VANKOMICINO KONCENTRACIJOS TYRIMO DAŽNIO IR KITŲ FAKTORIŲ ĮTAKA ATSPARIŲ ENTEROKOKŲ PADERMIŲ SUSIFORMAVIMUI

(1)

LIETUVOS SVEIKATOS MOKSLŲ UNIVERSITETAS

MEDICINOS AKADEMIJA

MEDICINOS FAKULTETAS

LABORATORINĖS MEDICINOS KLINIKA

LAURA SONGAILAITĖ

VANKOMICINO KONCENTRACIJOS TYRIMO DAŽNIO IR KITŲ

FAKTORIŲ ĮTAKA ATSPARIŲ ENTEROKOKŲ PADERMIŲ

SUSIFORMAVIMUI

Magistro studijų programos „Laboratorinės medicinos biologija“ (valst. kodas 621B91002) baigiamasis darbas

(2)

TURINYS

SANTRAUKA ... 3

ABSTRACT ... 5

PADĖKA ... 7

INTERESŲ KONFLIKTAS ... 7

LSMU BIOETIKOS CENTRO LEIDIMAS ... 7

DARBO TIKSLAS IR UŽDAVINIAI ... 10

1. LITERATŪROS APŽVALGA ... 11

1.1 Enterococcus gentis ... 11

1.2 Enterococcus bakterijų rūšys ... 11

1.3 Enterococcus spp. bakterijų klinikinė reikšmė ... 11

1.4.1 Vankomicino veikimo mechanizmas ... 12

1.4.2 Vankomicinui atsparūs enterokokai ... 14

1.4.4 Enterococcus spp. atsparumo vankomicinui tipai ... 16

1.4.5 Vankomicino koncentracijos tyrimas ... 17

1.5 Vankomicinui atsparių Enterococcus spp. bakterijų klinikinė reikšmė ... 18

1.6 Rizikos veiksniai Enterococcus spp. sukeliamoms infekcijoms ... 19

1.7 VAE bakterijų atsparumas kitų grupių antibiotikams ... 20

1.8 Kiti faktoriai skatinantys atsparių Enterococcus spp. bakterijų susiformavimą ... 21

1.9 Enterococcus spp. genetinė analizė ... 22

2. TYRIMO METODIKA IR METODAI ... 24

2.1 Tiriamoji medžiaga ... 24

2.2 Ėminių paruošimas tyrimui ir vertinimas ... 24

2.3 Jautrumo antibiotikams nustatymas diskų difuzijos metodu ... 24

2.4 Vankomicino koncentracijos nustatymas ... 25

2.5 Duomenų rinkimas ir statistinė analizė ... 26

3. REZULTATAI ... 27

4. REZULTATŲ APTARIMAS ... 40

5. IŠVADOS ... 43

(3)

SANTRAUKA

Laura Songailaitė.

Vankomicino koncentracijos tyrimo dažnio ir kitų faktorių įtaka atsparių enterokokų padermių susiformavimui.

Magistro baigiamasis darbas.

Darbo vadovė – dr. Violeta Kareivienė. Lietuvos sveikatos mokslų universitetas, Medicinos akademija, Medicinos fakultetas, Laboratorinės medicinos klinika. Kaunas, 2020; 51 p.

Tikslas: nustatyti Enterococcus spp. padermių, išskirtų iš klinikinės tiriamosios medžiagos, atsparumą antibiotikams ir atsparumo vankomicinui išsivystymo rizikos veiksnius.

Uždaviniai:

1. Nustatyti pacientų rizikos veiksnius, lemiančius vankomicinui atsparių enterokokų sukeltų infekcijų išsivystymą.

2. Įvertinti Enterococcus spp. atsparumą vankomicinui.

3. Įvertinti Enterococcus spp. atsparumą β laktaminiams antibiotikams.

4. Įvertinti vankomicino koncentracijos tyrimo dažnį ir jo įtaką atsparių enterokokų susiformavimui. Tyrimo objektas: 386 tiriamieji pacientai, kurie 2018 – 2019 metais buvo gydyti Kauno klinikose chirurgijos, intensyvios terapijos ir kituose terapiniuose skyriuose, kuriems buvo išskirta Enterococcus spp. Tyrimo metodika: Bakterijos buvo auginamos ant 5 proc. kraujo agaro terpėse. Identifikacijai naudotas „Maldi Tof” (BRUKER Corporation, JAV) masių spektrometras. Atsparumas antibiotikams nustatytas diskų difuzijos į agarą metodu. Vankomicino koncentracija nustatyta Beckman Coulter SYNCHRON LX sistema.

Tyrimo rezultatai. Per tiriamąjį laikotarpį išskirta 52,33 proc. VAE (n=202) ir 47,67 proc. VJE (n=184). Chirurgijos skyriuje VJE išskirta 22,83 proc. (n=42), VAE grupėje 31,68 proc. (n=64), (p=0,033), gastroenterologijos VJE 7,07 proc. (n=13), VAE 14,85 proc. (n=30), (p=0,011), centrinės reanimacijos skyriuje VJE grupėje 5,43 proc. (n=10), VAE 14,36 proc. (n=29), (p=0,003). Daugiau nei 30 dienų stacionarizuoti 58,42 proc. (n=118) VAE ir 40,86 proc. (n=76) VJE grupės pacientų (p=0,001). 2,72 proc. (n=5) pacientų VJE ir 8,42 proc. (n=17) VAE grupėje turėjo CV kateterį (p=0,013), 4,89 proc. (n=9) VJE

(4)

VJE (p<0,001). 77,20 proc. (n=298) E. faecium ir 7,25 proc. (n=28) E. faecalis atsparūs ampicilinui (p<0,001), 68,39 proc. (n=264) E. faecium ir 4,92 proc. (n=19) E. faecalis vankomicinui (p<0,001). Karbapenemus vartojo 27,83 proc. (n=59) pacientų, kuriems išskirta E. faecium ir 8,18 proc. (n=13) E. faecalis (p<0,001), ciprofloksaciną ir ofloksaciną 13,21 proc. (n=28) E. faecium ir 3,77 proc. (n=6) E. faecalis (p=0,001), piperaciliną/tazobaktamą 7,57 proc. (n=16) E. faecium ir 1,89 proc. (n=3) E. faecalis (p=0,011), vankomiciną 34,91 proc. (n=74) E. faecium ir 11,95 proc. (n=19) E. faecalis (p<0,001), ampiciliną/sulbaktamą 5,66 proc. (n=12) E. faecium ir 10,69 proc. (n=17) E. faecalis (p=0,056). VJE grupėje vankomicino koncentracijos tyrimo dažnio vidurkis 1,03 ± 3,82, o VAE grupėje 3,29 ± 7,26 (p<0,001).

Tyrimo išvados:

1. Nustatyta, kad vankomicinui atsparių enterokokų padermių sukeltos infekcijos dažniau diagnozuotos pacientams, kurie buvo stacionarizuoti ilgą laiką, gydyti chirurgijos, gastroenterologijos ir centrinės reanimacijos skyriuose, vartojo antibiotikus iki infekcijos ir tie, kuriems buvo įvestas centrinės venos kateteris ar endotrachėjinis vamzdelis.

2. Dažniau atsparumas vankomicinui nustatytas E. faecium nei E. faecalis padermei. Taip pat nustatytos pavienės vankomicinui atsparios E. gallinarum, E. casseliflavus ir E. avium padermės. 3. Nustatyta, kad E. faecium patikimai dažniau yra atsparus β laktaminiams antibiotikams lyginant

su E. faecalis.

(5)

ABSTRACT

Laura Songailaitė.

Influence of vancomycin concentration assay frequency and other factors on the development of resistant enterococcal strains.

Master‘s thesis.

Supervisor – dr. Violeta Kareivienė. Lithuanian University of Health Sciences, Medical Academy, Faculty of Medicine, Department of Laboratory Medicine. Kaunas, 2020; p. 51

The aim: Identify Enterococcus spp. antibiotic resistance and risk factors for development of vancomycin resistance in strains isolated from clinical specimens.

Tasks:

1. Detect patient risk factors for the development of vancomycin-resistant enterococcal infections. 2. Evaluate vancomycin resistance in Enterococcus spp.

3. Evaluate Enterococcus spp. resistance to β-lactam antibiotics.

4. Evaluate the frequency of vancomycin concentration testing and its influence on the development of resistant enterococci.

Participants: 386 patients who were treated in Kaunas clinics in 2018 - 2019 in the surgical, intensive care and other therapeutic units and whose in clinical specimen was isolated Enterococcus spp.

(6)

(p<0,001) group, vancomycin: 36,63 percent (n=74) in the VRE and 11,41 percent (n=21) in the VSE (p<0.001) group. 77,20 percent (n=298) of E. faecium and 7,25 percent (n=28) of E. faecalis were ampicillin resistant (p<0,001), 68,39 percent (n=264) of E. faecium and 4,92 percent (n=19) of E. faecalis were vancomycin resistant (p<0,001). 27,83% (n=59) of patients with E. faecium and 8,18% (n=13) with E. faecalis (p<0,001) were treated with carbapenems, 13,21% (n=28) with E. faecium and 3,77 percent (n=6) with E. faecalis (p=0.001) were treated with ciprofloxacin and ofloxacin, 7,57 percent (n=16) of patients with E. faecium and 1,89 percent (n=3) with E. faecalis (p=0,011) were treated with piperacillin/tazobactam, 34,91 percent (n=74) of patients with E. faecium and 11,95 percent (n=19) with E. faecalis (p<0,001) were treated with vancomycin, 5,66 percent (n=12) of patients with E. faecium and 10,69 percent (n = 17) with E. faecalis (p=0,056) were treated with ampicillin/sulbactam before infection. The mean frequency of vancomycin concentrations in the VSE group was 1,03 ± 3,82, in the VRE group 3,29 ± 7,26 (p<0,001).

Conclusions

1. It was found that infections caused by vancomycin-resistant enterococcal strains were more commonly diagnosed in patients who were hospitalized for a long time, in surgery, gastroenterology and central resuscitation departments, also in patients who received antibiotics prior to infection and had central venous catheter or endotracheal tube.

2. Vancomycin resistance was more frequent in E. faecium than in E. faecalis. Also single vancomycin-resistant strains of E. gallinarum, E. casseliflavus and E. avium have been identified.

3. E. faecium was found to be significantly more resistant to β-lactam antibiotics than E. faecalis. 4. It was investigated that the frequency of vancomycin concentration testing did not influence VRE

(7)

PADĖKA

Noriu padėkoti magistrinio darbo vadovei dr. Violetai Kareivienei už pagalbą rašant magistro baigiamąjį darbą.

Dėkoju LSMUL KK Laboratorinės medicinos klinikos vadovei prof. dr. Astrai Vitkauskienei už darbo temą, pateiktus tyrimui reikalingus duomenis ir suteiktą galimybę rinkti papildomus duomenis iš pacientų ligų istorijų.

Dėkoju Lukui Vitkauskui už pagalbą renkant tyrimų duomenis.

INTERESŲ KONFLIKTAS

Autoriui interesų konfliktų nebuvo.

LSMU BIOETIKOS CENTRO LEIDIMAS

(8)

SANTRUMPOS

AH – arterinė hipertenzija

ALA (angl. HLR – high level resistance) – aukšto lygio atsparumas CD – cukrinis diabetas

CNS – centrinė nervų sistema CV – centrinė vena

D-Ala – D- alaninas D-Lac – D- laktatas D-Ser – D- serinas HI – hospitalinė infekcija

ITS (angl. ICU – intensive care unit) – intensyvios terapijos skyrius JAV – Jungtinės Amerikos valstijos

MASA (angl. MRSA- methicillin – resistant Staphylococcus aureus) - meticilinui atsparios Staphylococcus aureus

DAV (angl. MDR – multi-drug resistance) – dauginis atsparumas vaistams

MSK (angl. MIC – minimal inhibitory concentration) – minimali slopinančioji koncentracija NAM – N-acetilmuramo rūgštis

NAG – N-acetilglukozaminas

PGR (angl. PCR – polymerase chain reaction) – polimerazės grandininė reakcija PI – patikimumo intervalas

ŠTI (angl. UTI – urinary tract infection) – šlapimo takų infekcija

VAE (angl. VRE – vancomycin resistant Enterococcus) – vankomicinui atsparus enterokokas VJE (angl. VSE – vancomycin sensitive Enterococcus) – vankomicinui jautrus enterokokas VLA (angl. MLR – medium level resistance) – vidutinio lygio atsparumas

WBC – baltieji kraujo kūneliai

(9)

ĮVADAS

Enterokokai yra normali žmogaus žarnyno mikrobiotos dalis, kuri gali sukelti įvairias infekcijas. Nors dauguma Enterococcus rūšių yra komensaliniai mikroorganizmai, Enterococcus faecalis ir Enterococcus faecium tapo ypač svarbiais hospitalinių infekcijų etiologiniais veiksniais [1]. Enterococcus spp. pasižymi genomo plastiškumu, savybe ilgai išlikti ligoninės aplinkoje ant įvairių paviršių. Gali sukelti tokias infekcijas kaip šlapimo takų infekcijos, odos, pilvo ir dubens uždegiminės ligos, sepsis, endokarditas, chirurginės žaizdų infekcijos, bakteriemija [1, 2].

1986 m. Anglijoje ir Prancūzijoje buvo nustatyti vankomicinui atsparūs enterokokai, kurie tapo didelio masto problema visame pasaulyje [2]. Atlikti pasaulinio masto tyrimai apie infekcinių ligų paplitimą rodo, kad apie 5 proc. infekcijų intensyvios terapijos skyriuose (ITS, angl. ICU – intensive care unit) sukelia vankomicinui atsparūs enterokokai [3].

VAE (angl. VRE – vancomycin resistant enterococcus) dažniausiai kolonizuoja ar infekuoja imunosupresinės būklės pacientus, kurie ilgą laiką praleidžia stacionare, vartoja plataus veikimo spektro antibiotikus, priešnavikinius vaistus. Į rizikos grupę patenka pacientai, kuriems buvo atliekama ilgalaikė dializė ar įvesti šlapimo arba centrinės venos kateteriai, endotrachėjinis vamzdelis [4, 5]. Nustatyta, kad didesnė rizika VAE infekcijai pasireikšti yra patekimas į aukštos rizikos skyrius tokius kaip onkologijos, hematologijos, transplantologijos ar ITS [6]. Gretutinės ligos – arterinė hipertenzija, cukrinis diabetas, anemija, stazinis širdies nepakankamumas - taip pat gali tapti reikšmingais rizikos veiksniais VAE infekcijų išsivystyme. Infekcija gali būti pernešama ligoninės personalo ar lankytojų kontaktiniu būdu [7].

Enterokokinės infekcijos dažnai yra susijusios su polirezistentiškumu ir atsparumu naujos kartos antibiotikams. Pastaruoju metu dėl atsparių mikroorganizmų dažnai yra sunku parinkti antimikrobinę terapiją kritinės būklės pacientams [7, 8]. Svarbu kuo anksčiau aptikti ir identifikuoti antibiotikams atsparius mikroorganizmus, kad tinkamai parinktas antibiotikas padėtų išvengti atsparių mikroorganizmų paplitimo, ypač ITS [4].

(10)

DARBO TIKSLAS IR UŽDAVINIAI

Tikslas: nustatyti Enterococcus spp. padermių, išskirtų iš klinikinės tiriamosios medžiagos, atsparumą antibiotikams ir atsparumo vankomicinui išsivystymo rizikos veiksnius.

Uždaviniai:

1. Nustatyti pacientų rizikos veiksnius, lemiančius vankomicinui atsparių enterokokų sukeltų infekcijų išsivystymą.

2. Įvertinti Enterococcus spp. atsparumą vankomicinui.

3. Įvertinti Enterococcus spp. atsparumą β laktaminiams antibiotikams.

(11)

1. LITERATŪROS APŽVALGA

1.1 Enterococcus gentis

Enterokokai yra gramteigiamos bakterijos, išsidėstančios poromis arba trumpomis grandinėmis. Tai fakultatyviniai anaerobiniai organizmai [9, 10]. Enterokokai natūraliai aptinkami žmogaus virškinamajame trakte, yra žarnyno mikrobiotos dalis. Taip pat gali kolonizuotis viršutiniuose kvėpavimo takuose, tulžies takuose, moters lytiniuose takuose [9]. Enterokokus galima išskirti iš bestuburių, vabzdžių ir žinduolių. Tai parodo enterokokų gebėjimą išgyventi įvairiose aplinkose [11]. Enterokokai yra labai atsparūs, gali išlikti plačiame pH (4,5 – 10) ir temperatūros (5 – 65 ˚C) diapazone [12].

1.2 Enterococcus bakterijų rūšys

Enterokokų taksonomija per pastaruosius dešimt metų labai pasikeitė. Gentis dabar apima daugiau kaip 40 skirtingų rūšių [12], iš kurių 26 gali sukelti infekcijas žmonėms [13]. Dažniausiai žmogaus žarnyne aptinkamos E. faecalis ir E. faecium. Kitos, rečiau aptinkamos rūšys: E. avium, E. casseliflavus, E. durans, E. gallinarum ir E. raffinosus [14].

1.3 Enterococcus spp. bakterijų klinikinė reikšmė

Enterococcus genties atstovai gali sukelti įvairias kliniškai pasireiškiančias infekcijas: bakteriemiją, infekcinį endokarditą, dubens uždegimines ligas, šlapimo takų infekcijas, chirurginių žaizdų infekcijas, retai – centrinės nervų sistemos infekcijas [15, 16]. Enterococcus faecalis ir Enterococcus faecium lengvai išgyvena aplinkoje. Viena iš priežasčių, kodėl enterokokinės infekcijos tapo dažna hospitalinių infekcijų priežastimi – didėjantis antineoplastinių, biologinių ir kitų imunosupresinių medžiagų vartojimas [17, 18].

1.4 Vankomicinas

(12)

penicilinui ir cefalosporinams [19, 23]. Dažnai naudojamas ITS (angl. ICU – intensive care unit) ne tik hospitalinių infekcijų, bet ir pneumonijų, endokarditų, osteomielitų, minkštųjų audinių abscesų gydymui [19].

Vankomicinui atsparių bakterijų vis daugėja, todėl jo vartojimas turi būti ribojamas. Pacientai, kuriems taikomas gydymas vankomicinu, turi būti stebimi, kad būtų užtikrintas vaisto veiksmingumas. Vankomicino koncentracija turėtų būti nustatoma pacientams, patenkantiems į šias rizikos grupes: su sunkia ar invazine infekcija, sutrikusia ar nestabilia inkstų funkcija, nutukusiems, vyresnio amžiaus pacientams, esant nepakankamam atsakui į gydymą trijų – penkių dienų laikotarpyje [24].

1 pav. Vankomicino struktūrinė formulė (pagal D. Skinner ir kt.) [25].

1.4.1 Vankomicino veikimo mechanizmas

Vankomicinas sukelia baktericidinį poveikį, jo veikimo mechanizmas pagrįstas bakterijų peptidoglikano biosintezės slopinimu [19]. Bakterijų ląstelių sienelę sudaro standus peptidoglikano sluoksnis, kuris susideda iš ilgų N-acetilmuramo rūgšties (NAM) ir N-acetilglukozamino (NAG) polimerų. Vankomicinas slopina D-alanilo ir D-alanino tarpusavio ryšį, taip užkirsdamas kelią NAM, NAG sintezei ir polimerizacijai peptidoglikano sluoksnyje. Šis slopinimas pažeidžia bakterijų ląstelių sienelių vientisumą taip sukeldamas bakterijų žūtį [26 – 28].

Įprastoje ląstelių sienelių peptidoglikano sintezėje, bakterijos citoplazmoje, racemazės fermentas iš pradžių konvertuoja L-alaniną į D-alaniną (D-Ala). Ligazė sujungia dvi D-Ala molekules kartu kaip

(13)

dipeptidas, kuris pridedamas prie uracilo difosfato-N-acetilmuramil-tripeptido, kad susidarytų uracilo difosfatas-N-acetilmuramil-pentapeptidas. Pentapeptidas yra prijungiamas prie undekaprenolio lipidų nešiklio, kuris, surišęs N-acetil-d-gliukozaminą, gali translokuotis į citoplazmos išorinį paviršių (2 pav.). Pentapeptidas prijungiamas prie naujai suformuotų peptidoglikanų vykstant transglikozilinimui transpeptidiniais kryžminiais tilteliais.

Glikopeptidų stiprus antimikrobinis poveikis prieš enterokokus priklauso nuo glikopeptido prijungimo prie D-Ala-D-Ala translokuoto pentapeptido C-gale. Susijungimas neleidžia įvykti vėlesnėms transglikozilinimo, transpeptidacijos ir karboksipeptidazės reakcijoms. D-Ala-d-Ala dipeptido modifikacijos, tarpininkaujant van genui, sumažina vankomicino surišimo afinitetą iki 1000 kartų ir taip praranda savo veiksmingumą [27]. Atsparumas vankomicinui išsivysto, kai susiformuoja mažo giminingumo pentapeptidų pirmtakai D-Ala-D-Lac arba D-Ala-D-Ser ir pašalinami didelio giminingumo pirmtakai D-Ala-D-Ala [2].

(14)

1.4.2 Vankomicinui atsparūs enterokokai

Daugelyje pasaulio šalių vis dažnėjanti VAE kolonizacija ir infekcija, jos plitimas, siejamas su prastomis higienos sąlygomis ligoninėse bei paciento charakteristika: imunosupresija, neutropenija, antibakterinių vaistų vartojimu. VAE kolonizacija padidina pacientų infekcijų, pavyzdžiui, kraujo infekcijų, riziką. Greitas ir tikslus VAE identifikavimas yra labai svarbus tiek kolonizuotų, tiek užsikrėtusių pacientų gydymui [30].

E. faecium. E. faecium yra plačiai žinomas dėl jo sugebėjimo sukelti hospitalines infekcijas

žmonėms. Tai yra žarnyno sąlyginis patogenas, turintis virulentiškumo veiksnius: agregacinę medžiagą, želatinazę (fermentas, turintis įtakos bioplėvelės formavimuisi), citoliziną, paviršinį baltymą, hialuronidazę. E. faecium patogeniškumas sukelia ŠTI, endokarditus ir chirurginių žaizdų infekcijas. Kitas būdingas E. faecium požymis yra jo atsparumas daugeliui antimikrobinių vaistų. E. faecium taip pat gali turėti genus, kurie lemia atsparumą vankomicinui ir betalaktamazių sintezę. Be to, yra įrodyta, kad E. faecium gali įgyti atsparumą antibiotikams dėl atsitiktinių mutacijų. Tuomet bakterijų sukeltos infekcijos sunkiai išgydomos [31].

E. faecalis Labiausiai paplitusi Enterococcus genties rūšis. Daugelis E. faecalis padermių sukelia

infekcijas, įskaitant ŠTI, bakteriemiją, endokarditą, naujagimių infekcijas ir centrinės nervų sistemos infekcijas. Kai kurios E. faecalis padermės įgijo atsparumą vankomicinui. Šiuo metu E. faecalis yra svarbi ligoninėje įgytų infekcijų ir atsparumo daugeliui vaistų priežastis. Žmonių ir gyvūnų virškinimo traktai paprastai laikomi pagrindine E. faecalis buveine [32].

E. casseliflavus, E. gallinarum. Enterococcus casseliflavus yra normali žmonių ir gyvūnų žarnyno

mikrofloros dalis, priešingai nei kitos enterokokų rūšys, tokios kaip E. faecium ir E. faecalis, kurios yra patogeniškos ir sukelia hospitalines infekcijas. E. casseliflavus retai išskiriama iš klinikinių mėginių (dažnis < 1,30 proc.). Nors E. casseliflavus infekcija nėra dažna, ji gali būti rimtų invazinių infekcijų priežastimi, tokių kaip endokarditas, bakteriemija, endoftalmitas ir spontaninis bakterinis peritonitas [33], [34].

E. durans yra labai reta, nepiktybinių enterokokų rūšis. Dažniausiai E. durans išskiriama iš gyvūnų

žarnyno, retai sukelia infekcijas žmonėms dėl mažo virulentiškumo. E. durans gali sukelti enterokokinę bakteriemiją [35].

E. avium taip pat retai išskiriama žmonių klinikiniuose mėginiuose. Dažniausiai aptinkama

(15)

1.4.3 Vankomicinui atsparių Enterococcus spp. bakterijų susidarymas

Vankomicinas veikia kartu su D-Ala-D-Ala pentapeptidais, blokuojančiais ląstelių sienelių biosintezę. Atsparumą vankomicinui suteikia van operonas, kurį sudaro dviejų komponentų reguliavimo sistema (vanS-vanR), kuri reaguoja į vankomiciną ir ląstelių membranos pažeidimus. Tada aktyvuojami genai vanH, vanA arba vanB ir vanX. VanX yra D, D-dipeptidazė, kuri hidrolizuoja D-Ala-D-Ala taip neleisdama sukelti jautrumo vankomicinui. VanH yra D-hidroksirūgšties dehidrogenazė, kuri paverčia piruvatą D-Lac ligaze. Van (A / B) liguoja D-Ala-D-Lac, leidžiant gaminti D-Ala-D-Lac pentapeptidus, kurie pasižymi mažu giminingumu vankomicinui. VanY yra D, D-karboksipeptidazė, kuri hidrolizuoja vėlyvųjų peptidoglikano pirmtakų galinius D-Ala likučius, kurie susidaro, jei VanX pašalina D-Ala-D-Ala. Taigi, D-Ala-D-Lac pakeičia normalų dipeptidą D-Ala-D-Ala peptidoglikano sintezėje, sukeldama atsparumą vankomicinui (3 pav.) [15, 37].

3 pav. VAE bakterijų susidarymas (modifikuota pagal M. Faron, N. Ledeboer) [15].

D-Ala-D-Ala skilimas D-Ala-D-Ala pentapeptido skilimas ląstelės membranoje Membranos suardymas Jautrus Vankomicino surišimas ir blokavimas ląstelės sienelės sintezėje

Atsparus

(16)

Aukšto lygio atsparumas (HLR) atsiranda, kai pentapeptidai susideda iš mažo giminingumo molekulių, o vidutinio lygio atsparumas (MLR) susidaro iš heterogeninių aukšto ir mažo giminingumo pentapeptidų [15].

1.4.4 Enterococcus spp. atsparumo vankomicinui tipai

Yra devyni vankomicino atsparumo fenotipai: VanA, VanB, VanC, VanD, VanE, VanG, VanL, VanM, VanN (1 lentelė) [38].

1 lentelė. Atsparumo vankomicinui tipai [38].

Fenotipas Genotipas (genų grupės) Atsparumas vankomicinui

VanA (dažniausiai E.

faecalis ir E. faecium) vanA genų grupė

Aukšto laipsnio atsparumas MSK 64 μg/mL ≥1000 μg/mL VanB (dažniausiai E.

faecalis ir E. faecium) vanB genų grupė

Aukšto laipsnio atsparumas MSK 4 – 512 μg/mL VanC (E. gallinarum, E.

casseliflavus, E. flavescens)

vanC1, vanC2, vanC3 genų grupės Žemo laipsnio atsparumas MSK 2 μg/mL –32 μg/mL

VanD vanD genų grupė

Kintamas aukšto laipsnio atsparumas MSK 64 – 256 μg/mL

VanE vanE genų grupė Žemo laipsnio atsparumas

MSK 16 μg/mL

VanG vanG genas Žemo laipsnio atsparumas

MSK ≤16 μg/mL

VanL vanL genų grupė Žemo laipsnio atsparumas

MSK 8 μg/mL

VanM vanM Aukšto laipsnio atsparumas

MSK >256 μg/mL

VanN vanN Žemo laipsnio atsparumas

(17)

Du iš jų (VanA ir VanB) tarpininkauja naujai įgytuose genų klasteriuose. Pirmiausiai aprašyti VanA ir VanB atsparumo fenotipai - E. faecalis ir E. faecium. VanA atsparios padermės turi aukšto lygio atsparumą vankomicinui (MSK 64 μg/ml) ir teikoplaninui (MSK 16 μg/ml). Atsparumą gali sukelti glikopeptidams: vankomicinui, teikoplaninui, avoparinui ir ristocetinui ir neglikopeptidams, tokiems kaip bacitracinas, polimiksinas B ir robenidinas (vaistas, naudojamas gydyti naminių paukščių kokcidines infekcijas). Manoma, kad VanB yra atsparūs mažesnėms vankomicino koncentracijoms (MSK 32 – 64

g/ml), tačiau yra jautrūs teikoplaninui. VanC atsparumo fenotipas buvo aprašytas E. casseliflavus ir E. gallinarum, kuriems būdingas vidutinis ir mažas atsparumas vankomicinui (MSK 4 – 32 g/ml) ir

jautrumas teikoplaninui [39, 40].

1.4.5 Vankomicino koncentracijos tyrimas

Vankomicinas dažniausiai skiriamas pacientams, sergantiems sunkiomis infekcijomis ir gydomiems ITS. Svarbu tinkamai gydyti enterokokų sukeliamas infekcijas, nes nevisiškai išgydyta infekcija gali tapti VAE išsivystymo priežastimi [2, 41]. Mažesnė nei 15 mg/l vankomicino koncentracija nepasižymi gydomuoju poveikiu. Dėl per mažos terapinės koncentracijos didėja rizika išsivystyti atspariems mikroorganizmams [42], o dėl per didelės (daugiau nei 30 mg/l) vankomicinas gali veikti nefrotoksiškai [43]. Vankomicinas turi būti skiriamas taip, kad būtų palaikoma veiksminga vaisto koncentracija serume, kuri viršija MSK [44].

(18)

Rekomendacijos terapinės vankomicino koncentracijos nustatymui:

• Esant normaliai inkstų funkcijai, vankomicino koncentracija serume turėtų būti nustatoma antrą gydymo parą prieš sekančią vaisto infuziją ir praėjus valandai po jos. Koncentraciją reiktų matuoti 2 – 3 kartus per savaitę.

• Kad būtų išvengta atsparumo, visada turėtų būti palaikoma didesnė kaip 10 mg/l koncentracija serume. Patogenui, kurio MSK yra 1 mg/l , minimali koncentracija turėtų būti bent 15 mg/l. • Norint padidinti tikimybę pasiekti optimalią terapinę koncentraciją serume ir pagerinti klinikinius

rezultatus, rekomenduojama mažiausia vankomicino koncentracija serume 15 – 20 mg/l [44].

1.5 Vankomicinui atsparių Enterococcus spp. bakterijų klinikinė reikšmė

Vankomicinui atsparūs enterokokai dažnai egzistuoja kaip natūrali mikroflora, ne visada sukelia infekcijas, todėl tampa sunku paskirti tinkamą gydymą [46].

Bakteriemija. Jungtinėse Amerikos valstijose 18 proc. visų kraujo bakteriemijų sukėlėjai yra enterokokai. Dažniausiai visuomenėje įgytos bakteriemijos šaltiniais tampa virškinimo ir urogenitalinis traktai. Hospitalinės enterokokinės bakteriemijos šaltiniu tampa intraveniniai ar šlapimo kateteriai. VAE bakteriemija yra susijusi su 2,5 karto padidėjusiu mirtingumu, palyginus su vankomicinui jautria enterokokine bakteriemija (VJE) [47].

(19)

Šlapimo takų infekcijos. Enterokokai sukelia 15 proc. visų su kateteriu susijusių šlapimo takų infekcijų. Šios infekcijos dažniau nustatomos vyrams ir susijusios su ankstesniu antibiotikų vartojimu, kateterizacija ir urogenitalinio trakto pažeidimais [47, 48].

Centrinės nervų sistemos infekcijos. Centrinės nervų sistemos infekcijos retai siejamos su VAE. CNS infekcijos dažniausiai pasireiškia vyresniems pacientams sergantiems gretutinėmis ligomis, tokiomis kaip onkohematologinės, solidinių navikų, plaučių ir širdies ligos. Vankomicinui atsparus E. faecium yra dažnesnė šių infekcijų priežastis (82 proc.) lyginant su vankomicinui atspariu E. faecalis (5 proc.). Klinikiniai CNS pažeidimo požymiai gali būti: ūmus karščiavimas, pakitusi psichinė būklė, šokas. Likvore dažnai aptinkama pleocitozė, mažas gliukozės ir padidėjęs baltymų kiekis [17, 47].

Odos infekcijos. Enterokokai yra odos natūrali mikrofloros dalis ir yra siejami su odos infekcijomis. Paprastai jie yra polimikrobinių infekcijų dalis, todėl jų patogeninis poveikis abejotinas. Enterokokai dažnai išskiriami iš diabetinių pėdų opų, taip pat žinoma, kad jie sukelia osteomielitą, septinį artritą ir minkštųjų audinių abscesus [2].

1.6 Rizikos veiksniai Enterococcus spp. sukeliamoms infekcijoms

Žinomi VAE rizikos veiksniai yra ankstesnis antibiotikų vartojimas, ilga stacionarizavimo trukmė, patekimas į aukštos rizikos skyrius, tokius kaip onkologijos, hematologijos, transplantologijos ar ITS. Taip pat infekcija gali būti pernešama ligoninės personalo ar lankytojų, per rankas ar oro lašeliniu būdu [6]. Kadangi enterokokai gali išlikti gyvybingi keletą dienų ar net savaičių ant sausų paviršių, labai tikėtina, kad užteršti paviršiai gali būti šaltiniu, nuo kurio sveikatos priežiūros darbuotojai užteršia rankas ar aprangą ir taip perneša infekciją pacientui. Infekcijos šaltinis gali būti ir naudojamos medicininės priemonės, elektroniniai termometrai ar palata, kurioje anksčiau gulėjo pacientas, turintis VAE. Todėl labai svarbu taikyti infekcijų kontrolės priemones: griežtą rankų higieną, naudoti apsaugos priemones kontaktuojant su pacientais, kruopščiai valyti palatas ir aplinkos paviršius. Sveikatos priežiūros darbuotojai, kurie kontaktuoja su sergančiais pacientais, yra vienas dažniausių hospitalinių infekcijų perdavimo būdų [39]. Į rizikos veiksnius taip pat patenka ir laboratorinių tyrimų - natrio, kreatinino, albumino, hematokrito ir baltųjų kraujo kūnelių pakitimai (laboratorinių tyrimų kintamųjų ribos pagrįstos standartinėmis

(20)

Japonijoje, Nagasakio universiteto ligoninėje atliktas retrospektyvinis tyrimas (surinkti duomenys 2011 – 2012 metų), norint nustatyti rizikos faktorius enterokokinėms infekcijoms išsivystyti. Iš viso ištirta 540 pacientų: 182 infekuoti pacientai ir 358 kolonizuoti pacientai. Tiriamieji buvo 62,6 proc. vyrai (n=114) ir 37,4 proc. moterys (n=68). Nustatyta, kad pilvo srities chirurgija yra didžiausias rizikos veiksnys enterokokinės infekcijos išsivystymui (p≤0.001). Kiti reikšmingi rizikos veiksniai yra šlapimo takų struktūriniai pokyčiai (p=0,027), vyriška lytis (p=0,033) ir hipoalbuminemija (p=0,026).

Taip pat buvo nustatyti rizikos faktoriai E. faecalis infekcijos išsivystymui. Iš viso buvo palyginti 144 infekuoti ir 275 kontroliniai pacientai. Į didžiausios rizikos grupę pateko pacientai su struktūriniais

šlapimo takų pokyčiais (p=0,008). Kiti nustatyti reikšmingi rizikos faktoriai: pilvo srities chirurgija (p ≤ 0.001) ir hipoalbuminemija (p =0,011).

E. faecium infekcijos išsivystymo rizikos veiksniams nustatyti buvo ištirti 38 infekuoti ir 83

kontroliniai pacientai. Reikšmingais rizikos faktoriais nustatyta imunosupresinių vaistų vartojimas (p=0,017) ir in situ prietaisų naudojimas (p=0,025) [1].

1.7 VAE bakterijų atsparumas kitų grupių antibiotikams

Didėjantis enterokokų atsparumas vankomicinui, penicilinui ir aminoglikozidams tampa rimtu iššūkiu gydytojams, gydantiems pacientus, kurie serga enterokokinėmis infekcijomis. Gydymo galimybės dažnai apsiriboja eksperimentiniais antimikrobinių vaistų deriniais, kurių veiksmingumas nėra įrodytas. Taip pat atsiranda atsparumas cefalosporinams ir klindamicinui. Tik nedaugelis padermių yra jautrios šiuo metu turimiems makrolidams, o atsparumas fluorochinolonams tampa vis dažnesnis [39]. Šiems antibiotikams atsparumą lemia chromosomose esančių genų gyrA ir parC taškinės mutacijos. Aukšto lygio atsparumas fluorochinolonams pastebimas E. faecium klinikinėse padermėse. Itin didelis atsparumas būdingas E. faecium padermėms, kurios priklauso kloninei linijai CC17 [17, 27].

Natūralus enterokokų atsparumas antibiotikams būdingas cefalosporinams, sulfonamidams, linkozamidams, β-laktamams ir aminoglikozidams, užkoduotiems chromosomose [50].

(21)

enterokokų atsparumas fluorochinolonams yra 59 proc. HI, ŠTI atvejų ir teigiama, kad jis dažnai nustatomas visuomenėje įgytų ŠTI atvejais [48].

Taip pat Indijoje 2017 metais buvo atlikta pacientų, gydomų vaikų intensyvios terapijos skyriuje analizė (tyrimui panaudoti 2013 – 2015 metų duomenys). Ištyrimui buvo paimti tiesiosios žarnos tamponai. Buvo ištirti 198 pacientai iš kurių 37 (18,6 proc.) aptikta VAE. Iš VAE izoliatų 75,6 proc. buvo E. faecium ir 24,4 proc. – E. faecalis. Visų VAE padermių vankomicino ir teikoplanino MSK vertės svyravo nuo 64 iki ≥ 256 mg/l. Molekuliniais metodais buvo patvirtintas vanA geno buvimas visuose 37 VAE izoliatuose ir nė viename iš jų nebuvo teigiami vanB ir vanC genai. Diskų difuzijos į agarą metodu buvo nustatytas labai didelis atsparumas kitiems antibiotikams (atitinkamai 89 proc., 82 proc. ir 86 proc. ampicilinui, gentamicinui ir tetraciklinui) [51].

1.8 Kiti faktoriai skatinantys atsparių Enterococcus spp. bakterijų susiformavimą

Enterococcus spp. infekcijos yra dažnai nustatomos pacientams, kuriems buvo atlikta pilvo organų transplantacija (angl. SOT – solid organ transplantation). Išskirtų enterokokų dažnis šioje grupėje siekia apie 15 proc., apie 20 proc. infekcijų yra hospitalinės. Tarp visų enterokokinių infekcijų VAE paplitimas įvairiose šalyse yra labai skirtingas. Šiaurės Amerikoje VAE infekcija paplitusi nuo 2 proc. iki 11 proc. tarp pacientų, kuriems buvo transplantuotos kepenys, tuo tarpu Europoje atliktų tyrimų metu infekcijų beveik neužfiksuota. Šie ryškūs skirtumai gali būti susiję su skirtingu vankomicino vartojimu Amerikos ir Europos ligoninėse.

VAE infekcijos dažniausiai nustatomos pacientams po kepenų transplantacijos. Manoma, kad tai gali būti dėl didelio kolonizuotų ir infekuotų pacientų paplitimo prieš transplantaciją. Infekcijos pasireiškia per 29 – 48 dienas po transplantacijos. Pagrindinės infekcijos yra bakteriemija, peritonitas, šlapimo ir tulžies takų infekcijos [28].

(22)

1.9 Enterococcus spp. genetinė analizė

Enterokokams būdingi šie virulentiškumo veiksniai: agregacinė medžiaga, želatinazė, citolizinas, paviršinis baltymas ir hialuronidazė. Agregacinė medžiaga padeda pernešti genus iš vieno enterokoko į kitą prisitvirtindama enterokokų plazmidžių paviršiuje [9], ją koduoja asa1 genas, esantis plazmidėje [53]. Ji padeda enterokokams prisitvirtinti žarnyne, prie makrofagų, neutrofilų ar inkstų epitelio ląstelių. Želatinazė tiekia enterokokams maistines medžiagas, taip didindama enterokokų patogeniškumą, taip pat turi įtakos bioplėvelių formavimuisi [9]. Želatinazę koduoja chromosoma gelE [54]. Citolizinas veikia kaip toksinas, kuris padidina enterokokų virulentiškumą, ardo eritrocitus, kartais ir leukocitus. Jį dažniausiai produkuoja E. faecalis [55]. Paviršinis baltymas skatina enterokokų kolonizaciją, slopina imuninę sistemą, esp geno sutrikdymas neleidžia E. faecalis formuoti bioplėvelių. Esp geną turintys E. faecium labiau linkę susijungti, nei šio geno neturinčios padermės. Hialuronidazė pažeidžia audinius, dėl šios priežasties enterokokų toksinai greičiau išplinta. Hialuronidazę koduoja hyl genas [9].

Vankomicinui atsparūs enterokokai (VAE) gali būti laikomi svarbiu hospitaliniu patogenu, ypač imunosupresinės būklės pacientams [56]. Atsparumas vankomicinui įgyjamas per van genų grupes. Dažniausiai pasitaikantys atsparumo vankomicinui genai yra vanA ir vanB, kurie pasižymi dideliu (MSK> 128 mg / L) arba vidutiniu (MSK nuo 16 iki 64 mg / L) atsparumu vankomicinui [57]. Be to, vanA ir vanB atsparumo genai yra lengvai plintantys tarp enterokokų. Todėl kai kurios visuomenės sveikatos įstaigos, atlieka tyrimus tarp hospitalizuotų pacientų, turinčių vanA ir vanB teigiamus VAE [58].

Priešingai nei vanA ir vanB genai, vanC ir vanD VAE yra chromosomiškai susiję. Tai reiškia, kad jie yra mažiau plintantys. Paprastai vanC atsparumas vankomicinui (MSK 2 – 32 mg/l) ir teikoplaninui (MSK ≤1 mg/l) yra žemas [57]. Be to, VAE, kurie turi vanC, paprastai yra E. gallinarum arba E. casseliflavus / E. flavescens ir yra susiję su maža mirštamumo rizika ir retai sukelia hospitalinių ligų protrūkius [15]. Todėl, vanC teigiami pacientai paprastai nėra izoliuojami, priešingai nei pacientai, kuriems nustatyti VAE vanA arba vanB teigiami genai. VanD genas paprastai lemia vidutinį atsparumą vankomicinui (MSK 64 – 128 mg/l) ir teikoplaninui (MSK 4 – 64 mg/l). Iki šiol vanD retai buvo aptinkamas enterokokuose [57].

(23)

Irane 2018 metais, norint nustatyti vanA ir vanB genus vankomicinui atspariuose enterokokuose, buvo atlikti molekuliniai tyrimai. Iš 175 mėginių, kuriuose buvo aptikti enterokokai, 95 (54,3 proc.) izoliatuose nustatyta Enterococcus faecium, 34 (19,4 proc.) Enterococcus faecalis ir 46 (26,3 proc.) izoliatai kitų Enterococcus spp. padermių. Iš 129 enterokokų izoliatų 56 (43,4 proc.) buvo atsparūs vankomicinui ir teikoplaninui. Nustatyta, kad 54 (91,5 proc.) Enterococcus izoliatai turėjo vanA geną, nenustatyta nė vieno vanB geno [64].

(24)

2. TYRIMO METODIKA IR METODAI

2.1 Tiriamoji medžiaga

Tirta tiriamoji medžiaga, išskirta iš 386 pacientų, kurie 2018 – 2019 metais buvo gydyti Kauno klinikose chirurgijos, intensyvios terapijos ir kituose terapiniuose skyriuose, kuriems buvo nustatytas Enterococcus spp. atsparumas vankomicinui.

2.2 Ėminių paruošimas tyrimui ir vertinimas

Tiriamosios medžiagos: pūliai, tulžis, biopsija, sąnario skystis, likvoras, ascitas, medžiagos paimtos iš bronchų, dreno, operacinių žaizdų, akies ir absceso su sterilia kilpele ar transportavimo terpės tamponu, paskleistos kelių kvadratinių centimetrų plote ir išsėtos į 4 sektorius ant standžių mitybinių terpių, vadovaujantis laboratorijos metodikomis. Šlapimo pasėlis atliktas ant kraujo agaro naudojant 1 μl kalibruotas kilpeles. Kraujas, surinktas į mitybinės terpės buteliukus aerobams ir anaerobams inkubuotas BD BACTECTM_{(Becton, Dickinson and Company, JAV) automatiniame termostate. Esant bakterijų}

augimui mitybinės terpės buteliukuose, išsėta į standžias mitybines terpes pagal metodiką.

Išaugusios bakterijos vertintos ant 5 proc. kraujo agaro. Enterococcus faecalis ir Enterococcus faecium kolonijos ant 5 proc. kraujo agaro būna pilkos spalvos, negleivėtos, apvalios, lygios, su žalia hemolize (α hemolize). Enterococcus faecium kolonijos būna pilkai žalsvos spalvos, smulkesnės. Katalazės reakcija - neigiama. Bakterijų rūšis identifikuota naudojant ,,Maldi-Tof” (Bruker Corporation, JAV) masių spektrometrą (aprašyta pagal LSMUL Kauno klinikų laboratorijoje naudojamas tyrimų metodikas).

2.3 Jautrumo antibiotikams nustatymas diskų difuzijos metodu

(25)

(angl. EUCAST – European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) ekspertų antimikrobinio

jautrumo tyrimų taisyklėmis. Šiame standarte pateikiamos ribinės jautrumo antibiotikams reikšmės (2 lentelė) (aprašyta pagal LSMUL Kauno klinikų laboratorijoje naudojamas tyrimų metodikas).

2 lentelė. Enterococcus spp., išaugintam iš bet kurios tiriamosios medžiagos, išskyrus šlapimą.

Nr. Antimikrobinis vaistas Sutrumpinimas Koncentracija diske Zona jautru, mm Zona atsparu, mm 1. Ampicilinas AM 2 μg ≥10 <10 2. Vankomicinas VA 5 μg ≥12 <12

2.4 Vankomicino koncentracijos nustatymas

Vankomicino koncentracija nustatoma kraujo serume antrą parą po infuzijos paskyrimo, prieš skiriant kitą dozę. Taip pat vankomicino koncentracija nustatoma praėjus valandai nuo infuzijos. Terapinė vankomicino koncentracija yra 30 – 40 mg/l matuojant praėjus valandai po infuzijos, mažiausia terapinė koncentracija nustatoma prieš kitą infuziją nuo 5 iki 10 mg/l [44].

(26)

2.5 Duomenų rinkimas ir statistinė analizė

Retrospektyvinei analizei duomenys apie pacientų rizikos veiksnius buvo surinkti iš pacientų ligų istorijų, naudojantis suteikta ligoninės informacinės sistemos (LIS) elektronine prieiga. Vankomicino koncentracijos tyrimų rezultatai gauti iš LSMU KK Laboratorinės medicinos klinikos laboratorijos.

(27)

3. REZULTATAI

Nustatyta, kad tiriamoji medžiaga, kurioje nustatyta Enterococcus spp., išskirta 45,60 proc. atvejų iš vyrų (n=176) ir 54,40 proc. atvejų iš moterų (n=210). Pacientai pagal amžių buvo suskirstyti į grupes: ≦65 m. (vyrai 46,02 proc., n= 81; moterys 53,98 proc., n=95) ir >65 m. (vyrai 45,23 proc., n=95; moterys 54,77 proc., n=115). Visų pacientų amžiaus vidurkis 65,6 ± 14,5 m.

1 grafikas. Pacientų pasiskirstymas pagal lytį.

Išskirtos dvi pacientų grupės pagal enterokokų atsparumą: pacientai, kurių tiriamosiose medžiagose buvo išskirti VAE (52,33 proc., n=202) ir pacientai, kurių tiriamosiose medžiagose išskirti VJE (47,67 proc., n= 184). VAE grupėje moterys sudaro 54,95 proc. (n=111), vyrai 45,05 proc. (n=91), VJE grupėje moterys 53,80 proc. (n=99), vyrai 46,20 proc. (n=85). Pagal amžių ir enterokokų atsparumą VAE grupėje ≦65 m. (vyrai 19,8 proc., n= 40; moterys 23,27 proc., n=47) ir >65 m. (vyrai 25,25 proc., n=51; moterys 31,68 proc., n=64), VJE grupėje ≦65 m. (vyrai 22,28 proc., n=41; moterys 26,09 proc., n=48) ir >65 m. (vyrai 23,91 proc., n=44; moterys 27,72 proc., n=51), (p=0,197), (3 lentelė).

(28)

3 lentelė. Tiriamųjų pasiskirstymas VAE ir VJE grupėse pagal amžių ir lytį.

VAE proc. (n) VJE proc. (n) p

vyrai moterys vyrai moterys

0,197 ≦65 m. 19,8 (40) 23,27 (47) 22,28 (41) 26,09 (48)

>65 m. 25,25 (51) 31,68 (64) 23,91 (44) 27,72 (51)

p – reikšmingumo lygmuo, n – tiriamųjų pacientų skaičius, VAE – vankomicinui atsparūs enterokokai, VJE – vankomicinui jautrūs enterokokai.

Nustatytas išskirtų Enterococcus spp. pasiskirstymas VAE ir VJE pacientų grupėse. Lyginant šias grupes, VAE grupėje dažniausiai išskirta padermė E. faecium (91,34 proc., n=264), rečiau aptikta padermė E. faecalis (6,57 proc., n=35), o VJE grupėje dažniausia E. faecalis (77,72 proc., n=157), rečiau nustatyta E. faecium rūšis (17,33 proc., n=35), (p<0,001), (2 grafikas).

2 grafikas. E. faecium ir E. faecalis pasiskirstymas VAE ir VJE grupėse (pastaba: Enterococcus spp. vienam pacientui buvo tirta ne vieną kartą skirtinguose mėginiuose), (p<0,001).

(29)

Tiriamųjų pacientų mėginiuose taip pat buvo nustatytos ir kitos rečiau aptinkamos Enterococcus rūšys. E gallinarum VAE grupėje nustatyta 1,04 proc. pacientų (n=3), VJE 0,5 proc. (n=1), E. casseliflavus VAE grupėje 0,69 proc. (n=2), VJE 0,5 proc. (n=1), E. avium VAE grupėje 0,69 proc. (n=1), VJE 2,48 proc. (n=5), E. durans VAE grupėje nenustatyti, o VJE grupėje nustatyta 1,49 proc. (n=3), (3 grafikas).

3 grafikas. Kitų Enterococcus spp. pasiskirstymas VAE ir VJE grupėse.

(30)

4 grafikas. Enterococcus spp. pasiskirstymas tiriamosiose medžiagose (n - išskirtų Enterococcus spp. skaičius).

(31)

5 grafikas. VAE ir VJE pasiskirstymas klinikiniuose mėginiuose.

Lyginant skirtingo enterokokų jautrumo grupes, nustatyta, kad VAE grupėje šlapimo pasėliuose išaugo 51,39 proc. enterokokų (n=111), o VJE grupėje 48,61 proc. (n=105). Tulžies pasėliuose išaugo 81,72 proc. (n=76) vankomicinui atsparių enterokokų ir 18,28 proc. (n=17) jautrių. Kraujo pasėliuose nustatyta 70,97 proc. (n=22) atsparių ir 29,03 proc. (n=9) jautrių enterokokų. Pilvo mėginiuose išskirti enterokokai 80,56 proc. (n=29) atsparūs vankomicinui ir 19,44 proc. (n=7) jautrūs. Žaizdų pasėliuose nustatyta 83,33 proc. (n=20) atsparūs ir 16,67 proc. (n=4) jautrūs vankomicinui enterokokai. Pasėliuose nuo drenų 89,66 proc. (n=26) atsparūs ir 10,34 proc. (n=3) jautrūs enterokokai (p<0,001). Pūlių, biopsijos pasėliuose, prostatos sekrete, pasėliuose iš bronchų tiriamosios medžiagos, makšties ir operacinių žaizdų pasėliuose VAE neišaugo.

Norint išsiaiškinti vankomicinui atsparių enterokokų išsivystymo rizikos veiksnius, buvo išskirti veiksniai VJE ir VAE grupėse: lytis, gydymas intensyvios terapijos, chirurgijos, gastroenterologijos, centrinės reanimacijos, urologijos ir nefrologijos skyriuose, stacionarizavimo trukmė, centrinės venos kateteris, šlapimo kateteris, endotrachėjinis vamzdelis, chirurginės intervencijos, onkologinės ligos, anemija, cukrinis diabetas, arterinė hipertenzija, transplantacijos, iki infekcijos vartoti antibiotikai: cefuroksimas, ceftazidimas ir cefotaksimas, karbapenemai, piperacilinas/tazobaktamas, ciprofloksacinas ir ofloksacinas, gentamicinas ir amikacinas, vankomicinas, ampicilinas/sulbaktamas.

22,75 % n=111 15,57 % n= 76 4,50 % n= 22 5,94 % n= 29 4,10 % n= 20 5,33 % n=26 21,52 % n= 105 3,48 % n= 17 1,84 % n= 9 1,43 %n= 7 0,82 %_{n= 4} 0,61 %_{n= 3} 3,69 % n= 18 1,02 % n=5 3,07 % n= 15 0,82 % n= 4 0,41 %_{n= 2} 0,41 % _n=2 0 20 40 60 80 100 120

Šlapimas Tulžis Kraujas Pilvas Žaizda Drenai Pūliai Prostatos

(32)

(33)

4 lentelė. Rizikos veiksniai VJE ir VAE grupėse. Rizikos veiksniai VJE, n (proc.) N = 184 VAE, n (proc.) N = 202 p Lytis: Vyrai Moterys 85 (46,20) 99 (53,80) 91 (45,05) 111 (54,95) 0,117 Skyrius: Intensyvios terapijos _{14 (7,61)} _{11 (5,45)} _0,256 Chirurgijos 42 (22,83) 64 (31,68) 0,033 Gastroenterologijos _{13 (7,07)} _{30 (14,85)} _0,011 Centrinės reanimacijos 10 (5,43) 29 (14,36) 0,003 Urologijos _{17 (9,24)} _{15 (7,43)} _0,537 Nefrologijos _{12 (6,52)} _{21 (10,39)} _0,119 Stacionarizavimo trukmė: < 30 dienų 106 (59,14) 84 (51,58) 0,001 > 30 dienų 76 (40,86) 118 (58,42) CV kateteris 5 (2,72) 17 (8,42) 0,013 Šlapimo kateteris 33 (17,93) 31 (15,35) 0,292 Endotrachėjinis vamzdelis 9 (4,89) 21 (10,39) 0,033

Antibiotikų vartojimas iki infekcijos 104 (56,52) 159 (78,71) <0,001

Chirurginės intervencijos 86 (46,74) 106 (52,48) 0,153 Onkologinė liga 56 (30,43) 43 (21,29) 0,026 Anemija 33 (17,93) 27 (13,37) 0,136 CD 23 (12,5) 20 (9,90) 0,258 AH 54 (29,35) 40 (19,80) 0,02 Transplantacijos 7 (3,80) 7 (3,47) 0,536

(34)

Nustatytas antibiotikų vartojimas iki infekcijos VAE ir VJE grupėse: cefuroksimo, ceftazidimo ir cefotaksimo, karbapenemų, ciprofloksacino ir ofloksacino, gentamicino ir amikacino, piperacilino/tazobaktamo, vankomicino, ampicilino/sulbaktamo. Cefuroksimą, ceftazidimą ir cefotaksimą vartojo 46,04 proc. (n=93) VAE ir 39,13 proc. (n=72) VJE grupės pacientų (p=0,102). Karbapenemus vartojo 28,71 proc. (n=58) VAE ir 7,61 proc. (n=14) VJE grupės pacientų (p<0,001). Ciprofloksaciną, ofloksaciną vartojo 13,86 proc. (n=28) VAE ir 9,78 proc. (n=18) VJE grupės pacientų (p=0,174). Gentamiciną ir amikaciną 1,98 proc. (n=4) VAE ir 2,17 proc. (n=4) VJE grupės pacientų (p=0,558). 5,45 proc. (n=11) VAE ir 4,35 proc. (n=8) VJE grupės pacientų vartojo piperaciliną/tazobaktamą (p=0,398). 36,63 proc. (n=74) VAE ir 11,41 proc. (n=21) VJE grupės pacientų iki infekcijos vartojo vankomiciną (p<0,001). Ampiciliną/sulbaktamą vartojo 3,47 proc. (n=7) VAE ir 2,17 proc. (n=4) VJE grupės pacientų (p=0,327), (6 grafikas).

6 grafikas. Antibiotikų vartojimas iki infekcijos VAE ir VJE grupėse.

Tyrimo metu buvo nustatytas Enterococcus spp. atsparumas antibiotikams: ampicilinui ir vankomicinui. 77,20 proc. (n=298) E. faecium ir 7,25 proc. (n=28) E. faecalis buvo atsparūs ampicilinui

46,04 % n=93 28,71 % n= 58 13,86 % n= 28 1,98 % n=4 5,45 % n= 11 36,63 %, n= 74 3,47 % n= 7 39,13 % n= 72 7,61 % n= 14 9,78 % n=18 2,17 % n= 4 4,35 % n=8 11,41% n= 21 2,17 % n=4 0 20 40 60 80 100

(35)

(p<0,001). 68,39 proc. (n=264) E. faecium ir 4,92 proc. (n=19) E. faecalis buvo atsparūs vankomicinui (p<0,001), (5 lentelė).

5 lentelė. E. faecium ir E. faecalis atsparumas tirtiems antibiotikams. E. faecium n (proc.) E. faecalis n (proc.) Ampicilinas 298 (77,20) 28 (7,25) Vankomicinas 264 (68,39) 19 (4,92)

Taip pat buvo išskirtos kelios retai aptinkamos Enterococcus padermės ir nustatytas jų atsparumas antibiotikams. Nustatyti ampicilinui atsparūs E. gallinarum (0,26 proc., n=1), E. casseliflavus (0,52 proc., n=2) ir E. avium (0,26 proc., n=1). Vankomicinui atsparūs E. gallinarum (0,78 proc., n=3), E. casseliflavus (0,52 proc., n=2) ir E. avium (0,26 proc., n=1).

(36)

(n=19) E. faecalis (p<0,001), ampiciliną/sulbaktamą 5,66 proc. (n=12) pacientų, kuriems išskirta E. faecium ir 10,69 proc. (n=17) E. faecalis padermės (p=0,056). Nustatyta, kad E. faecium padermė išskirta 10,38 proc. (n=22) atvejų, o E. faecalis 5,03 proc. (n=8) atvejų pacientams, kuriems buvo įvestas endotrachėjinis vamzdelis (p=0,045). Pacientams, kuriems buvo įvestas šlapimo kateteris 24,05 proc. (n=51) pasėlių buvo išskirta E. faecium ir 6,92 proc. (n=11) pasėlių buvo išskirta E. faecalis padermė (p<0,001). Pacientams, kurie turėjo centrinės venos kateterį, 8,02 proc. (n=17) išskirta E. faecium ir 3,14 proc. (n=5) E. faecalis rūšis (p=0,038), (6 lentelė).

(37)

6 lentelė. E. faecium ir E. faecalis išskyrimo dažnis priklausomai nuo paciento rizikos veiksnio.

N – pacientų, kuriems išskirta Enterococcus spp. imtis, n – pacientų, kuriems išskirta Enterococcus spp. skaičius, p – reikšmingumo lygmuo.

Rizikos veiksniai E. faecium, n (proc.)

N=212 E. faecalis, n (proc.) N=159 p Gydymas skyriuose: Centrinės reanimacijos 33 (15,57) 6 (3,77) <0,001 Chirurgijos 82 (38,68) 23 (14,47) <0,001 Gastroenterologijos 39 (18,40) 21 (13,21) 0,114

Antibiotikų vartojimas iki infekcijos: Cefuroksimo, ceftazidimo ir cefotaksimo 93 (43,87) 62 (38,99) 0,202 Karbapenemų 59 (27,83) 13 (8,18) <0,001 Ciprofloksacino ir ofloksacino 28 (13,21) 6 (3,77) 0,001 Gentamicino ir amikacino 4 (1,89) 3 (1,89) 0,642 Piperacilino/tazobaktamo 16 (7,57) 3 (1,89) 0,011 Vankomicino 74 (34,91) 19 (11,95) <0,001 Ampicilino/sulbaktamo 12 (5,66) 17 (10,69) 0,056 Endotrachėjinis vamzdelis 22 (10,38) 8 (5,03) 0,045 Šlapimo kateteris 51 (24,05) 11 (6,92) <0,001

(38)

Tyrimo metu taip pat buvo nustatytas vankomicino koncentracijos tyrimo dažnis ir jo įtaka atsparių enterokokų padermių išsivystymui. Nustatyta, kad 14,67 proc. (n=27) VJE grupės ir 41,58 proc. VAE grupės pacientams buvo atlikti vankomicino koncentracijos tyrimai, o 85,33 proc. (n=157) VJE grupės ir 58,42 proc. (n=118) VAE grupės pacientams vankomicino koncentracija nebuvo tirta (7 grafikas), (p<0,001).

7 grafikas. Vankomicino koncentracijos tyrimai VJE ir VAE grupėse.

Nustatyta, kad VJE grupėje vankomicino koncentracijos atlikto tyrimo kartų vidurkis yra 1,03 ± 3,82, o VAE grupėje 3,29 ± 7,26. VJE grupėje didžiausia vankomicino koncentracijos tyrimo kartų reikšmė 38, o VAE grupėje 64 (7 lentelė).

7 lentelė. Vankomicino koncentracijos tyrimai VJE ir VAE grupėse.

VJE N=184 VAE N=202 Vidurkis 1,03 ± 3,82 3,29 ± 7,26 Mažiausia reikšmė 0 0 Didžiausia reikšmė 38 64

VJE – vankomicinui jautrūs enterokokai, VAE – vankomicinui atsparūs enterokokai, p – reikšmingumo lygmuo, n – tiriamųjų skaičius, N – tiriamųjų imtis.

(39)

Pacientai pagal vankomicino koncentracijos tyrimo dažnį buvo suskirstyti į tris grupes: pirmai grupei priklauso pacientai, kuriems vankomicino koncentracija buvo tirta mažiau nei 5 kartus, antrai grupei priklauso pacientai, kuriems vankomicino koncentracija buvo tirta nuo 5 iki 15 kartų imtinai ir trečiai grupei priklauso pacientai, kuriems vankomicino koncentracija buvo nustatyta daugiau nei 15 kartų per vieno gydymo laikotarpį. VJE grupėje nustatyta 169 pacientai (91,85 proc.), VAE grupėje 160 pacientų (79,21 proc.) kuriems vankomicino koncentracija buvo nustatyta mažiau nei 5 kartus (p<0,001). Nuo 5 iki 15 kartų VJE grupėje vankomicino koncentracija nustatyta 13 pacientų (7,07 proc.), VAE grupėje 32 pacientams (15,84 proc.) (p=0,005). Daugiau nei 15 kartų vankomicino koncentracija VJE grupėje nustatyta 2 pacientams (1,09 proc.) ir VAE grupėje 10 pacientų (4,95 proc.), (p=0,012), (7 lentelė).

8 lentelė. Vankomicino koncentracijos tyrimo dažnio pasiskirstymas VJE ir VAE grupėse.

Dažnis VJE, n (proc.)

N=184 VAE, n (proc.) N=202 p < 5 169 (91,85) 160 (79,21) <0,001 5 - 15 13 (7,07) 32 (15,84) 0,005 > 15 2 (1,09) 10 (4,95) 0,012

(40)

4. REZULTATŲ APTARIMAS

Enterokokų atsparumas antibiotikams yra didėjanti problema. Enterococcus spp. tampa dažna hospitalinių infekcijų priežastimi, dėl to yra itin svarbu sekti jų paplitimą, išsiaiškinti naujų antibiotikams atsparių padermių išsivystymo rizikos veiksnius.

Šio darbo tikslas buvo nustatyti ar vankomicino koncentracijos tyrimo dažnis gali turėti įtakos atsparių enterokokų padermių, kurie sukelia infekcijas, susiformavimui. Atlikus surinktų duomenų analizę nustatyta, kad gydymas chirurgijos (n=64; 31,68 proc.; p=0,033), gastroenterologijos (n=30, 14,85 proc., p=0,011) ir centrinės reanimacijos (n=29; 14,36 proc.; p=0,003) skyriuose buvo statistiškai reikšmingas veiksnys VAE infekcijų išsivystymui. Stacionarizavimo trukmė taip pat turėjo įtakos atsparių enterokokų išsivystymui. Pacientams, kurie buvo stacionarizuoti ilgiau nei 30 dienų, dažniau buvo išskirti vankomicinui atsparūs enterokokai (p=0,001). S. Kampmeier ir bendraautorių atliktame tyrime taip pat buvo nustatyta, kad ilga stacionarizavimo trukmė turėjo įtakos VAE infekcijų išsivystymui. Jų atliktame tyrime nustatyta, kad pacientų stacionarizavimas ilgiau nei 14 dienų yra reikšmingas rizikos faktorius vankomicinui atsparių enterokokų infekcijų išsivystymui (p=0,01) [5]. H. Jiang su bendraautoriais atliktame tyrime taip pat buvo gauti panašūs rezultatai. Jų atlikto tyrimo metu nustatyta, kad VAE grupės pacientai iki infekcijos buvo stacionarizuoti 55,4 ± 47,7 (vidurkis 46) dienas, o VJE grupės pacientai 38 ± 34 (vidurkis 25) dienas (p=0,009) [65].

Analizuojant surinktus duomenis apie mėginius, iš kurių buvo išskirti enterokokai, nustatyta, kad pasėliuose, atliktuose iš tulžies (p<0,001), kraujo (p=0,023), pilvo (p<0,001), žaizdų (p=0,001), drenų (p<0,001) mėginių, dažniau buvo nustatytos vankomicinui atsparių enterokokų padermės nei kituose mėginiuose. Vankomicinui atsparios enterokokų padermės nebuvo išskirtos iš pūlių, prostatos sekreto ir biopsijos mėginių. Kiek kitokie rezultatai gauti H. Jiang su bendraautoriais atliktame tyrime: vankomicinui atsparios padermės buvo dažniau išskirtos iš ascito, pleuros ir stuburo skysčių, lyginant su vankomicinui jautriomis padermėmis. Priešingai nei mūsų atliktame tyrime, H. Jiang su bendraautoriais nustatė, kad kraujo pasėliuose išskirta dažniau vankomicinui jautrios padermės nei atsparios (p=0,026) [65].

(41)

Atlikus tyrimą, nustatyta, kad antibiotikų vartojimas iki infekcijos išsivystymo turėjo statistiškai reikšmingos įtakos vankomicinui atsparių enterokokų išsivystymui (n=159; 78,71 proc.; p<0,001). M. Shorman ir J. Al-Tawfiq atliktame tyrime nustatyta, kad antibiotikų vartojimas per paskutinius tris mėnesius taip pat turėjo statistiškai reikšmingos įtakos atsparių enterokokų išsivystymui (p<0,01). Jų atlikto tyrimo metu nustatyta statistiškai reikšminga vankomicino (p=0,03), metronidazolio (p=0,01), piperacilino-tazobaktamo (p<0,01) ir fluorochinolonų (p=0,01) vartojimo įtaka atsparių enterokokų išsivystymui [67]. Pagal mūsų tyrimo metu gautus duomenis nustatyta, kad pacientams, kurie buvo gydyti karbapenemais ir vankomicinu dažniau išskirtos vankomicinui atsparios Enterococcus padermės. Panašūs rezultatai gauti L. Cemnalianskio, A. Vitkauskienės, V. Kareivienės ir L. Vitkausko atliktame tyrime. Jų tyrimo metu, remiantis statistiškai reikšmingais duomenimis, nustatyta, kad pacientams, kurie iki infekcijos buvo gydyti karbapenemais, ciprofloksacinu, ofloksacinu ir vankomicinu, dažniau išskirtos vankomicinui atsparios enterokokų padermės, lyginant su pacientais, kurie nebuvo gydyti šiais antibiotikais [68]. L. Fossi Djembi su bendraautoriais atliktame tyrime nustatė, kad antibiotikų vartojimas iki infekcijos taip pat turi įtakos atsparių enterokokų padermių išsivystymui (p<0,001) [66]. S. Kampmeier ir bendraautorių atliktame tyrime buvo statistiškai reikšmingai nustatyta, kad piperacilino/tazobaktamo vartojimas turi įtakos vankomicinui atsparių enterokokų padermų susiformavimui (p=0,01) [5].

Išanalizavus enterokokų atsparumą antibiotikams nustatyta, kad E. faecium statistiškai reikšmingai dažniau yra atsparus β laktaminiams antibiotikams lyginant su E. faecalis paderme. H. Jiang su bendraautoriais atlikto tyrimo metu nustatė, kad dažniau nustatoma vankomicinui atspari E. faecium padermė lyginant su E. faecalis. Jų atlikto tyrimo metu E. faecium atsparumas vankomicinui siekia 95,8 proc., o E. faecalis 4,8 proc. (p=0,026) [65].

Nustatyta, kad pacientams, gydytiems centrinės reanimacijos (n=33; 15,57 proc.; p<0,001) ir chirurgijos (n=82; 38,68 proc., p<0,001) skyriuose dažniau buvo išskirta E. faecium padermė. Panašūs rezultatai gauti ir Lietuvoje L. Cemnalianskio, A. Vitkauskienės, V. Kareivienės ir L. Vitkausko atlikto tyrimo metu: pacientams, kurie buvo gydyti chirurgijos skyriuose, dažniau buvo išskirta E. faecium padermė lyginant su E. faecalis (p=0,058) [68].

Pacientams, kurie iki infekcijos vartojo karbapenemus, ciprofloksaciną, ofloksaciną ir ampiciliną/sulbaktamą (remiantis statistiškai reikšmingais duomenimis) dažniau buvo išskirta E. faecium rūšis. Taip pat E. faecium dažniau išskirta pacientams, kuriems buvo įvestas endotrachėjinis vamzdelis, šlapimo ar centrinės venos kateteris.

(42)

Taip pat buvo nustatytas vankomicino koncentracijos tyrimo dažnis ir jo įtaka atsparių enterokokų padermių išsivystymui. Išanalizavus gautus duomenis padaryta išvada, kad vankomicino koncentracijos tyrimo dažnis neturėjo įtakos atsparių enterokokų padermių sukeltų infekcijų išsivystymui.

Mūsų atliktame tyrime nustatyta, kad lytis ir amžius neturėjo statistiškai reikšmingos įtakos vankomicinui atsparių enterokokų susiformavime (p=0,197). Tokie pat rezultatai gauti ir R. Amberpet su bendraautoriais atliktame tyrime. Jo metu nustatytas nereikšmingas amžiaus (p=0,17) ir lyties (p=0,98) statistinis patikimumas vankomicinui atsparių enterokokų išsivystymui [51]. S. Kampmeier su bendraautoriais taip pat nustatinėjo ryšį tarp amžiaus ir lyties įtakos VAE infekcijų išsivystymui. Buvo nustatyta, kad amžius (p=0,43) ir lytis (p=0,23) taip pat nėra statistiškai reikšmingas rizikos veiksnys VAE susiformavimui [5]. Kitokie rezultatai gauti T. Kajihara su bendraautoriais atliktame tyrime. Nustatytas statistiškai reikšmingas ryšys tarp vyriškos lyties ir vankomicinui atsparių enterokokų sukeliamų infekcijų išsivystymo (p=0,011). Tačiau, tarp amžiaus ir VAE infekcijų išsivystymo, taip pat kaip ir mūsų tyrimo metu, nebuvo nustatyta statistiškai reikšmingos koreliacijos (p=0,458) [1].

(43)

1. IŠVADOS

1. Nustatyta, kad vankomicinui atsparių enterokokų padermių sukeltos infekcijos dažniau diagnozuotos pacientams, kurie buvo stacionarizuoti ilgą laiką, gydyti chirurgijos, gastroenterologijos ir centrinės reanimacijos skyriuose, vartojo antibiotikus iki infekcijos ir tie, kuriems buvo įvestas centrinės venos kateteris ar endotrachėjinis vamzdelis.

2. Dažniau atsparumas vankomicinui nustatytas E. faecium nei E. faecalis padermei. Taip pat nustatytos pavienės vankomicinui atsparios E. gallinarum, E. casseliflavus ir E. avium padermės. 3. Nustatyta, kad E. faecium patikimai dažniau yra atsparus β laktaminiams antibiotikams lyginant su

E. faecalis.

(44)

6. LITERATŪROS SĄRAŠAS

1. Kajihara T, Nakamura S, Iwanaga N, Oshima K, Takazono T, Miyazaki T, et al. Clinical characteristics and risk factors of enterococcal infections in Nagasaki, Japan: A retrospective study. BMC Infect Dis. 2015;15(1):2-8.

Available from: http://dx.doi.org/10.1186/s12879-015-1175-6

2. O’Driscoll T, Crank CW. Vancomycin-resistant enterococcal infections: Epidemiology, clinical manifestations, and optimal management. Infect Drug Resist. 2015;8:217-30.

Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26244026

3. Ozbak HA. A novel high-resolution melting analysis approach for rapid detection of vancomycin- resistant enterococci. 2018;38(3):200-7.

4. Maliniteli H, Hipogamaglobulinemi H, Durumu P. Hypogammaglobulinemia and Poor Performance Status are Predisposing Factors for Vancomycin-Resistant Enterococcus Colonization in Patients with Hematological Malignancies. 2017;34:89-92.

Available from:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5451694/

5. Kampmeier S, Kossow A, Clausen LM, Knaack D, Ertmer C, Gottschalk A, et al. Hospital acquired vancomycin resistant enterococci in surgical intensive care patients - a prospective longitudinal study. Antimicrob Resist Infect Control. 2018;7(1):1-8.

6. Kreidl P, Mayr A, Hinterberger G, Berktold M, Knabl L, Fuchs S, et al. Outbreak report: A nosocomial outbreak of vancomycin resistant enterococci in a solid organ transplant unit. Antimicrob Resist Infect Control. 2018;7(1):1-9.

Available from: https://aricjournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13756-018-0374-5

7. Gold HS. Vancomycin-Resistant Enterococci : Mechanisms and Clinical Observations. 2001;33:210-9.

8. Goh HMS, Yong MHA, Kian K, Chong L, Kline KA. Model systems for the study of Enterococcal colonization and infection. 2017;8(8):1525-62.

Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5810481/

(45)

Available from:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19383684

10. Murray BE. The Life and Times of the Enterococcus. 1990;3(1):46-65.

11. Wroblewska L, Kitada T, Endo K, Siciliano V, Stillo B, Saito H, et al. Pathogenicity of Enterococci. 2019;33(8):839-41.

12. Lebreton F, Willems RJL, Gilmore MS. Enterococcus Diversity , Origins in Nature , and Gut Colonization. 2014;1-59.

Available from:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK190427/

13. Ruoff KL, Maza DELA, Murtagh MJ, Spargo JD, Ferraro MJ. Species Identities of Enterococci Isolated from Clinical Specimens. 1990;28(3):435-7.

14. Iweriebor BC, Gaqavu S, Obi LC. Antibiotic Susceptibilities of Enterococcus Species Isolated from Hospital and Domestic Wastewater Effluents in Alice , Eastern Cape Province of South Africa. 2015; 12:4231-46.

15. Faron ML, Ledeboer NA. Resistance Mechanisms , Epidemiology , and Approaches to Screening for Vancomycin-Resistant Enterococcus in the Health Care Setting APPROACHES TO THERAPY. 2016;54(10):2436-47.

16. Wang JS, Muzevich K, Edmond MB, Bearman G, Stevens MP. Central nervous system infections due to vancomycin-resistant enterococci: Case series and review of the literature. Int J Infect Dis. 2014;25:26-31.

Available from: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijid.2014.01.009

17. Hancock LE, Murray BE, Sillanpää J. Enterococci: From Commensals to Leading Causes of Drug Resistant Infection. Enterococcal Cell Wall Components Struct. 2014;1-35.

Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24649506

18. Alotaibi FE, Bukhari EE. Emergence of Vancomycin-resistant Enterococci at a Teaching Hospital , Saudi Arabia. 2017;130(3):340-6.

(46)

20. Kang HK, Park Y. Glycopeptide antibiotics: Structure and mechanisms of action. J Bacteriol Virol. 2015;45(2):67-78.

Available from: https://www.researchgate.net/publication/281213939_Glycopeptide_Antbiotics_ Structure_and_Mechanisms_of_Action

21. Cheng MP, Mcdonald EG, Lee TC, Mcdonald EG, Lee TC, Colonization M. MRSA Colonization Status as a Predictor of Clinical Infection : a Systematic Review. 2018;77(6):489-495.

22. Gerding DN, Sambol SP, Johnson S. Non-toxigenic clostridioides (formerly clostridium) difficile for prevention of C. difficile infection: From bench to bedside back to bench and back to bedside. Front Microbiol. 2018;9:1-13.

23. Hashim R, Hamzah HH, Dahalan NA, Amran F, Ahmad N, Hazwani NZ et al. Vancomycin-Intermediate Staphylococcus aureus (VISA) in Malaysia: A Case Study. J Clin Case Reports. 2018;08(10):1178.

Available from: https://www.omicsonline.org/open-access/vancomycinintermediate- staphylococcus-aureus-visa-in-malaysia-acase-study-2165-7920-10001178-105227.html

24. Monteiro JF, Hahn SR, Gonçalves J, Fresco P. Vancomycin therapeutic drug monitoring and population pharmacokinetic models in special patient subpopulations. Pharmacol Res Perspect. 2018;6(4):e00420.

25. Skinner D, Sikkema KJ. Total Syntheses of Vancomycin Related Glycopeptide Antibiotics and Key Analogues. 2017;20(1):48-55.

26. Miller WR, Munita JM, Arias CA. Mechanisms of antibiotic resistance in enterococci. 2015;12(10):1221-36.

27. Lee T, Pang S, Abraham S, Coombs GW. Antimicrobial Resistant CC17 Enterococcus faecium: The Past, the Present and the Future. J Glob Antimicrob Resist. 2018;16:36-47.

Available from: https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S2213716518301632

28. Bartoletti M, Giannella M. Multidrug-Resistant Bacterial Infections in Solid Organ Transplant Candidates and Recipients. 2018;32:551-80.

(47)

30. Özsoy S, Arzu I, Faculty M, Microbiology M. Detection of vancomycin-resistant enterococci (VRE) in stool specimens submitted for Clostridium difficile toxin testing. 2017;8(9):489-92.

Available from:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5498447

31. Ghattargi VC, Gaikwad MA, Meti BS, Nimonkar YS, Dixit K, Prakash O, et al. Comparative genome analysis reveals key genetic factors associated with probiotic property in Enterococcus faecium strains. 2018;19:652.

Available from:https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-018-5043-9

32. He Q, Hou Q, Wang Y, Li J, Li W, Kwok L, et al. Comparative genomic analysis of Enterococcus faecalis : insights into their environmental adaptations. 2018;19(1):527.

33. Yin M, Jiang Y, Qian C, Wu F, Ying Y, Wu C, et al. Molecular characteristics and comparative genomics analysis of a clinical Enterococcus casseliflavus with a resistance plasmid. Infect Drug Resist. 2018;11:2159-67.

34. Monticelli J, Knezevich A, Luzzati R, Di Bella S. Clinical management of non-faecium non-faecalis vancomycin-resistant enterococci infection. Focus on Enterococcus gallinarum and Enterococcus casseliflavus/flavescens. J Infect Chemother. 2018;24(4):237-46.

Available from:https://www.jiac-j.com/article/S1341-321X(18)30006-0/pdf

35. Vijayakrishnan R, Rapose A. Fatal Enterococcus durans aortic valve endocarditis: A case report and review of the literature. BMJ Case Rep. 2012;2012:bcr0220125855

36. Lee PP, Ferguson DA, Laffan JJ. Vancomycin-Resistant Enterococcus avium Infections. Infect Dis Clin Pract. 2004;12(4):239-44.

Available from:https://journals.lww.com/infectdis/Fulltext/2004/07000/Vancomycin_Resistant_ Enterococcus_avium.6.aspx

37. Hughes D. Exploiting genomics, genetics and chemistry to combat antibiotic resistance. 2003;4:432-41.