I progressi fatti dall'Unione Europea grazie a Schengen sono stati integrati nel trattato di Amsterdam mediante un protocollo addizionale. L’inserimento dello spazio Schengen nel quadro giuridico e istituzionale dell'UE ha contribuito a rafforzare la collaborazione tra i tredici stati membri ( Irlanda e Regno Unito non sono firmatari degli accordi, ma aderiscono a particolari disposizioni, come specificato in seguito). Prima di essere inseriti nel TCE (Trattato della Costituzione Europea) dal trattato di Amsterdam, i settori comunitari riguardanti la libera circolazione delle persone, il controllo delle frontiere esterne, l’asilo, l’immigrazione e la tutela dei diritti dei cittadini di Paesi terzi, oltre che la cooperazione giudiziaria in materia civile rientravano nel titolo VI del trattato sull'Unione Europea (terzo pilastro). Il trattato di Amsterdam le ha
"comunitarizzate", cioè le ha integrate nel quadro giuridico del primo pilastro. La Costituzione europea, in via di ratifica, prevede che le politiche concernenti il controllo alle frontiere, i visti, l'asilo e l'immigrazione diventino politiche comuni.
Con la comunitarizzazione di questi settori si è inoltre assicurato un controllo parlamentare democratico e si è dato ai cittadini i cui diritti vengono contestati la possibilità di rivolgersi alle istituzioni giudiziarie competenti (Corte di giustizia e/o giurisdizioni nazionali, a seconda dei settori).
Per arrivare a una tale integrazione, il Consiglio dell'Unione Europea ha dovuto prendere un certo numero di decisioni. Anzitutto il Consiglio è subentrato, in conformità del trattato di Amsterdam, al comitato esecutivo istituito dagli accordi di Schengen già dal 1985. Il 1° maggio 1999, il Consiglio ha stabilito le modalità dell'integrazione del segretariato di Schengen, segnatamente le persone che lo componevano, nel segretariato generale del Consiglio [Gazzetta ufficiale L 119 del 07.05.1999]. Successivamente, sono stati creati nuovi gruppi di lavoro per aiutare il Consiglio a gestire i lavori.
Uno dei compiti più impegnativi che ha comportato per il Consiglio l'integrazione dello spazio Schengen è consistito nel selezionare, tra tutte le disposizioni e le misure prese dagli Stati firmatari di detti accordi intergovernativi, quelle che costituivano un vero e proprio acquis, ossia un insieme di atti da conservare ad ogni costo se si voleva proseguire la cooperazione. Il 20 maggio 1999 è stato adottato l'elenco degli elementi che compongono l'acquis definendo, per ciascuno di essi, la base giuridica corrispondente nei trattati europei (trattato CE o trattato sull'UE)
Irlanda e Regno Unito
Conformemente al protocollo allegato al trattato di Amsterdam, l'Irlanda ed il Regno Unito possono avvalersi, in tutto o in parte, delle disposizioni dell'acquis di Schengen dopo una decisione del Consiglio votata all'unanimità dai tredici Stati firmatari e dal rappresentante del governo dello Stato interessato.
A marzo del 1999 il Regno Unito ha chiesto di partecipare ad alcuni aspetti della cooperazione basata su Schengen: la cooperazione giudiziaria e di polizia in materia penale, la lotta contro il narcotraffico e il sistema d'informazione Schengen (SIS). La domanda del Regno Unito è stata approvata con la decisione del Consiglio solo il 29 maggio del 2000, in quanto la questione particolare di Gibilterra, fonte di controversie tra la Spagna ed il Regno Unito, aveva prolungato il processo (Gazzetta ufficiale L 131 del 01.06.2000).
Nel giugno del 2000 anche l'Irlanda ha chiesto di partecipare ad alcune disposizioni dell'acquis di Schengen, le stesse disposizioni (ad eccezione di una)
di quelle della domanda del Regno Unito. Il Consiglio ha approvato tale domanda con la decisione del 28 febbraio del 2002 (GU L 64 del 07.03.2002).
Dopo aver valutato le condizioni preliminari relative all'applicazione delle disposizioni in materia di cooperazione giudiziaria e di polizia, il 22.12.2004 il Consiglio ha adottato una decisione riguardante l'applicazione di queste parti dell'acquis di Schengen da parte del Regno Unito (GU L 395 del 31.12.2004).
Danimarca
Nonostante sia già firmataria della convenzione di Schengen, la Danimarca può scegliere nell'ambito dell'UE se applicare o meno ogni nuova misura basata sul titolo IV del trattato CE, sebbene tale misura costituisca uno sviluppo dell'acquis di Schengen. La Danimarca è tuttavia vincolata da alcune misure in materia di politica comune dei visti.
Islanda e Norvegia
L'Islanda e la Norvegia appartengono, insieme a Svezia, Finlandia e Danimarca, all'Unione nordica dei passaporti, i cui membri hanno abolito i controlli alle frontiere comuni. La Svezia, la Finlandia e la Danimarca sono diventate firmatarie degli accordi di Schengen in quanto Stati membri dell'UE, mentre l'Islanda e la Norvegia sono associate al loro sviluppo dal 19 dicembre 1996. Pur non disponendo di un diritto di voto nel comitato esecutivo di Schengen, questi Paesi potevano esprimere pareri e formulare proposte.
L'accordo firmato il 18 maggio 1999 tra l'Islanda, la Norvegia e l'UE proroga questa associazione, permettendo ai Paesi in questione di partecipare all'elaborazione dei nuovi strumenti giuridici connessi allo sviluppo dell'acquis di Schengen. Questi atti, adottati esclusivamente dagli Stati membri dell'UE, si applicano però anche ai Paesi sopra citati.
Concretamente, l'associazione assume la forma di un comitato misto creato al di fuori del quadro UE e composto da rappresentanti dei governi islandese e norvegese, dei membri del Consiglio dell'UE e della Commissione.
Nei settori dell'acquis di Schengen che si applicano all'Islanda e alla Norvegia, le relazioni fra questi due Paesi, da un lato, e l'Irlanda e il Regno Unito dall'altro,
sono regolamentate da un accordo approvato dal Consiglio il 29 giugno 1999 [Gazzetta ufficiale L 15 del 20.01.2000]. Inoltre, la Comunità europea ha concluso un accordo con la Norvegia e l'Islanda sui criteri e i meccanismi per determinare lo Stato competente per l’esame di una domanda di asilo (acquis di
“Dublino”), accordo intrinsecamente legato all'attuazione dell'acquis di Schengen.
Il 1º dicembre 2000 il Consiglio aveva deciso che a decorrere dal 25 marzo 2001 l’acquis di Schengen doveva essere attuato nei cinque Paesi dell’Unione nordica dei passaporti (Gazzetta ufficiale L 309 del 09.12.2000). Inoltre, dal 1º gennaio 2000, le disposizioni relative al SIS sono state messe in applicazione; al fine di verificarne il buon funzionamento e la corretta applicazione, la decisione prevedeva che fossero effettuate visite di valutazione in tutti gli Stati nordici. In seguito, le relazioni relative alle visite, trasmesse al Consiglio a marzo del 2001 hanno accertato che il SIS vi è correttamente applicato e che i controlli alle frontiere esterne (nei porti e negli aeroporti) soddisfano le condizioni stabilite.
Svizzera
La Commissione ha avviato i negoziati con la Svizzera nel giugno del 2002 i quali hanno portato alla firma di un accordo tra l'Unione Europea, la Comunità europea e la Confederazione svizzera riguardante l'associazione della Confederazione svizzera all'attuazione, applicazione e sviluppo dell'acquis di Schengen (Gazzetta ufficiale L 370 del 17.12.2004).
I 10 Paesi membri dal 1° maggio 2004
Gli Stati che sono diventati membri dell'Unione Europea dopo il 1º maggio 2004 sono vincolati dalla totalità dell'acquis di Schengen, ma alcune disposizioni verranno applicate soltanto al momento della completa soppressione dei controlli di frontiera, che avverrà quando tutti gli stati membri abrogheranno la moratoria per la libera circolazione dei lavoratori. Attualmente, questi Stati membri applicano tutte le disposizioni dell'acquis di Schengen in materia di cooperazione giudiziaria e di polizia non intrinsecamente vincolate all'abolizione dei controlli alle frontiere interne.