proprio per questa ragione che questi campioni sono stati catalogati come concordanti positivi identici. Il campione 58 ha mostrato piena concordanza in quanto entrambe le metodiche hanno identificato l’infezione da RSV. Il CLART PneumoVir è però riuscito a discriminare una co-infezione da entrambi i ceppi di RSV (tipo A e B). Il campione 39 invece è risultato positivo a hPIV-3 ed hRV al CLART PneumoVir, ma negativo alla Real-Time PCR. Non potendoci avvalere di un ulteriore controllo dato dall’Isolamento e dall’Antigenicità Virale, questa discordanza potrebbe essere correlata ad un problema di efficienza di estrazione o di qualità del campione. Bisogna infatti tener presente l’elevata degradabilità del RNA da parte delle ribonucleasi e le diverse procedure di estrazione impiegate dalle 2 metodiche: manuale, mediante un Kit interno, per CLART PneumoVir ed invece automatizzato (QIA Symphony) per la Real-Time PCR.
Infine il campione 43 e’ stato classificato come campione concordante positivo in quanto entrambi i metodi diagnostici hanno rilevato la presenza del Virus Influenzale, anche i Metodi Tradizionali hanno individuato una co-infezione da parte dei ceppi A e B, mentre CLART PneumoVir ha mostrato una positivita’ per il solo tipo B.
8.1
Conclusioni
CLART PneumoVir, pur richiedendo come tutte le metodiche di biologia molecolare una notevole attenzione di esecuzione, si è dimostrato notevolmente efficace nella ricerca di virus respiratori nei campioni analizzati. I risultati ottenuti con CLART PneumoVir sono stati perfettamente concordanti a quelli ottenuti dai metodi diagnostici tradizionali per il 76% dei campioni analizzati.
La discordanza nel 24% dei campioni sembrerebbe in qualche caso dovuta alla minor sensibilita’ del metodo CLART PneumoVir nel rilevare alcuni virus respiratori (come INFV,
hPIV-1/2/3/4, EV) rispetto alle tecniche molecolari tradizionali della diagnostica. In altri casi, la discordanza potrebbe essere riconducibile ad una scarsa qualità del campione,
I grossi vantaggi dell’utilizzo di CLART PneumoVir in diagnostica sono la sua rapidità e multispecificità. In sole 8 ore, CLART PneumoVir è in grado di fornire una diagnosi, testando ciascun campione biologico per 19 tra i più comuni virus responsabili di RTI: Adenovirus; Bocavirus; Coronavirus; Enterovirus (Echovirus); Influenza virus A, B, C ed i sottotipi A(H1N1/2009) ed A(H3N2); Metapneumovirus (sottotipi A e B); Parainfluenza virus 1, 2, 3 e 4 (sottotipi A e B); Rhinovirus; Virus Respiratorio Sinciziale tipo A e tipo B.
CLART PneumoVir permette di contenere i costi per l’azienda ospedaliera, riducendo i tempi di refertazione, ospedalizzazione e trattamento farmacologico.
La tecnologia microarray si candida inoltre come utilissimo strumento epidemiologico, in grado di fornire indicazioni preziose sulla presenza di determinati virus in specifiche aree geografiche. Di grande attualità, infatti, sono le nuove identificazioni di virus coinvolti nella patologia respiratoria, nonché l’emergenza di nuovi patogeni del tratto respiratorio in grado di diffondersi rapidamente nella popolazione (come il virus influenzale A H1N1/2009) o di causare patologia severa nell’uomo (come SARS-CoV e MERS-CoV). Appare quindi evidente come risultino fondamentali sia l’implementazione ed il continuo aggiornamento delle procedure diagnostiche atte all’identificazione dei patogeni respiratori già circolanti, sia lo sviluppo di procedure efficaci per l’identificazione precoce e tempestiva dei ceppi emergenti.
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